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万見
- PDB-3u6g: Crystal structure of a domain of unknown function, DUF4425 (BVU_3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u6g
タイトルCrystal structure of a domain of unknown function, DUF4425 (BVU_3708) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.35 A resolution
要素uncharacterized protein DUF4425
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / DUF4425 / immunoglobulin-like fold / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Lipoxygenase-1 - #60 / PLAT/LH2 and C2-like Ca2+-binding lipoprotein / PLAT/LH2 and C2-like Ca2+-binding lipoprotein / Lipoxygenase-1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Sandwich / Mainly Beta / Lipoprotein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a domain of unknown function, DUF4425 (BVU_3708) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein DUF4425
B: uncharacterized protein DUF4425


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1632
ポリマ－27,1632
非ポリマー00
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.237, 99.302, 41.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-217-

HOH

詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein DUF4425


分子量: 13581.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_3708 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6L6K5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING GLY 0 FOLOWED BY RESIDUES 30-154 FOR EACH MONOMER OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 1.4M tri-sodium citrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.96109,0.97961
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月18日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.961091
20.979611
反射解像度: 1.35→27.96 Å / Num. obs: 45712 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 19.297 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.35-1.40.5991.416877825287.9
1.4-1.450.4411.915868769893.8
1.45-1.520.2882.918852914894.4
1.52-1.60.1884.417803862394.7
1.6-1.70.1296.417919868695.4
1.7-1.830.07610.317790861695.6
1.83-2.020.04117.618352888694.7
2.02-2.310.0272617614853494.6
2.31-2.910.0213217890865195.1
2.910.01641.616686817789.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 6, 2010データスケーリング
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→27.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 2.236 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.066
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 2302 5 %RANDOM
Rwork0.1567 ---
obs0.1592 45670 95.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.6 Å2 / Biso mean: 23.0605 Å2 / Biso min: 8.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→27.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 0 244 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222071
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2521.9532847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7933435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2475315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.20125.54283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49815384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.843156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.59133444
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.9475140
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.11653490
LS精密化 シェル解像度: 1.351→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 160 -
Rwork0.241 2907 -
all-3067 -
obs--93.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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