PDB-3u39: Crystal Structure of the apo Bacillus Stearothermophilus phosphof...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u39

タイトル

Crystal Structure of the apo Bacillus Stearothermophilus phosphofructokinase

要素

6-phosphofructokinase

キーワード

TRANSFERASE / PFK

機能・相同性

機能・相同性情報

6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7921 Å

データ登録者

Mosser, R. / Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure of the apo form of Bacillus stearothermophilus phosphofructokinase.
著者: Mosser, R. / Reddy, M.C. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D.

履歴

登録	2011年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年12月28日	Group: Structure summary
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u39.cif.gz	245.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u39.ent.gz	197.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/3u39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3pfkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4a3s-2 1mto-1 3pfk-1 4i36-d 4i7e-d 4i4i-d 4a3s-1 4pfk-1 1mto-2 6pfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10)

登録構造単位

A: 6-phosphofructokinase

B: 6-phosphofructokinase

C: 6-phosphofructokinase

D: 6-phosphofructokinase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	201.909, 113.383, 76.627
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase / Phosphohexokinase 分子量: 34167.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pfkA, pfk / プラスミド: pBR322/BsPFK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RL257 / 参照: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Ca acetate, 0.1M Na cacodylate 6.5, 18% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7921→50 Å / Num. all: 41129 / Num. obs: 41129 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 41.819 Å² / R_merge(I) obs: 0.115 / R_sym value: 0.115 / Net I/σ(I): 14.61
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 4120 / R_sym value: 0.46 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3PFK

3pfk

解像度: 2.7921→28.5073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8004 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: mlhl

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2601	1933	5.04 %	random
R_work	0.199	-	-	-
all	0.202	38382	-	-
obs	0.202	38382	92.11 %	-

