PDB-3u4y: The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_175...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u4y

タイトル

The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_1751) from Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771.

要素

uncharacterized protein

キーワード

Structural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomi cs / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactonase, 7-bladed beta propeller / Lactonase, 7-bladed beta-propeller / : / Quinoprotein amine dehydrogenase, beta chain-like / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Desulfotomaculum acetoxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.994 Å

データ登録者

Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a functionally unknown protein (Dtox_1751) from Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771.
著者: Tan, K. / Bigelow, L. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2011年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u4y.cif.gz	255.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u4y.ent.gz	209.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u4y_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u4y_full_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示
XML形式データ	3u4y_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	3u4y_validation.cif.gz	38.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xl2-1 2h68-1 4cy2-d 2xl3-2 3uvm-d 5gva-d 6pg9-2 5mam-3 4j77-2 6ofz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC100414

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: uncharacterized protein

ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.636, 66.661, 80.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 36099.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfotomaculum acetoxidans (バクテリア) 株: DSM 771 / 遺伝子: Dtox_1751 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C8VX32
#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Succinic acid 15% (w/v) PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915, 0.97929

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月27日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97915	1
2	0.97929	1

反射

解像度: 2.994→48.5 Å / Num. all: 15627 / Num. obs: 15627 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 754 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.994→48.214 Å / SU ML: 0.95 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	775	4.97 %	random
R_work	0.1758	-	-	-
all	0.1804	15583	-	-
obs	0.1804	15583	98.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 26.811 Å² / k_sol: 0.303 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.6985 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-8.6619 Å²	-0 Å²
3-	-	-	17.3604 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.994→48.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4838	0	16	8	4862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4946
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.309	6735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.039	1757
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	807
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	880

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9935-3.1811	0.3976	114	0.2802	2310	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1811-3.4266	0.3092	131	0.2237	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4266-3.7713	0.3176	135	0.1966	2453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7713-4.3167	0.2481	134	0.1566	2461	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3167-5.4375	0.1936	129	0.1231	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4375-48.2201	0.257	132	0.1706	2636	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1693	-0.4755	-0.4477	1.3326	-0.5704	0.7203	0.0482	-0.2142	0.203	0.0475	0.1359	0.5972	-0.0869	-0.1244	0.1691	-0.041	0.0335	0.2583	0.1548	-0.0931	0.588	9.0292	39.8962	89.0083
2	2.3785	-0.8522	-0.9716	3.1432	0.9661	2.2547	0.1069	-0.0321	0.2479	-0.0173	-0.0774	0.4627	0.0873	-0.1509	0.1253	0.2564	0.0084	0.0039	0.0628	-0.2028	0.7037	6.4016	37.6317	80.5706
3	0.6512	-0.3302	0.3943	0.7318	-0.3771	0.2995	0.0113	0.2828	-0.4389	-0.231	-0.111	0.7205	0.0795	-0.0198	0.0649	0.2277	-0.0224	-0.0244	0.2235	-0.1157	0.444	14.1892	35.2837	73.6675
4	0.3357	0.1165	-0.0056	0.8833	0.208	0.4236	-0.0261	0.2613	-0.0131	-0.286	-0.0623	0.4457	-0.0082	-0.3313	0.0188	-0.0819	-0.3358	-0.4492	-0.6377	-0.7022	-0.1729	24.8791	38.2077	70.3365
5	1.6105	-0.4264	0.6676	3.0836	0.4351	0.5675	0.0297	0.0943	0.1077	-0.1562	-0.1134	0.1642	-0.106	0.1169	0.2209	0.168	0.0513	0.073	0.1892	-0.0046	-0.0349	34.621	44.7306	80.2043
6	1.1187	0.0956	0.0845	1.5524	0.1081	1.5602	0.0586	0.1051	0.0021	-0.1796	-0.1093	-0.021	-0.202	0.089	0.0061	0.1315	-0.0735	0.0569	0.16	0.0275	0.1592	34.0763	46.6083	80.3917
7	0.9318	0.6549	-0.2576	1.4062	0.3133	0.5731	0.0686	-0.1586	-0.0009	0.2133	-0.157	0.1039	0.0655	-0.0108	-0.0625	-0.1685	-0.353	0.2546	-0.194	0.0238	0.1176	31.3563	43.0895	90.7316
8	1.0477	-0.4129	-0.1595	5.4784	-0.4746	1.2069	0.0108	-0.0657	0.0746	0.1306	0.1492	0.0813	0.0049	0.0288	0.2681	0.2194	-0.1428	0.202	0.0689	-0.0918	0.4868	20.1676	43.4719	94.4052
9	1.2738	0.2718	-0.0524	1.6569	0.2414	0.6861	0.1538	-0.2083	0.2476	0.3246	-0.0642	0.4171	-0.0144	-0.0691	0.4365	0.1671	-0.1249	0.3846	0.2062	-0.1457	0.4453	17.6031	43.8939	95.9739
10	2.0393	1.0532	0.3453	2.2441	-0.7668	2.1719	0.6021	-0.6922	0.3707	0.9557	-0.2742	0.5321	-0.2398	-0.1245	-0.1623	0.712	-0.3009	0.2731	0.7024	-0.0368	0.4031	8.1292	17.0601	126.056
11	2.7968	-1.6036	-0.1217	2.2065	-0.0919	1.9547	0.272	-0.955	0.2223	0.6966	0.0624	0.2816	-0.2995	0.187	0.1448	0.7929	-0.4303	0.4144	0.7539	-0.305	0.5683	14.3768	26.1264	123.5308
12	2.3746	0.6741	-0.5402	0.9446	-0.1315	1.3695	0.5396	-1.1128	0.5291	0.5312	-0.2613	0.0535	-0.3638	0.4434	0.0931	0.3454	-0.3422	-0.0781	0.2687	-0.3093	-0.2796	24.9866	21.7495	110.8347
13	1.2175	1.1704	-0.6527	1.5658	0.0467	1.6049	0.0809	-0.6782	-0.4787	0.3744	-0.2592	-0.468	0.3032	0.4486	0.3871	0.2194	-0.0918	0.027	0.4952	0.3701	0.232	26.889	6.9556	108.5936
14	4.4892	-0.8038	1.0768	1.5683	-0.7055	4.0561	-0.0379	-0.2017	-0.2626	-0.1691	-0.5046	-0.6042	0.9253	0.8738	-0.7354	0.4857	-0.1223	0.0145	0.5367	0.3461	0.3175	22.5612	-0.0243	112.6028
15	0.2728	-0.0829	-0.1251	0.0625	-0.1107	0.7225	0.2417	-0.3167	-0.2968	-0.4842	-0.1797	-0.5385	0.5454	-0.1633	-0.0261	0.4696	-0.1799	0.0365	0.3079	0.1251	0.5014	13.5473	4.7778	110.5803
16	0.7696	-0.2287	-0.5529	2.5095	-0.6809	2.0524	-0.0036	-0.4907	-0.2446	0.4847	0.0214	0.1539	0.1762	-0.1809	-0.0623	0.5085	-0.3548	0.001	0.6509	0.2981	0.0622	9.8875	5.2185	122.1414

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 4:49)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 50:71)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 72:105)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 106:180)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 181:201)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 202:230)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 231:274)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 275:293)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 294:322)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 6:53)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 54:93)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 94:191)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 192:230)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 231:250)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 251:274)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 275:322)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)