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万見
- PDB-3u32: ATP synthase c10 ring reacted with DCCD at pH 5.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u32
タイトルATP synthase c10 ring reacted with DCCD at pH 5.5
要素ATP synthase subunit C, mitochondrial
キーワードMEMBRANE PROTEIN / F1FO ATP synthase / proton pore / c10 ring / DCCD-reacted
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion ...: / : / : / : / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / lipid binding / mitochondrion / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DICYCLOHEXYLUREA / ATP synthase subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Symersky, J. / Pagadala, V. / Osowski, D. / Krah, A. / Meier, T. / Faraldo-Gomez, J. / Mueller, D.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure of the c(10) ring of the yeast mitochondrial ATP synthase in the open conformation.
著者: Symersky, J. / Pagadala, V. / Osowski, D. / Krah, A. / Meier, T. / Faraldo-Gomez, J.D. / Mueller, D.M.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22012年6月13日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: ATP synthase subunit C, mitochondrial
L: ATP synthase subunit C, mitochondrial
M: ATP synthase subunit C, mitochondrial
N: ATP synthase subunit C, mitochondrial
O: ATP synthase subunit C, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,07410
ポリマ－38,9525
非ポリマー1,1225
水99155
1
K: ATP synthase subunit C, mitochondrial
L: ATP synthase subunit C, mitochondrial
M: ATP synthase subunit C, mitochondrial
N: ATP synthase subunit C, mitochondrial
O: ATP synthase subunit C, mitochondrial
ヘテロ分子

K: ATP synthase subunit C, mitochondrial
L: ATP synthase subunit C, mitochondrial
M: ATP synthase subunit C, mitochondrial
N: ATP synthase subunit C, mitochondrial
O: ATP synthase subunit C, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,14720
ポリマ－77,90410
非ポリマー2,24310
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area31170 Å2
ΔGint-416 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.572, 54.572, 244.559
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-77-

HOH

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要素

#1: タンパク質
ATP synthase subunit C, mitochondrial / Lipid-binding protein


分子量: 7790.385 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P61829
#2: 化合物
ChemComp-DCW / DICYCLOHEXYLUREA / 1,3-ジシクロヘキシル尿素


分子量: 224.342 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H24N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 68% MPD, 8% propolyene glycol, 0.3M NaCl, 2mM MgSO4, 50 mM MES pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 25071 / Num. obs: 25071 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2313 / Rsym value: 0.634 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3U2Y

3u2y


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 8.652 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 1260 5.1 %RANDOM
Rwork0.22412 ---
obs0.22565 23303 93.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----2.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2624 0 80 55 2759
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222819
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2132.0413846
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0925395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.2522.54259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94715415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.351155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211977
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.51864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.82422964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5713955
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6054.5868
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 72 -
Rwork0.275 1553 -
obs-1625 86.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7998-0.0478-2.14320.6306-1.336923.80360.0417-0.30550.07610.26510.0383-0.0441-0.07510.0636-0.08010.1462-0.0392-0.01610.1517-0.03670.173435.265610.691131.4112
20.8209-0.306-1.2510.9545-1.086922.7492-0.0279-0.34360.15590.3673-0.043-0.0871-0.63050.73020.07090.2181-0.0679-0.02090.1793-0.06310.242336.051119.17928.0935
30.7745-0.0486-0.96890.8061-2.117225.35470.1283-0.32460.12250.28120.09450.026-0.1333-0.0001-0.22280.1626-0.03690.01870.1452-0.04350.142127.399413.333531.7431
40.8531-0.0415-0.95761.0115-1.031516.20.0145-0.30830.12760.3359-0.0371-0.0436-0.73370.23460.02260.2213-0.01430.02690.1193-0.06910.244423.128220.689428.3017
50.6184-0.14840.0261.0341-2.507123.59970.1045-0.3050.04570.33740.08650.0922-0.1824-0.01-0.1910.1787-0.04520.04740.1523-0.0350.130119.523710.819831.9614
60.6245-0.041-0.29940.861-0.910516.3415-0.035-0.28990.10860.3454-0.02880.0819-0.9152-0.19110.06380.19080.00810.0540.1755-0.05650.229711.937514.460628.2335
71.035-0.24072.61240.7709-2.317828.93760.1323-0.3338-0.02920.32210.11850.104-0.1159-0.2552-0.25090.1994-0.00960.05590.138-0.0040.154914.73634.225831.6474
80.8484-0.06291.01361.161-1.738216.3256-0.0698-0.35550.07920.3848-0.04610.1601-0.5769-0.7660.11590.13710.00030.07150.2174-0.01550.25086.47342.569227.9361
91.0869-0.05282.2740.35350.110122.74570.1386-0.3454-0.10430.24450.06830.05460.283-0.2188-0.20690.1995-0.01390.03590.13080.02520.143914.479-4.096631.9424
100.8618-0.01841.51860.8633-0.255519.9499-0.0271-0.36740.00530.3617-0.11120.2051-0.1385-1.14020.13830.1684-0.05310.06610.20760.01330.26418.8885-10.284728.1831
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1K1 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2K42 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3L1 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4L42 - 75
5X-RAY DIFFRACTION5M1 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6M42 - 75
7X-RAY DIFFRACTION7N1 - 41
8X-RAY DIFFRACTION8N42 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9O1 - 41
10X-RAY DIFFRACTION10O42 - 74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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