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- PDB-3u90: apoferritin: complex with SDS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u90
タイトルapoferritin: complex with SDS
要素Ferritin light chain
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / four helix bundle / iron-binding protein / intracellular protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain ...Ferritin iron-binding regions signature 1. / Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ferritin light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, R. / Bu, W. / Xi, J. / Mortazavi, S.R. / Cheung-Lau, J.C. / Dmochowski, I.J. / Loll, P.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Beyond the detergent effect: a binding site for sodium dodecyl sulfate (SDS) in mammalian apoferritin.
著者: Liu, R. / Bu, W. / Xi, J. / Mortazavi, S.R. / Cheung-Lau, J.C. / Dmochowski, I.J. / Loll, P.J.
履歴
登録2011年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / software
Item: _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value ..._pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,26312
ポリマ－19,8721
非ポリマー1,39111
水3,063170
1
A: Ferritin light chain
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,310288
ポリマ－476,93824
非ポリマー33,372264
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area106280 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area132930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.830, 181.830, 181.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-176-

CD

21A-308-

HOH

31A-352-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferritin light chain / Ferritin L subunit


分子量: 19872.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 器官: spleen / 参照: UniProt: P02791
#2: 化合物 ChemComp-SDS / DODECYL SULFATE / 硫酸ドデシル


分子量: 266.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O4S / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M cadmium sulfate, 0.1 M HEPES, 1.0 M sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射モノクロメーター: channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.84 Å / Num. obs: 21314 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 34.09 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 43.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 34.09 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XZ1

1xz1


解像度: 1.9→19.84 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2077 2020 9.51 %RANDOM
Rwork0.1848 ---
obs0.187 21314 98.71 %-
all-39149 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.126 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1354 0 27 170 1551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8971870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.547529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.90210.179840.25941231X-RAY DIFFRACTION82
1.9021-1.92710.22051310.22871232X-RAY DIFFRACTION95
1.9271-1.95350.29661280.22241309X-RAY DIFFRACTION96
1.9535-1.98130.28551460.20421256X-RAY DIFFRACTION97
1.9813-2.01090.21611500.17671310X-RAY DIFFRACTION99
2.0109-2.04230.19461730.1821297X-RAY DIFFRACTION99
2.0423-2.07570.19571480.1641298X-RAY DIFFRACTION100
2.0757-2.11150.16551440.17041328X-RAY DIFFRACTION100
2.1115-2.14980.2291490.17551309X-RAY DIFFRACTION100
2.1498-2.19110.19541290.18031328X-RAY DIFFRACTION100
2.1911-2.23580.22911230.18051318X-RAY DIFFRACTION100
2.2358-2.28430.22891360.1811361X-RAY DIFFRACTION100
2.2843-2.33740.22681430.19261323X-RAY DIFFRACTION100
2.3374-2.39580.18461410.17611328X-RAY DIFFRACTION100
2.3958-2.46040.19111390.17451286X-RAY DIFFRACTION100
2.4604-2.53270.21491520.18011346X-RAY DIFFRACTION100
2.5327-2.61420.22161440.18031302X-RAY DIFFRACTION100
2.6142-2.70750.21881720.16491300X-RAY DIFFRACTION100
2.7075-2.81560.19271400.17931341X-RAY DIFFRACTION100
2.8156-2.94330.20931660.17931282X-RAY DIFFRACTION100
2.9433-3.0980.18311500.17511316X-RAY DIFFRACTION100
3.098-3.29120.22031330.17921337X-RAY DIFFRACTION100
3.2912-3.5440.21131070.1761373X-RAY DIFFRACTION100
3.544-3.89820.19931390.15611336X-RAY DIFFRACTION100
3.8982-4.45670.19691650.16511299X-RAY DIFFRACTION100
4.4567-5.59410.15951380.18891334X-RAY DIFFRACTION100
5.5941-19.84020.20281340.21311345X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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