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万見
- PDB-3u6c: MutM set 1 ApGo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u6c
タイトルMutM set 1 ApGo
要素
  • DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*(8OG)P*GP*AP*(TX)P*CP*TP*AP*C)-3')
  • Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードhydrolase/DNA / DNA glycosylase / DNA repair / sequence context / lesion recognition / disulfide crosslinking / hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sung, R.J. / Zhang, M. / Qi, Y. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Sequence-dependent structural variation in DNA undergoing intrahelical inspection by the DNA glycosylase MutM.
著者: Sung, R.J. / Zhang, M. / Qi, Y. / Verdine, G.L.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*(8OG)P*GP*AP*(TX)P*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7414
ポリマ－37,6763
非ポリマー651
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area14370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.188, 93.541, 104.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Formamidopyrimidine-DNA glycosylase


分子量: 30580.330 Da / 分子数: 1 / 変異: E3Q, Q166C, V222P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P84131, DNA-formamidopyrimidine glycosylase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*CP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3991.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*(8OG)P*GP*AP*(TX)P*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3104.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, sodium cacodylate, glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→32.69 Å / Num. obs: 40545

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→32.685 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.16 / 位相誤差: 20.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 1786 4.56 %
Rwork0.1899 --
obs0.1909 39138 93.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.718 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.1898 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.2325 Å20 Å2
3----2.4223 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.685 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1990 473 1 252 2716
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062602
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2173617
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7551035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.217399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.848700.23282672X-RAY DIFFRACTION85
1.8487-1.90310.2537810.21042722X-RAY DIFFRACTION88
1.9031-1.96450.21581490.1952745X-RAY DIFFRACTION90
1.9645-2.03470.2231450.1872852X-RAY DIFFRACTION94
2.0347-2.11610.18671560.18072828X-RAY DIFFRACTION95
2.1161-2.21240.23071450.17312879X-RAY DIFFRACTION95
2.2124-2.3290.18641570.17972936X-RAY DIFFRACTION96
2.329-2.47490.2291580.1932944X-RAY DIFFRACTION97
2.4749-2.66590.22831590.20232951X-RAY DIFFRACTION96
2.6659-2.93410.25891520.20152966X-RAY DIFFRACTION97
2.9341-3.35830.23821500.19362965X-RAY DIFFRACTION96
3.3583-4.22960.17291590.16342949X-RAY DIFFRACTION94
4.2296-32.68990.18431750.19132943X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1369-0.0169-0.22291.34311.23631.2237-0.0034-0.04940.0496-0.0619-0.12230.1067-0.0928-0.08410.10660.09270.0192-0.02030.151-0.04950.143514.0477-3.887816.9636
21.9474-1.4161-2.47796.5321.88193.1411-0.4643-0.6006-0.2280.94140.12271.35420.209-0.10240.30980.2837-0.01240.09950.5212-0.05830.4974.3587-11.704527.357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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