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万見
- PDB-3u16: Structure of BasE N-terminal domain from Acinetobacter baumannii ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u16
タイトルStructure of BasE N-terminal domain from Acinetobacter baumannii bound to 6-(p-benzyloxy)phenyl-1-(pyridin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid.
要素Peptide arylation enzyme
キーワードLIGASE / ANL Superfamily / adenylating enzyme / 2 / 3-dihydroxybenzoate:Aryl Carrier protein ligase / BasF
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3-dihydroxybenzoate--[aryl-carrier protein] ligase / siderophore biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme ...2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-H89 / Peptide arylation enzyme / Peptide arylation enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Gulick, A.M. / Drake, E.J. / Aldrich, C.C. / Neres, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Non-nucleoside inhibitors of BasE, an adenylating enzyme in the siderophore biosynthetic pathway of the opportunistic pathogen Acinetobacter baumannii.
著者: Neres, J. / Engelhart, C.A. / Drake, E.J. / Wilson, D.J. / Fu, P. / Boshoff, H.I. / Barry 3rd, C.E. / Gulick, A.M. / Aldrich, C.C.
履歴
登録2011年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22020年5月13日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide arylation enzyme
B: Peptide arylation enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,08612
ポリマ－121,7372
非ポリマー1,35010
水9,206511
1
A: Peptide arylation enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5837
ポリマ－60,8681
非ポリマー7156
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptide arylation enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5035
ポリマ－60,8681
非ポリマー6354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area33450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.093, 144.780, 148.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Peptide arylation enzyme


分子量: 60868.270 Da / 分子数: 2 / 変異: P45L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
株: AB900 / 遺伝子: ACICU_02578, basE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B2HVG8, UniProt: A0A7U3Y1M5*PLUS, 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの

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非ポリマー , 5種, 521分子

#2: 化合物 ChemComp-H89 / 6-[4-(benzyloxy)phenyl]-1-(pyridin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 436.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H20N4O3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THIS ENTRY USES A UNIPROT REFERENCE THAT IS FOR A DIFFERENT STRAIN OF A. BAUMANNI. THESE CHANGES ...THIS ENTRY USES A UNIPROT REFERENCE THAT IS FOR A DIFFERENT STRAIN OF A. BAUMANNI. THESE CHANGES ARE STRAIN RELATED DIFFERENCES AS FOUND IN GENBANK ENTRY ZP_04661818.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5-15% PEG 8000, 5% MPD, 250-600 MM CaCl2, 50 MM BTP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月24日
放射モノクロメーター: SSRL 11-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 84673 / Num. obs: 82980 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / % possible all: 88.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
REFMAC(Diff. Fourier)精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC(Diff. Fourier)位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3O84

3o84


解像度: 2.1→39.65 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2188 4087 4.96 %Random
Rwork0.1849 ---
obs0.1866 82408 98.08 %-
all-84090 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.47 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6109 Å20 Å2-0 Å2
2--1.4534 Å2-0 Å2
3----12.0643 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6774 0 88 511 7373
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0589613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3372516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691067
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051257
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12470.31871200.26752317X-RAY DIFFRACTION85
2.1247-2.15060.29891170.2682462X-RAY DIFFRACTION90
2.1506-2.17780.2841320.24772472X-RAY DIFFRACTION92
2.1778-2.20650.29371340.25242595X-RAY DIFFRACTION95
2.2065-2.23670.26891350.22482582X-RAY DIFFRACTION96
2.2367-2.26870.26161340.22682671X-RAY DIFFRACTION97
2.2687-2.30250.27451590.21692631X-RAY DIFFRACTION98
2.3025-2.33850.27431350.20762730X-RAY DIFFRACTION99
2.3385-2.37680.23291400.20462690X-RAY DIFFRACTION99
2.3768-2.41780.27631370.20842686X-RAY DIFFRACTION99
2.4178-2.46180.29521310.19392724X-RAY DIFFRACTION99
2.4618-2.50910.23441260.18862741X-RAY DIFFRACTION100
2.5091-2.56030.21321500.17932742X-RAY DIFFRACTION100
2.5603-2.6160.23171340.19642716X-RAY DIFFRACTION100
2.616-2.67680.28371530.19992696X-RAY DIFFRACTION100
2.6768-2.74380.28621360.2062757X-RAY DIFFRACTION100
2.7438-2.81790.24681470.19262704X-RAY DIFFRACTION100
2.8179-2.90080.27861540.20252774X-RAY DIFFRACTION100
2.9008-2.99440.25321460.18872732X-RAY DIFFRACTION100
2.9944-3.10140.23941440.18732741X-RAY DIFFRACTION100
3.1014-3.22550.23051460.19522746X-RAY DIFFRACTION100
3.2255-3.37230.21011420.18162770X-RAY DIFFRACTION100
3.3723-3.54990.18471510.16422753X-RAY DIFFRACTION100
3.5499-3.77220.17511470.15052770X-RAY DIFFRACTION100
3.7722-4.06320.16711520.14922782X-RAY DIFFRACTION100
4.0632-4.47160.15711490.14162772X-RAY DIFFRACTION100
4.4716-5.11750.14871460.13832817X-RAY DIFFRACTION100
5.1175-6.4430.19231420.17722820X-RAY DIFFRACTION99
6.443-39.6570.20631480.18712928X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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