PDB-3u5m: Crystal structure of TRIM33 PHD-Bromo in the free state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u5m

タイトル

Crystal structure of TRIM33 PHD-Bromo in the free state

要素

E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

キーワード

TRANSCRIPTION / TRIM33 / PHD / Bromodomain / TGF-beta / epigenetics / histone

機能・相同性

機能・相同性情報

co-SMAD binding / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Germ layer formation at gastrulation / R-SMAD binding / negative regulation of BMP signaling pathway / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / negative regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Wang, Z. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: A poised chromatin platform for TGF-beta access to master regulators
著者: Xi, Q. / Wang, Z. / Zaromytidou, A.I. / Zhang, X.H. / Chow-Tsang, L.F. / Liu, J.X. / Kim, H. / Barlas, A. / Manova-Todorova, K. / Kaartinen, V. / Studer, L. / Mark, W. / Patel, D.J. / Massague, J.

履歴

登録	2011年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u5m.cif.gz	877.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u5m.ent.gz	741.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u5m_validation.pdf.gz	559.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u5m_full_validation.pdf.gz	636.8 KB	表示
XML形式データ	3u5m_validation.xml.gz	80 KB	表示
CIF形式データ	3u5m_validation.cif.gz	105.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u5/3u5m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3u5nC 3u5oC 3u5pC 3o33S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6dxn-1 4xm4-1 3x0k-d 4wml-d 6dxn-4 6dxn-2 2euk-d 4mhw-1 5mkc-2 4qa8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

E: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

F: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

G: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

H: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

I: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

J: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

K: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

L: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

ヘテロ分子

288 kDa, 12 ポリマー
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1

A: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

ヘテロ分子

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2

B: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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3

C: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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4

D: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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5

E: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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6

F: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

ヘテロ分子

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7

G: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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8

H: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

ヘテロ分子

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9

I: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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10

J: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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11

K: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

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12

L: E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.527, 79.781, 134.160
Angle α, β, γ (deg.)	89.90, 89.96, 59.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33 / Ectodermin homolog / RET-fused gene 7 protein / Protein Rfg7 / Transcription intermediary factor 1- ...Ectodermin homolog / RET-fused gene 7 protein / Protein Rfg7 / Transcription intermediary factor 1-gamma / TIF1-gamma / Tripartite motif-containing protein 33 分子量: 23830.262 Da / 分子数: 12 断片: The C-terminal PHD and Bromo dual domains of TRIM33, UNP residues 882-1087 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM33, KIAA1113, RFG7, TIF1G / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UPN9, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.27 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M CaCl2, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 197 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.28215 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月18日
放射	モノクロメーター: SI mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28215 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.08→27.36 Å / Num. obs: 50478 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 126.2 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 30.2
反射シェル	解像度: 3.08→3.21 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5028 / R_sym value: 0.656 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3O33

3o33

解像度: 3.08→27.36 Å / SU ML: 1 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 33.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2935	1962	3.89 %	Random
R_work	0.2074	-	-	-
obs	0.2106	50412	95.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 84.996 Å² / k_sol: 0.277 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0086 Å²	2.2508 Å²	-2.502 Å²
2-	-	5.2537 Å²	2.2831 Å²
3-	-	-	-5.2451 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→27.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17081	0	36	0	17117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	17478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	23590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.005	6592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	2567
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	3010

