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- PDB-3u3p: The S-SAD phased crystal structure of the ecto-domain of Death Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u3p
タイトルThe S-SAD phased crystal structure of the ecto-domain of Death Receptor 6 (DR6)
要素Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
キーワードAPOPTOSIS / trigger apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of myelination / B cell apoptotic process / axonal fasciculation / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / humoral immune response ...regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of interleukin-5 production / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of myelination / B cell apoptotic process / axonal fasciculation / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of interleukin-10 production / negative regulation of B cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of T cell proliferation / myelination / PPARA activates gene expression / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / neuron apoptotic process / adaptive immune response / axon / apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 21 / Tumor necrosis factor receptor 21, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor 21, death domain / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Putative ephrin-receptor like / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Ru, H. / Zhao, L.X. / Ding, W. / Jiao, L.Y. / Shaw, N. / Zhang, L.G. / Hung, L.W. / Matsugaki, N. / Wakatsuki, S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: S-SAD phasing study of death receptor 6 and its solution conformation revealed by SAXS
著者: Ru, H. / Zhao, L. / Ding, W. / Jiao, L. / Shaw, N. / Liang, W. / Zhang, L. / Hung, L.W. / Matsugaki, N. / Wakatsuki, S. / Liu, Z.J.
履歴
登録2011年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2121
ポリマ－34,2121
非ポリマー00
水2,558142
1
A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4232
ポリマ－68,4232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_585x,x-y+3,-z+1/61
Buried area1520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.857, 77.857, 186.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

HOH

21A-434-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 21 / Death receptor 6


分子量: 34211.570 Da / 分子数: 1 / 断片: cysteine rich domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF21, DR6, UNQ437/PRO868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75509
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate tribasic dehydrate (pH5.0-6.0), 25-30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→38.11 Å / Num. obs: 20449 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.09→38.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 3.535 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27054 1053 5.1 %RANDOM
Rwork0.22527 ---
obs0.22746 19478 99.85 %-
all-19507 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.296 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→38.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1229 0 0 142 1371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.021269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4171.9551733
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8735165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39323.8347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.58515209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.459158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.180.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.092→2.146 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 82 -
Rwork0.234 1380 -
obs--99.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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