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万見
- PDB-3u48: From soil to structure: a novel dimeric family 3-beta-glucosidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u48
タイトルFrom soil to structure: a novel dimeric family 3-beta-glucosidase isolated from compost using metagenomic analysis
要素JMB19063
キーワードHYDROLASE / TIM Barrel / beta-d-glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose
類似検索 - 構成要素
生物種compost metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者McAndrew, R.P. / Park, J.I. / Reindl, W. / Friedland, G.D. / D'haeseleer, P. / Northen, T. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: From soil to structure, a novel dimeric beta-glucosidase belonging to glycoside hydrolase family 3 isolated from compost using metagenomic analysis.
著者: McAndrew, R.P. / Park, J.I. / Heins, R.A. / Reindl, W. / Friedland, G.D. / D'haeseleer, P. / Northen, T. / Sale, K.L. / Simmons, B.A. / Adams, P.D.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JMB19063
B: JMB19063
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,4126
ポリマ－170,9722
非ポリマー4404
水14,988832
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area49240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.488, 121.488, 242.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 JMB19063 / 3-beta-glucosidase


分子量: 85485.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) compost metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 832 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M sodium citrate and 30% (w/v) PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 92824 / Num. obs: 88156 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.612 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique all: 2993 / Rsym value: 0.612 / % possible all: 65.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.593 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 1690 2.26 %Random
Rwork0.169 ---
obs0.169 74931 80.77 %-
all-74931 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.856 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1599 Å20 Å2-0 Å2
2--7.1599 Å2-0 Å2
3----14.3198 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.593 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11474 0 26 832 12332
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00511730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95715864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5964351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.26450.288870.24513775X-RAY DIFFRACTION51
2.2645-2.33760.29991050.24394461X-RAY DIFFRACTION60
2.3376-2.42120.34841140.23835215X-RAY DIFFRACTION70
2.4212-2.51810.28611250.20295520X-RAY DIFFRACTION74
2.5181-2.63270.26081310.19735870X-RAY DIFFRACTION79
2.6327-2.77150.23841450.19486065X-RAY DIFFRACTION81
2.7715-2.94510.24981370.19956159X-RAY DIFFRACTION82
2.9451-3.17250.2271440.18966595X-RAY DIFFRACTION87
3.1725-3.49170.23691720.17417094X-RAY DIFFRACTION94
3.4917-3.99670.18841730.14157221X-RAY DIFFRACTION95
3.9967-5.03470.16191720.12257366X-RAY DIFFRACTION96
5.0347-49.60590.19181850.15157900X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4897-0.26350.15650.5143-0.00241.45430.0322-0.08120.06850.10870.0054-0.0541-0.16640.0846-0.0320.2007-0.04820.00480.11690.0070.1494141.98972.764105.3306
21.2669-0.37950.33091.75460.26041.99160.0136-0.03420.03040.05150.0714-0.11160.01270.3075-0.08160.213-0.0352-0.01130.22720.00280.1458149.901364.4329110.2704
30.41770.00680.17650.5515-0.29780.922-0.0035-0.14780.14830.12530.0450.0965-0.4082-0.4683-0.04070.37070.14940.0610.3488-0.02120.199115.020885.3327100.3795
40.7344-0.0141-0.13750.3866-0.06791.19420.02890.00280.0995-0.01050.01110.0572-0.2253-0.2351-0.04440.21660.03860.00140.16750.02330.1419125.185479.395482.0658
52.8556-2.39821.40284.3533-0.27056.6741-0.24180.52940.1994-0.37230.1892-0.28380.03130.79030.04870.3427-0.10550.07890.30450.04180.2367153.959284.464666.6402
60.49370.15860.06810.4960.00371.31230.05570.1432-0.1571-0.10140.0194-0.03180.4860.1409-0.03970.35360.071-0.04340.157-0.02490.1691139.8645.580558.8816
70.75790.31040.15541.53750.60721.53640.05920.1442-0.1299-0.09640.0382-0.09420.23680.4779-0.07290.26080.0896-0.01010.2536-0.01510.1435149.763553.346654.6153
80.3340.22110.23260.33-0.25831.0676-0.00130.0867-0.2084-0.09820.09070.06630.5723-0.4351-0.00360.4666-0.2633-0.13920.3477-0.01580.1465112.169936.738763.0477
90.8954-0.0525-0.14060.3084-0.18030.78180.02010.2294-0.1209-0.05320.09730.15760.1878-0.6347-0.06490.2055-0.1434-0.06490.39730.04380.1505107.417850.089171.5033
100.3531-0.111-0.04140.362-0.02490.82180.0274-0.0239-0.2248-0.07320.03520.00340.4986-0.1324-0.06190.4402-0.06-0.05470.11010.03050.1459131.542236.790287.9079
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:249)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 250:342)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 343:437)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 438:731)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 732:739)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 2:248)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 249:339)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 340:437)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 438:537)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 538:743)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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