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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3u5r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a hypothetical protein SMc02350 from Sinorhizobium meliloti 1021 | ||||||
![]() | uncharacterized protein | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / hypothetical protein / SMc02350 | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein SMc02350 from Sinorhizobium meliloti 1021 著者: Agarwal, R. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 156.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2ywiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23515.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M tri sodium citrate pH 5.6, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: SI-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 59768 / Num. obs: 59768 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 5911 / % possible all: 96.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2YWI 解像度: 2.05→34.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.724 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.053→2.106 Å / Total num. of bins used: 20
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