PDB-3u3k: Crystal structure of hSULT1A1 bound to PAP and 2-Naphtol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u3k

タイトル

Crystal structure of hSULT1A1 bound to PAP and 2-Naphtol

要素

Sulfotransferase 1A1

キーワード

TRANSFERASE / Arylsulfotransferase / Binding Sites / 2-Naphtol

機能・相同性

機能・相同性情報

flavonol 3-sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / steroid sulfotransferase activity / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / flavonoid metabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / sulfation / sulfotransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Guttman, C. / Berger, I. / Aharoni, A. / Zarivach, R.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: The molecular basis for the broad substrate specificity of human sulfotransferase 1A1.
著者: Berger, I. / Guttman, C. / Amar, D. / Zarivach, R. / Aharoni, A.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u3k.cif.gz	252.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u3k.ent.gz	203.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u3k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u3k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3jC 3u3mC 3u3oC 3u3rC 1ls6S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eo9-d 1thr-d 5lrk-3 1zg7-1 1aix-d 1z5r-2 1hxf-d 2pjb-3 1zg7-3 3wc5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sulfotransferase 1A1

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

73.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Sulfotransferase 1A1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.176, 81.273, 121.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfotransferase 1A1 / ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol ...ST1A1 / Aryl sulfotransferase 1 / HAST1/HAST2 / Phenol sulfotransferase 1 / Phenol-sulfating phenol sulfotransferase 1 / P-PST 1 / ST1A3 / Thermostable phenol sulfotransferase / Ts-PST 分子量: 36391.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Homo sapiens / 遺伝子: hSULT1A1, OK/SW-cl.88, STP, STP1, SULT1A1 / プラスミド: pET32tr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50225, aryl sulfotransferase
#2: 化合物	ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-03V / naphthalen-2-ol / 2-Naphtol / 2-ナフト-ル分子量: 144.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE ...THESE CONFLICTS ARISE FROM POLYMORPHISM OF THE HSULT1A1 GENE (H213). THE CLOSEST SEQUENCE TO THE CRYSTALLIZED SEQUENCE HAS REFERENCE CODE GENBANK: AAI10888.1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: Tris, Polyethylene glycol 3.350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年11月1日

放射

モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.36→22 Å / Num. obs: 28872 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.855 / Net I/σ(I): 11.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.36-2.4	3.8	0.462	872	1.166	1	57.4
2.4-2.44	4.7	0.424	1417	1.198	1	95.9
2.44-2.49	5	0.449	1465	1.266	1	97
2.49-2.54	5.2	0.417	1466	1.259	1	99.4
2.54-2.6	5.5	0.358	1507	1.353	1	99.3
2.6-2.66	5.6	0.321	1481	1.357	1	100
2.66-2.72	5.7	0.303	1517	1.409	1	100
2.72-2.8	5.7	0.232	1494	1.478	1	99.9
2.8-2.88	5.7	0.216	1500	1.622	1	100
2.88-2.97	5.8	0.194	1505	1.715	1	100
2.97-3.08	5.8	0.161	1496	1.773	1	99.9
3.08-3.2	5.8	0.135	1519	1.944	1	100
3.2-3.35	5.9	0.119	1511	2.086	1	99.9
3.35-3.52	5.9	0.104	1528	2.271	1	100
3.52-3.74	4.3	0.094	945	2.833	1	61.9
3.74-4.03	4.8	0.082	1340	2.666	1	87.1
4.03-4.43	5.9	0.069	1527	2.628	1	100
4.43-5.07	5.9	0.062	1563	2.532	1	100
5.07-6.36	5.9	0.056	1573	2.157	1	100
6.36-22	5.4	0.048	1646	2.181	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1LS6

1ls6

解像度: 2.36→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.2483 / WR_factor R_work: 0.1991 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.17 / FOM work R set: 0.7644 / SU B: 16.593 / SU ML: 0.191 / SU R Cruickshank DPI: 0.4239 / SU R_free: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2705	1456	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2142	-	-	-
obs	0.217	28688	95.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.37 Å² / B_iso mean: 44.1194 Å² / B_iso min: 19.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4709	0	76	113	4898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	4979
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	1.978	6774
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	8366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.383	5	587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.949	23.839	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.714	15	845
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.026	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1027
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.806	1.5	2917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.177	1.5	1142
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.484	2	4755
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.263	3	2062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.411	4.5	2013