溶媒の処理

B_sol: 30.952 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.1 Å² / B_iso mean: 43.1696 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.814 Å²	-0 Å²	4.098 Å²
2-	-	-18.356 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.458 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7921→28.5073 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9379	0	5	326	9710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.806	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.575	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.064	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2.7921-2.805	0.2727	360	X-RAY DIFFRACTION	73	64
2.805-2.818	0.2696	469	X-RAY DIFFRACTION	73	79
2.818-2.8314	0.262	453	X-RAY DIFFRACTION	73	81
2.8314-2.845	0.2622	472	X-RAY DIFFRACTION	73	81
2.845-2.8589	0.2444	453	X-RAY DIFFRACTION	73	82
2.8589-2.873	0.2735	429	X-RAY DIFFRACTION	73	79
2.873-2.8874	0.2425	443	X-RAY DIFFRACTION	73	78
2.8874-2.9021	0.251	488	X-RAY DIFFRACTION	73	81
2.9021-2.9172	0.2672	436	X-RAY DIFFRACTION	73	80
2.9172-2.9325	0.2477	455	X-RAY DIFFRACTION	73	82
2.9325-2.9482	0.2564	467	X-RAY DIFFRACTION	73	82
2.9482-2.9642	0.2413	491	X-RAY DIFFRACTION	73	82
2.9642-2.9805	0.2309	494	X-RAY DIFFRACTION	73	85
2.9805-2.9972	0.2569	439	X-RAY DIFFRACTION	73	84
2.9972-3.0143	0.2488	463	X-RAY DIFFRACTION	73	82
3.0143-3.0319	0.2256	510	X-RAY DIFFRACTION	73	85
3.0319-3.0498	0.2327	490	X-RAY DIFFRACTION	73	84
3.0498-3.0681	0.2459	464	X-RAY DIFFRACTION	73	83
3.0681-3.0869	0.2429	472	X-RAY DIFFRACTION	73	85
3.0869-3.1062	0.2377	489	X-RAY DIFFRACTION	73	86
3.1062-3.126	0.2362	496	X-RAY DIFFRACTION	73	86
3.126-3.1462	0.2365	461	X-RAY DIFFRACTION	73	83
3.1462-3.167	0.2468	478	X-RAY DIFFRACTION	73	83
3.167-3.1884	0.2214	497	X-RAY DIFFRACTION	73	87
3.1884-3.2104	0.2133	469	X-RAY DIFFRACTION	73	85
3.2104-3.2329	0.2246	490	X-RAY DIFFRACTION	73	85
3.2329-3.2562	0.2219	462	X-RAY DIFFRACTION	73	85
3.2562-3.2801	0.2207	504	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.2801-3.3047	0.1937	493	X-RAY DIFFRACTION	73	83
3.3047-3.3301	0.1937	481	X-RAY DIFFRACTION	73	86
3.3301-3.3563	0.1915	504	X-RAY DIFFRACTION	73	89
3.3563-3.3833	0.2155	500	X-RAY DIFFRACTION	73	89
3.3833-3.4112	0.201	512	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.4112-3.44	0.1929	487	X-RAY DIFFRACTION	73	86
3.44-3.4699	0.208	499	X-RAY DIFFRACTION	73	89
3.4699-3.5008	0.2035	513	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.5008-3.5329	0.1852	521	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.5329-3.5662	0.1867	500	X-RAY DIFFRACTION	73	90
3.5662-3.6007	0.1918	518	X-RAY DIFFRACTION	73	91
3.6007-3.6367	0.1847	508	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.6367-3.6741	0.194	544	X-RAY DIFFRACTION	73	93
3.6741-3.7131	0.1875	509	X-RAY DIFFRACTION	73	91
3.7131-3.7538	0.1765	491	X-RAY DIFFRACTION	73	89
3.7538-3.7963	0.1771	520	X-RAY DIFFRACTION	73	89
3.7963-3.8409	0.1655	497	X-RAY DIFFRACTION	73	90
3.8409-3.8876	0.1681	521	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.8876-3.9367	0.1802	465	X-RAY DIFFRACTION	73	88
3.9367-3.9884	0.1679	549	X-RAY DIFFRACTION	73	91
3.9884-4.0429	0.1724	516	X-RAY DIFFRACTION	73	89
4.0429-4.1005	0.1665	501	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.1005-4.1615	0.1822	538	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.1615-4.2263	0.1659	491	X-RAY DIFFRACTION	73	88
4.2263-4.2954	0.1788	531	X-RAY DIFFRACTION	73	90
4.2954-4.3692	0.168	494	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.3692-4.4484	0.1545	538	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.4484-4.5336	0.1781	525	X-RAY DIFFRACTION	73	89
4.5336-4.6257	0.1663	513	X-RAY DIFFRACTION	73	91
4.6257-4.7259	0.1575	526	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.7259-4.8353	0.1624	531	X-RAY DIFFRACTION	73	93
4.8353-4.9556	0.1593	513	X-RAY DIFFRACTION	73	92
4.9556-5.0889	0.1582	550	X-RAY DIFFRACTION	73	93
5.0889-5.2377	0.1744	538	X-RAY DIFFRACTION	73	94
5.2377-5.4057	0.1782	534	X-RAY DIFFRACTION	73	93
5.4057-5.5975	0.2016	520	X-RAY DIFFRACTION	73	93
5.5975-5.8198	0.197	547	X-RAY DIFFRACTION	73	94
5.8198-6.0822	0.1923	526	X-RAY DIFFRACTION	73	93
6.0822-6.3995	0.1835	543	X-RAY DIFFRACTION	73	92
6.3995-6.7953	0.1976	546	X-RAY DIFFRACTION	73	95
6.7953-7.3118	0.1779	554	X-RAY DIFFRACTION	73	95
7.3118-8.0326	0.1684	537	X-RAY DIFFRACTION	73	95
8.0326-9.1611	0.1367	539	X-RAY DIFFRACTION	73	92
9.1611-11.4173	0.1333	528	X-RAY DIFFRACTION	73	90
11.4173-28.5088	0.2103	544	X-RAY DIFFRACTION	73	90

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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