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- PDB-3u1h: Crystal structure of IPMDH from the last common ancestor of Bacillus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u1h
タイトルCrystal structure of IPMDH from the last common ancestor of Bacillus
要素3-isopropylmalate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase-like fold
機能・相同性Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Haaning, S. / Hobbs, J.K. / Monk, C.R. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: MOL.BIOL.EVOL. / 年: 2011
タイトル: On the Origin and Evolution of Thermophily: Reconstruction of Functional Precambrian Enzymes from Ancestors of Bacillus
著者: Hobbs, J.K. / Shepherd, C. / Saul, D.J. / Demetras, N.J. / Haaning, S. / Monk, C.R. / Daniel, R.M. / Arcus, V.L.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-isopropylmalate dehydrogenase
B: 3-isopropylmalate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1872
ポリマ－85,1872
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.266, 75.985, 171.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 364 / Label seq-ID: 24 - 385

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 3-isopropylmalate dehydrogenase


分子量: 42593.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 遺伝子: LEUB / プラスミド: pPROEX HTb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 % / Mosaicity: 0.65 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200mM diammonium hydrogen citrate, 2mM MgSO4, 15% PEG 3350, 4% glycerol, pH 5.5, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年9月1日 / 詳細: msc osmic optics
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.549 Å / Num. all: 22393 / Num. obs: 22393 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.8-2.954.80.6230.5661.41424029530.2510.6230.5662.487.8
2.95-3.134.80.4280.38821406729250.1740.4280.3883.391.8
3.13-3.354.80.2980.272.81357228230.1230.2980.274.994.2
3.35-3.614.80.1780.1614.71293626940.0740.1780.1618.196
3.61-3.964.80.1340.1215.91228325400.0560.1340.12111.397.5
3.96-4.4350.0930.0848.21154723220.040.0930.08416.598.1
4.43-5.115.30.0720.0659.91096020750.030.0720.06522.498.8
5.11-6.265.60.0670.0610.91008218010.0270.0670.0621.699.5
6.26-8.855.70.0470.04313.5808614270.0190.0470.04329.199.5
8.85-44.5495.30.0410.03713.644028330.0170.0410.03736.598.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 54.54 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.61 Å34.65 Å
Translation2.61 Å34.65 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V53

1v53


解像度: 2.8→44.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.013 / SU ML: 0.403 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3088 1124 5 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.2367 22331 94.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.68 Å2 / Biso mean: 65.5073 Å2 / Biso min: 18.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→44.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5212 0 0 16 5228
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9957185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7915708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.70424.821195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.19215865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.2351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2858
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5971.53526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12925599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50631763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7034.51586
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2574 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.370.5
MEDIUM THERMAL0.512
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 69 -
Rwork0.352 1409 -
all-1478 -
obs--86.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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