LS精密化シェル

解像度: 2.361→2.422 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.383	102	-
R_work	0.306	1708	-
all	-	1810	-
obs	-	-	83.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9991	-0.5097	0.3808	0.329	-0.0724	1.1212	0.0319	-0.0509	-0.2813	0.0043	0.0105	0.021	0.1128	-0.0923	-0.0424	0.1202	-0.0263	0.001	0.1099	-0.0037	0.1379	12.3426	-5.415	-13.3358
2	1.4894	-0.0237	0.5718	0.0493	-0.0852	0.9783	-0.0014	-0.0012	-0.0645	0.0362	-0.0123	-0.0155	0.0278	0.0185	0.0137	0.1181	-0.0045	-0.0079	0.0801	-0.001	0.1123	22.3432	-0.305	-9.8998
3	6.2204	-0.3421	0.3344	1.9415	-2.0088	2.0857	0.0298	0.2855	0.4059	0.1247	-0.0258	0.0342	-0.1444	0.069	-0.004	0.1786	-0.0156	-0.0219	0.1152	0.016	0.1527	23.6987	10.6022	-13.5961
4	1.485	-0.6187	0.1829	0.6783	0.8774	2.5684	-0.1279	-0.0746	0.3454	0.0068	-0.0301	-0.0498	-0.3279	-0.2901	0.158	0.1503	0.0786	-0.0104	0.1288	-0.0222	0.1659	8.9042	12.6747	-6.5256
5	1.9303	-0.4424	0.8275	0.1838	-0.0953	0.8322	-0.0913	-0.4165	-0.1262	0.1126	0.0858	0.0217	-0.0472	-0.1843	0.0055	0.1515	0.0099	-0.0028	0.1838	0.0292	0.0461	18.2287	0.3268	2.2071
6	12.0035	6.9651	2.3944	4.0417	1.3893	0.4777	0.3913	-0.9203	0.6921	0.2343	-0.5318	0.3982	0.073	-0.1849	0.1405	0.4722	0.0951	-0.1861	0.1046	-0.1099	0.1347	22.8512	15.5787	-1.2117
7	1.5968	-0.4833	-0.3855	0.2048	0.2927	1.0114	-0.0066	0.0146	0.183	-0.0103	0.0333	-0.0182	-0.0648	0.0656	-0.0267	0.1076	-0.0152	0.0042	0.1325	0.0101	0.1267	23.7003	45.4232	-33.4791
8	1.3764	0.1726	-0.7533	0.1318	0.0545	1.3765	-0.0192	-0.0224	0.078	0.0898	0.0095	0.0377	0.0078	-0.0513	0.0097	0.1252	-0.0068	0.0095	0.0897	0.0017	0.1084	9.8758	42.0925	-24.5589
9	3.9436	0.2151	0.1395	1.8235	2.2328	2.7381	-0.1315	0.3316	-0.1795	0.1058	-0.0039	0.1044	0.1316	-0.0235	0.1354	0.1607	-0.0232	0.0358	0.1545	-0.0145	0.0749	11.5463	33.8528	-32.0819
10	1.1712	-0.2978	-0.1371	0.3214	-0.6039	2.0798	-0.2327	-0.0304	-0.3434	0.0099	0.0356	0.016	0.4172	0.0662	0.1971	0.229	0.066	0.0556	0.1081	0.0208	0.1373	25.053	27.9285	-26.0298
11	0.8781	-0.3444	-0.1834	0.1606	0.2225	1.1348	-0.1197	-0.2388	0.0966	0.075	0.1041	-0.0245	0.1035	0.2042	0.0156	0.1359	0.0148	-0.0099	0.1456	-0.014	0.0609	19.9582	40.7701	-16.7399
12	4.1017	0.9227	-2.349	0.3083	-0.7323	1.7601	-0.2832	-0.1593	-0.6257	0.0011	0.0697	-0.0544	0.0358	-0.0984	0.2135	0.2649	0.0025	0.1233	0.1464	0.0417	0.2435	9.6941	25.626	-23.4592

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 171
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	172 - 181
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	182 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	216 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	287 - 295
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	8 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	121 - 167
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	168 - 180
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	181 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	211 - 281
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	282 - 295

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)