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- PDB-3u7d: Crystal structure of the KRIT1/CCM1 FERM domain in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7d
タイトルCrystal structure of the KRIT1/CCM1 FERM domain in complex with the heart of glass (HEG1) cytoplasmic tail
要素
  • Krev interaction trapped protein 1
  • Protein HEG homolog 1
キーワードPROTEIN BINDING / PSI-Biology / Assembly / Dynamics and Evolution of Cell-Cell and Cell-Matrix Adhesions / CELLMAT / FERM domain / Rap1 effector / membrane protein cytoplasmic tail / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


lymph circulation / cardiac muscle tissue growth / negative regulation of membrane permeability / negative regulation of Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / venous blood vessel morphogenesis / regulation of body fluid levels / protein localization to cell junction / positive regulation of fibroblast growth factor production / GTPase regulator activity / pericardium development ...lymph circulation / cardiac muscle tissue growth / negative regulation of membrane permeability / negative regulation of Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / venous blood vessel morphogenesis / regulation of body fluid levels / protein localization to cell junction / positive regulation of fibroblast growth factor production / GTPase regulator activity / pericardium development / endothelium development / cardiac atrium morphogenesis / endothelial cell morphogenesis / lymph vessel development / integrin activation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / cell-cell junction organization / regulation of establishment of cell polarity / negative regulation of endothelial cell migration / ventricular septum development / negative regulation of Rho protein signal transduction / small GTPase-mediated signal transduction / negative regulation of endothelial cell proliferation / vasculogenesis / regulation of angiogenesis / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / negative regulation of angiogenesis / post-embryonic development / cell redox homeostasis / lung development / multicellular organism growth / cell-cell junction / heart development / microtubule binding / angiogenesis / in utero embryonic development / cytoskeleton / external side of plasma membrane / calcium ion binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / Calcium-binding EGF domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily ...KRIT, N-terminal NPxY motif-rich region / Krev interaction trapped protein 1, FERM domain C-lobe / KRIT, N-terminal NPxY motif-rich domain superfamily / NUDIX, or N-terminal NPxY motif-rich, region of KRIT / Ankyrin repeats (many copies) / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / Calcium-binding EGF domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / FERM central domain / EGF-like domain / FERM superfamily, second domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Krev interaction trapped protein 1 / Protein HEG homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Gingras, A.R. / Liu, J.J. / Ginsberg, M.H. / Assembly, Dynamics and Evolution of Cell-Cell and Cell-Matrix Adhesions (CELLMAT)
引用ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of the junctional anchorage of the cerebral cavernous malformations complex.
著者: Gingras, A.R. / Liu, J.J. / Ginsberg, M.H.
履歴
登録2011年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Database references
改定 1.22013年2月27日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Krev interaction trapped protein 1
B: Protein HEG homolog 1
C: Krev interaction trapped protein 1
D: Protein HEG homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0864
ポリマ－81,0864
非ポリマー00
水18010
1
A: Krev interaction trapped protein 1
B: Protein HEG homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5432
ポリマ－40,5432
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
2
C: Krev interaction trapped protein 1
D: Protein HEG homolog 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5432
ポリマ－40,5432
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1090 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.050, 76.820, 79.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細There is two complexes of the KRIT1 FERM domain with the HEG1 cytoplasmic tail in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Krev interaction trapped protein 1 / Krev interaction trapped 1 / Cerebral cavernous malformations 1 protein


分子量: 37372.348 Da / 分子数: 2 / 断片: FERM domain, residues 417-736 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CCM1, Cerebral cavernous malformations 1 protein, Krev interaction trapped protein 1 or CCM1, KRIT1
プラスミド: pLEICS-07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: O00522
#2: タンパク質・ペプチド Protein HEG homolog 1


分子量: 3170.456 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal cytoplasmic tail, residues 1356-1381 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9ULI3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 10% PEG 4000 and 100mM Citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: Mar/Rayonix 3x3 Mosaic 225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日 / 詳細: Pt coated mirrors
放射モノクロメーター: horizontally diffracting Si (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→72.55 Å / Num. all: 26768 / Num. obs: 26420 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49→72.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 10.816 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30878 1407 5.1 %RANDOM
Rwork0.23354 ---
all0.23745 26768 --
obs0.23745 26420 98.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.326 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.01 Å20 Å20.75 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→72.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5120 0 0 10 5130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225241
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.967077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1335619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.23924.089247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.62415985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3141530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0331.53106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.91225036
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34432135
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7094.52040
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.555 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 89 -
Rwork0.296 1934 -
obs--96.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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