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万見
- PDB-3u1w: Crystal structure of a Calcium binding protein (BDI_1975) from Pa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u1w
タイトルCrystal structure of a Calcium binding protein (BDI_1975) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.00 A resolution
要素Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / BLIP-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #360 / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Putative beta-lactamase-inhibitor-like, PepSY-like / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / ACETATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN (BDI_1975) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
B: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
C: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,48229
ポリマ－87,2643
非ポリマー1,21826
水14,880826
1
A: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
B: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,80616
ポリマ－58,1762
非ポリマー63014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
ヘテロ分子

C: Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,35326
ポリマ－58,1762
非ポリマー1,17724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area26030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.258, 152.840, 165.691
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A29 - 277
2114B29 - 277
3114C29 - 277
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY PROVIDES SUPPORTING EVIDENCE THAT A DIMER IS A SIGNIFICANT OLIGOMERIC STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Hypothetical PERIPLASMIC PROTEIN


分子量: 29088.045 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / 遺伝子: BDI_1975 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6LDE6

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非ポリマー , 5種, 852分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 826 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 26-334) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 26-334) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 26-277 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20.0% 2-propanol, 0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate pH 4.6, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97938
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月23日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.99 Å / Num. all: 101909 / Num. obs: 101909 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.141 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.056.30.9950.74699374760.995100
2.05-2.116.30.8590.94570672640.859100
2.11-2.176.30.6821.14484071190.682100
2.17-2.246.30.5831.34345768870.583100
2.24-2.316.30.5251.24212566720.525100
2.31-2.396.30.4351.74081464610.435100
2.39-2.486.30.36823953262470.368100
2.48-2.586.30.3182.43809260170.318100
2.58-2.76.30.25533651257830.255100
2.7-2.836.30.2023.73506055390.202100
2.83-2.986.30.1664.43329352590.166100
2.98-3.166.30.1375.13142549730.137100
3.16-3.386.30.1116.12974447020.111100
3.38-3.656.30.0877.62772943900.087100
3.65-46.30.0798.32554440460.079100
4-4.476.30.0699.12299336500.069100
4.47-5.166.30.0699.32037532530.069100
5.16-6.326.20.0857.91732527860.085100
6.32-8.946.10.0897.51322921750.08999.9
8.94-29.995.80.078.8701512100.0797

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.917 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.117
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. CALCIUM (CA), CHLORIDE (CL), AND ACETATE (ACT) FROM THE CRYSTALLIZATION AND 1,2-ETHANEDIOL USED AS A CRYOPROTECTANT WERE MOLDELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2147 5088 5 %RANDOM
Rwork0.1893 ---
obs0.1906 101900 99.93 %-
原子変位パラメータBiso max: 79.48 Å2 / Biso mean: 34.4015 Å2 / Biso min: 9.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.49 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3----1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5983 0 59 826 6868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9378559
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79539883
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4055787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.49926.564326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.13151021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.902155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2936
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_it1.4592.4536271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other0.2722.4694006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_it2.3753.6438538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_others1.3453.7129883
X-RAY DIFFRACTIONr_torsion_it4.3197.4952139
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3178 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.50.5
BMEDIUM POSITIONAL0.310.5
CMEDIUM POSITIONAL0.440.5
AMEDIUM THERMAL3.792
BMEDIUM THERMAL3.182
CMEDIUM THERMAL3.292
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 322 -
Rwork0.278 6834 -
all-7156 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44410.2865-0.05340.50630.25311.41950.0236-0.1002-0.01190.0543-0.05120.02210.0930.10970.02760.07060.0263-0.02990.0450.00420.060324.706720.009539.4891
20.5242-0.1563-0.23270.57950.22821.6643-0.03940.0186-0.01340.0179-0.0208-0.03430.04230.19530.06020.0717-0.0023-0.03670.03610.02890.074531.1711-15.563219.023
30.75290.35750.52590.17670.2420.6417-0.0543-0.08150.144-0.0215-0.04720.0647-0.0857-0.05950.10140.09350.0122-0.04680.0258-0.02180.05185.43940.38619.644
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 277
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3C28 - 277

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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