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- PDB-3u2b: Structure of the Sox4 HMG domain bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2b
タイトルStructure of the Sox4 HMG domain bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
  • Transcription factor SOX-4
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / HMG domain / transcriptional regulation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ascending aorta morphogenesis / kidney morphogenesis / glial cell development / pro-B cell differentiation / noradrenergic neuron differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / mesenchyme development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / hematopoietic stem cell homeostasis ...positive regulation of N-terminal peptidyl-lysine acetylation / ascending aorta morphogenesis / kidney morphogenesis / glial cell development / pro-B cell differentiation / noradrenergic neuron differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / mesenchyme development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / hematopoietic stem cell homeostasis / endocrine pancreas development / mitral valve morphogenesis / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / atrial septum primum morphogenesis / neuroepithelial cell differentiation / camera-type eye morphogenesis / sympathetic nervous system development / negative regulation of myoblast differentiation / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / miRNA binding / ventricular septum morphogenesis / spinal cord development / somatic stem cell population maintenance / T cell differentiation / positive regulation of myoblast differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of translation / cellular response to glucose stimulus / brain development / regulation of protein stability / positive regulation of insulin secretion / neuron differentiation / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / glucose homeostasis / heart development / nervous system development / gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / response to hypoxia / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor SOX-12/11/4 / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.402 Å
データ登録者Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Kolatkar, P.R.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of the Sox4 HMG domain-DNA complex suggests a mechanism for positional interdependence in DNA recognition
著者: Jauch, R. / Ng, C.K.L. / Narasimhan, K. / Kolatkar, P.R.
履歴
登録2011年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
C: Transcription factor SOX-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5153
ポリマ－19,5153
非ポリマー00
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.941, 69.941, 63.205
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*G)-3')


分子量: 4871.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4925.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic DNA
#3: タンパク質 Transcription factor SOX-4


分子量: 9718.521 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 57-135 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox4, Sox-4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06831
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 100mM Hepes pH 7.2, 20% PEG 3350 pH 7.2, 50mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 7155 / Num. obs: 7040 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 50.57 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.402→43.732 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6894 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.22 / 位相誤差: 35.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 376 5.49 %RAMDOM
Rwork0.2353 ---
all0.27 7129 --
obs0.2377 6855 94.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.21 Å2 / ksol: 0.259 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 179.84 Å2 / Biso mean: 72.89 Å2 / Biso min: 23.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0061 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.0061 Å2-0 Å2
3----4.0122 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.402→43.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数655 650 0 8 1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6982014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.89587
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003146
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4022-2.74980.45021220.3591206092
2.7498-3.46420.29921270.2791219297
3.4642-43.73880.23851270.1908222794
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6374-1.2494-5.63141.59720.96297.445-0.8943-0.2544-0.23710.16730.3079-0.42252.86291.23550.56510.6340.22180.1990.45380.04320.220427.5302-7.5161-8.4456
22.85970.8426-2.14811.16321.56536.61350.5902-0.6225-1.04520.25130.05230.72331.5990.334-0.26030.9253-0.2281-0.22150.56920.18950.334121.851-19.58958.9273
32.6121-0.9410.762.96491.4231.24450.08470.7993-0.23280.2106-0.17750.05180.66910.40620.16270.5272-0.2526-0.01030.53270.11820.211923.0406-11.44282.3563
46.0928-2.0125-0.38513.70131.24652.7565-1.20340.75650.05440.21810.5447-0.24860.7093-0.34440.20630.62630.00480.46170.6622-0.17760.598834.644-4.8566-16.7356
59.6933-2.99015.00923.8631-2.5764.1938-0.0264-0.1858-0.49121.1903-0.3155-0.0117-0.5069-0.87820.63140.4437-0.5075-0.34280.96230.22680.283614.1041-14.6357-5.681
62.83252.7483-1.82773.7934-0.44935.13850.42170.48150.2950.4255-0.62310.74070.2253-1.56360.10270.0463-0.053-0.04490.86960.01450.12213.6968-1.2435-0.1227
70.51740.6392-1.41062.1135-2.47766.33020.13081.02690.06360.11780.77330.33930.1043-2.4853-0.72550.20920.08450.05780.81430.17430.238715.54226.2999-9.3945
87.8883-5.81121.56369.3547-3.23271.18351.17571.49090.7496-0.8439-0.9111-0.3870.3114-0.0050.18480.5927-0.03140.14660.76890.19350.579525.14985.5569-12.6161
90.3476-0.75071.45963.3255-1.08772.1810.14770.0320.76661.3762-1.16912.1082-1.3788-4.3178-0.813-0.09920.1589-0.24740.22220.4858-0.52915.46964.78993.1427
100.9268-1.519-1.00665.46980.04523.8632-0.303-0.16640.036-1.57231.1893-0.65650.7749-2.7487-0.93290.4583-0.7068-0.06141.90280.11090.15214.2748-11.3080.0428
118.4039-0.9141-6.90380.80120.66085.7957-1.50040.8187-0.74541.31080.75010.00392.2174-1.10470.81682.2215-0.2727-0.19770.5172-0.13520.391315.2937-21.4458-2.2962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:10)A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 11:16)A11 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 1:11)B1 - 11
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 12:16)B12 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 1:7)C1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 8:13)C8 - 13
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 14:25)C14 - 25
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 26:30)C26 - 30
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 31:54)C31 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 55:65)C55 - 65
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 66:76)C66 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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