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- PDB-3u6j: Crystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u6j
タイトルCrystal structure of the VEGFR2 kinase domain in complex with a pyrazolone inhibitor
要素Vascular endothelial growth factor receptor 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / KDR / Flk-1 / angiogenesis / phosphotransferase / cancer / vascular endothelial growth factor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development ...positive regulation of nitric oxide-cGMP mediated signal transduction / blood vessel endothelial cell differentiation / regulation of bone development / cellular response to hydrogen sulfide / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / endocardium development / endothelium development / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor activity / mesenchymal cell proliferation / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endothelial cell differentiation / lymph vessel development / positive regulation of vasculogenesis / vascular wound healing / positive regulation of BMP signaling pathway / surfactant homeostasis / epithelial cell maturation / anchoring junction / positive regulation of positive chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / embryonic hemopoiesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / lung alveolus development / positive regulation of mitochondrial fission / branching involved in blood vessel morphogenesis / growth factor binding / positive regulation of stem cell proliferation / sorting endosome / positive regulation of mitochondrial depolarization / semaphorin-plexin signaling pathway / regulation of MAPK cascade / positive regulation of macroautophagy / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell fate commitment / Integrin cell surface interactions / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / vasculogenesis / ovarian follicle development / coreceptor activity / calcium ion homeostasis / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / epithelial cell proliferation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / stem cell proliferation / VEGFR2 mediated cell proliferation / receptor protein-tyrosine kinase / Hsp90 protein binding / positive regulation of protein phosphorylation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / cell junction / protein autophosphorylation / regulation of cell shape / cell migration / protein tyrosine kinase activity / angiogenesis / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / signaling receptor complex / endosome / positive regulation of cell migration / cadherin binding / membrane raft / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. ...Vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) / VEGFR-2, transmembrane domain / : / : / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / VEGFR1-3, N-terminal Ig-like domain / VEGFR-1-like, immunoglobulin-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-03X / Vascular endothelial growth factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Whittington, D.A. / Long, A. / Rose, P. / Gu, Y. / Zhao, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure-based design of novel class II c-Met inhibitors: 1. Identification of pyrazolone-based derivatives.
著者: Norman, M.H. / Liu, L. / Lee, M. / Xi, N. / Fellows, I. / D'Angelo, N.D. / Dominguez, C. / Rex, K. / Bellon, S.F. / Kim, T.S. / Dussault, I.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6852
ポリマ－36,1571
非ポリマー5291
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.194, 65.268, 57.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 2 / VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase ...VEGFR-2 / Fetal liver kinase 1 / FLK-1 / Kinase insert domain receptor / Protein-tyrosine kinase receptor flk-1


分子量: 36156.695 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 815-1171 / 変異: V916T, E990V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLK1, KDR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35968, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-03X / N-{4-[(6,7-dimethoxyquinolin-4-yl)oxy]-3-fluorophenyl}-1,5-dimethyl-3-oxo-2-phenyl-2,3-dihydro-1H-pyrazole-4-carboxamide


分子量: 528.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H25FN4O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17% PEG 5000 monomethyl ether, 75 mM ammonium sulfate, 25 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 8% isopropanol, 40 mM beta-mercaptoethanol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 19876 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Χ2: 1.706 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.232.60.47119471.381197.6
2.23-2.322.90.40319791.396199.2
2.32-2.423.10.34719821.53199.5
2.42-2.553.10.28719941.486199.3
2.55-2.713.20.24119671.758199.1
2.71-2.923.20.19319901.847199.3
2.92-3.213.20.14419771.988199.4
3.21-3.673.20.10519992.118199.4
3.67-4.633.30.07620131.69199.4
4.63-303.20.05320281.726198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
EPMR位相決定
精密化解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.638 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1449 7.3 %RANDOM
Rwork0.1928 18414 --
obs0.1956 19863 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.36 Å2 / Biso mean: 34.3479 Å2 / Biso min: 17.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å21.02 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 39 260 2783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.983501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2045306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70722.917120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51215448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0381521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021976
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1640.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1180.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.60321594
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02332471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98131174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.61461030
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 102 -
Rwork0.28 1332 -
all-1434 -
obs--97.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6938-0.3785-1.33561.0599-0.31311.82620.0753-0.1420.103-0.03730.0816-0.0327-0.00150.1936-0.1569-0.07050.0112-0.00390.016-0.0335-0.056514.6584-1.654811.8999
20.7088-0.0478-0.16910.15530.04491.31070.04070.03950.05310.00740.01380.03120.03350.0013-0.05450.00020.01850.0163-0.06670.0135-0.0218-10.198-3.414721.4783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A815 - 919
2X-RAY DIFFRACTION2A920 - 1174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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