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0844-3.1614	0.4397	97	0.3716	2444	X-RAY DIFFRACTION	67
3.1614-3.2468	0.383	132	0.3427	3546	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2468-3.3422	0.3726	156	0.3146	3526	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3422-3.4498	0.3915	139	0.2833	3596	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4498-3.5729	0.3517	131	0.2348	3484	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5729-3.7156	0.2498	149	0.2452	3569	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7156-3.8843	0.3546	138	0.1897	3493	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8843-4.0884	0.2753	144	0.2111	3602	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0884-4.3436	0.2492	148	0.1863	3519	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3436-4.6775	0.252	143	0.1723	3607	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6775-5.1454	0.2187	159	0.1547	3480	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1454-5.8835	0.467	153	0.2612	3583	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8835-7.3883	0.259	135	0.2035	3620	X-RAY DIFFRACTION	99
7.3883-27.3555	0.2878	138	0.1883	3381	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6648	-1.5296	-1.8864	4.4489	2.6827	4.9125	0.1368	0.2413	1.3262	-0.2645	-0.2314	-0.1649	-0.7346	-0.4914	0.0537	1.3998	0.1978	0.008	1.5435	0.1105	1.5416	31.4545	16.7734	-19.115
2	6.2737	0.1754	-1.1299	4.0529	-1.9091	2.0162	0.55	-1.5228	0.2387	0.7127	-0.7689	0.3204	-1.1151	0.6751	0.3316	1.5502	0.0297	0.1077	1.0869	-0.1169	1.2149	44.5868	12.2317	-21.6781
3	4.572	1.6804	-2.17	8.5425	1.7827	2.5936	0.7242	0.2336	-0.4231	-0.1065	-0.8198	0.1991	0.1832	0.2858	0.0689	0.9443	0.1444	-0.062	1.3843	-0.0264	1.1078	37.8862	-4.6752	-27.3857
4	3.9518	2.374	-2.1818	4.5828	-2.853	4.0153	0.096	-0.0987	-0.3526	-0.2073	0.0247	1.134	0.3184	-0.2035	-0.0938	1.5655	-0.0412	-0.1139	1.2589	0.0258	1.4673	3.3449	24.3321	-63.9664
5	7.0377	-0.2062	0.1561	7.0327	1.6156	4.3947	-1.3308	-0.9671	-0.3216	1.1523	0.14	1.1138	0.9298	-0.8775	1.2054	1.3168	-0.2191	0.1617	1.3806	0.187	1.2037	0.642	38.3133	-66.7933
6	6.2918	2.4886	-1.4604	1.8924	-1.3378	3.4599	-0.2244	-0.2744	-0.4248	-0.6673	-0.1547	-0.2851	-0.4397	0.1379	0.339	1.4339	0.0964	0.0202	0.939	-0.1175	1.2269	18.701	40.647	-72.284
7	2.68	0.4725	-2.2146	4.1753	-3.2078	2.8364	0.1915	-0.4125	0.5148	-0.2544	-0.0904	-0.2662	-0.6293	0.5667	-0.1031	1.4103	-0.1199	0.0205	1.453	-0.1382	1.3766	-1.141	16.575	-89.2334
8	7.4379	-2.2127	0.0174	5.4982	-0.2315	2.7782	0.0596	1.8561	0.7799	1.1084	-0.5931	0.1995	-0.5169	-0.6222	0.6756	1.3403	-0.3335	0.1924	1.1918	0.1749	1.2384	-14.8364	11.3453	-85.3348
9	3.8492	-0.6024	-0.9751	8.4888	-0.9841	2.9314	0.269	-0.5308	-0.6844	-0.1797	-0.6276	-0.4345	0.2996	-0.5061	0.3536	0.9179	-0.1451	-0.0846	1.1955	-0.0433	1.0629	-7.6676	-4.762	-81.1275
10	4.8978	1.5935	-4.2789	3.248	-0.2671	5.1533	-0.3361	-0.2398	0.4375	-0.251	0.0738	-0.1815	0.1859	0.3522	0.1838	1.2244	0.0797	-0.0109	1.5516	-0.062	1.3805	50.5366	5.6891	-66.8458
11	3.1282	-0.9183	0.5371	6.7369	-0.0193	1.9347	0.4495	-0.22	0.7	-1.9963	-1.0251	-0.6413	-0.5048	0.8394	0.4306	1.1693	-0.128	0.2252	1.4072	-0.0583	1.1127	40.0241	14.9284	-63.9499
12	6.1248	3.0271	-1.3149	5.8934	0.0049	2.7033	-0.4794	-0.486	-0.5428	-0.3511	0.1743	0.1837	-0.0302	-0.5112	0.3248	1.0486	0.2321	-0.0344	1.1001	0.0685	1.1469	28.743	0.6579	-58.4471
13	4.265	-0.9954	-1.5474	3.1839	2.7957	3.9062	-0.3465	-0.005	-0.1211	0.2248	0.3271	-0.4407	0.8974	0.5	0.0483	1.7592	0.1458	-0.0868	1.3926	-0.0144	1.2197	27.1124	24.5433	-44.3989
14	7.2692	1.8491	-1.1978	3.7744	-0.2818	4.3218	-1.045	0.0716	0.5481	0.4787	0.8378	-0.1901	-0.624	0.6349	0.1662	1.2251	0.3164	-0.0671	1.0183	-0.1924	1.1346	29.1789	38.9796	-40.1247
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30	6.473	-3.0897	-1.8914	4.992	0.2839	2.7768	-0.7038	0.6382	-0.7446	0.2	0.3659	-0.1557	-0.1369	0.3726	0.3297	1.283	-0.2591	0.1025	1.2157	-0.0865	1.2303	1.7006	0.5756	-49.8009
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34	3.8459	0.4665	1.523	5.5224	2.9133	3.6416	-0.2892	-0.0475	0.412	-0.7996	0.6146	-1.2234	-0.3138	0.2189	-0.4264	1.3395	-0.0936	0.1819	1.3662	-0.0172	1.3273	26.8892	46.2662	3.3987
35	7.0643	-1.0478	1.5586	4.0774	-0.3283	2.2464	-1.0267	-0.2869	0.8451	1.0162	0.4741	-0.8005	-0.3547	0.6346	0.6046	1.3848	-0.2432	-0.0555	1.1738	-0.27	1.2291	29.283	31.843	-0.5916
36	8.0703	2.8455	1.4395	2.8004	2.191	3.7719	-0.0179	-0.3915	-0.0019	-0.4413	0.019	0.4799	0.1975	-0.2417	-0.0314	1.306	0.0867	-0.0976	1.0269	0.1041	1.2123	11.5576	30.2223	-5.0577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 883:932)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 933:975)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 976:1087)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 883:932)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 933:975)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 976:1087)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 883:932)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 933:975)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 976:1087)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resseq 883:932)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resseq 933:975)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resseq 976:1087)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resseq 883:932)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resseq 933:975)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resseq 976:1087)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resseq 883:932)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resseq 933:975)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resseq 976:1087)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'G' and (resseq 883:932)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'G' and (resseq 933:975)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'G' and (resseq 976:1087)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'H' and (resseq 883:932)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'H' and (resseq 933:975)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'H' and (resseq 976:1087)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'I' and (resseq 883:932)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'I' and (resseq 933:975)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'I' and (resseq 976:1087)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'J' and (resseq 883:932)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'J' and (resseq 933:975)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'J' and (resseq 976:1087)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'K' and (resseq 883:932)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'K' and (resseq 933:975)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'K' and (resseq 976:1087)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'L' and (resseq 883:932)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'L' and (resseq 933:975)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'L' and (resseq 976:1087)

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