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- PDB-3u34: Crystal structure of the general stress FMN/FAD binding protein f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u34
タイトルCrystal structure of the general stress FMN/FAD binding protein from the phytopathogen Xanthomonas citri
要素General stress protein
キーワードPROTEIN BINDING / Xanthomonas citri General stress protein FMN binding protein FAD binding protein / PNP-oxidase like fold / FMN FAD
機能・相同性General stress protein, FMN-binding split barrel domain / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase like / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta / TRIETHYLENE GLYCOL / General stress protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Hilario, E. / Li, Y. / Fan, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: The structure of a Xanthomonas general stress protein involved in citrus canker reveals its flavin-binding property.
著者: Hilario, E. / Li, Y. / Niks, D. / Fan, L.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General stress protein
B: General stress protein
C: General stress protein
D: General stress protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7366
ポリマ－80,4364
非ポリマー3002
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11630 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area24610 Å2
手法PISA
2
A: General stress protein
D: General stress protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3683
ポリマ－40,2182
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15250 Å2
手法PISA
3
A: General stress protein
B: General stress protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3683
ポリマ－40,2182
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15810 Å2
手法PISA
4
B: General stress protein
C: General stress protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3683
ポリマ－40,2182
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
5
C: General stress protein
D: General stress protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3683
ポリマ－40,2182
非ポリマー1501
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.308, 122.135, 57.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 24:152 )
211chain B and (resseq 24:152 )
311chain C and (resseq 24:152 )
411chain D and (resseq 24:152 )
詳細BASED ON THE SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY RESULTS THE PURE RECOMBINANT PROTEIN EXIST AS AN EQUILIBRIUM OF DIMERS AND TETRAMERS IN SOLUTION. HOWEVER, THE AMOUNT OF DIMERIC FORM IS PREDOMINANT WHEN COMPARED WITH THE TETRAMERIC FORM

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要素

#1: タンパク質
General stress protein


分子量: 20108.908 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gene was cloned into EcoRI and HindIII restriction sites of pET28a.
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306
遺伝子: General stress protein NCBI-GeneID 1156440, XAC2369
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: Q8PK08
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein concentration at 25 mg/mL in 0.1M Hepes buffer, pH 7.5, containing 42% PEG200, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 21644 / Num. obs: 20973 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClear2.0 r2データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DMB

3dmb


解像度: 2.8→19.807 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0.05 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 1029 5.13 %RANDOM
Rwork0.2123 ---
obs0.2147 20050 92.71 %-
all-21627 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.539 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.6129 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.4578 Å20 Å2
3----9.1551 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4263 0 20 47 4330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3145929
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9641539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088648
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005762
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A973X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B973X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.135
13C983X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.194
14D979X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7979-2.94490.37031390.27512378X-RAY DIFFRACTION83
2.9449-3.12880.32531350.23242515X-RAY DIFFRACTION87
3.1288-3.36920.27231690.22222673X-RAY DIFFRACTION93
3.3692-3.70630.27091530.19912810X-RAY DIFFRACTION97
3.7063-4.2380.24241330.18982866X-RAY DIFFRACTION98
4.238-5.32230.20691280.17712876X-RAY DIFFRACTION96
5.3223-19.80730.23691720.21982903X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.69530.3489-0.34821.1178-0.50281.00020.0969-0.12510.05440.2215-0.03070.0002-0.10340.0537-0.07820.2360.07050.0420.1154-0.0340.067-35.9746.37586.6879
20.7172-0.1194-0.15240.98450.66512.5696-0.05370.0592-0.1095-0.20660.1035-0.00650.6830.0551-0.07590.3856-0.01810.05850.1796-0.02340.0603-33.10425.6795-14.7724
30.6607-0.11540.5141.7480.20680.6223-0.10080.01360.0460.19560.0652-0.39670.0468-0.00320.01890.05530.0515-0.0170.0846-0.01890.1944-21.326631.9641.7165
40.6274-0.4112-0.21072.1804-0.3620.170.08790.27920.0185-0.1554-0.08870.56130.0429-0.0422-0.01550.0707-0.0193-0.03460.16490.00380.272-38.803934.0239-11.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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