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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u87 | |||||||||
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タイトル | Structure of a chimeric construct of human CK2alpha and human CK2alpha' in complex with a non-hydrolysable ATP-analogue | |||||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / protein kinase CK2 casein kinase 2 / protein kinase fold / eukaryotic protein kinase | |||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex ...regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / acrosomal vesicle / Signal transduction by L1 / liver regeneration / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cerebral cortex development / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / spermatogenesis / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Niefind, K. / Raaf, J. / Issinger, O.-G. / Olsen, B. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Low-density crystal packing of human protein kinase CK2 catalytic subunit in complex with resorufin or other ligands: a tool to study the unique hinge-region plasticity of the enzyme without packing bias. 著者: Klopffleisch, K. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #1: ![]() タイトル: Enzymatic activity with an incomplete catalytic spine - insights from a comparative structural analysis of human CK2alpha and its paralogous isoform CK2alpha' 著者: Bischoff, N. / Raaf, J. / Olsen, B. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #2: ![]() タイトル: GTP plus water mimic ATP in the active site of protein kinase CK2. 著者: Niefind, K. / Putter, M. / Guerra, B. / Issinger, O.G. / Schomburg, D. #3: ![]() タイトル: Structure of the human protein kinase CK2 catalytic subunit CK2alpha' and interaction thermodynamics with the regulatory subunit CK2beta 著者: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of human protein kinase CK2: insights into basic properties of the CK2 holoenzyme. 著者: Niefind, K. / Guerra, B. / Ermakowa, I. / Issinger, O.G. #5: ![]() タイトル: Crystal structure of a C-terminal deletion mutant of human protein kinase CK2 catalytic subunit. 著者: Ermakova, I. / Boldyreff, B. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #6: ![]() タイトル: Inclining the purine base binding plane in protein kinase CK2 by exchanging the flanking side-chains generates a preference for ATP as a cosubstrate. 著者: Yde, C.W. / Ermakova, I. / Issinger, O.G. / Niefind, K. #7: ![]() タイトル: Evolved to be active: sulfate ions define substrate recognition sites of CK2alpha and emphasise its exceptional role within the CMGC family of eukaryotic protein kinases. 著者: Niefind, K. / Yde, C.W. / Ermakova, I. / Issinger, O.G. #8: ![]() タイトル: Protein kinase CK2: from structures to insights 著者: Niefind, K. / Raaf, J. / Issinger, O.-G. #9: ![]() タイトル: First inactive conformation of CK2alpha, the catalytic subunit of protein kinase CK2 著者: Raaf, J. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. #10: ![]() タイトル: The CK2alpha/CK2beta interface of human protein kinase CK2 harbors a binding pocket for small molecules 著者: Raaf, J. / Brunstein, E. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. #11: ![]() タイトル: The catalytic subunit of human protein kinase CK2 structurally deviates from its maize homologue in complex with the mucleotide competitive inhibitor emodin 著者: Raaf, J. / Klopffleisch, K. / Issinger, O.-G. / Niefind, K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 299.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 41404.176 Da / 分子数: 2 断片: KINASE II SUBUNIT ALPHA (UNP RESIDUES 1-325), KINASE II SUBUNIT ALPHA' (UNP RESIDUES 327-350) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P68400, UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase |
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-非ポリマー , 6種, 63分子 ![](data/chem/img/ANP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | AN ADDITIONAL PEPTIDE WAS PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION CONDITION, BUT THE WHOLE CHAIN IS ...AN ADDITIONAL |
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配列の詳細 | THE STRUCTURE IS REPRESENTATIVE OF A CHIMERIC PROTEIN BETWEEN CASEIN KINASE II SUBUNIT ALPHA AND ...THE STRUCTURE IS REPRESENTA |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: reservoir: 15% polyethylene glycol 8000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate buffer; drop: 0.8 uL reservoir solution, 0.8 uL protein solution (12.6 mg/ml), 0.5 uL ...詳細: reservoir: 15% polyethylene glycol 8000, 15% glycerol, 0.17 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate buffer; drop: 0.8 uL reservoir solution, 0.8 uL protein solution (12.6 mg/ml), 0.5 uL 10% anapoe 305 (detergent), 1.5 uL 5 mM AMPPNP, 1.5 uL 10 mM magnesium chloride, 1.5 uL CK2 substrate peptide (sequence RRRADDSDDDDD), pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→38 Å / Num. all: 24894 / Num. obs: 24724 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.03 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 17.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 8.26 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Rsym value: 0.953 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3NGA 解像度: 2.9→36.655 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.991 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→36.655 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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