RESIDUES 36-44 (AMINO ACIDS PEVEVNGKP) OF THE WILD-TYPE REFERENCE PROTEIN Q7SIG4 WERE REPLACED WITH ...RESIDUES 36-44 (AMINO ACIDS PEVEVNGKP) OF THE WILD-TYPE REFERENCE PROTEIN Q7SIG4 WERE REPLACED WITH A COMPLETELY NEW 22 RESIDUE DESIGNED SEQUENCE (AMINO ACIDS SPLSEALTKANSPAEAYKASRG)
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化
温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 2% v/v PEG-400, 2.0M (NH4)2SO4; 25mM HEPES pH 7.25, 100mM NaCl, 5% glycerol (mother liquor); A solution was prepared of CE6 (15mg/ml) in protein buffer with a 1:10,000 ...詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 2% v/v PEG-400, 2.0M (NH4)2SO4; 25mM HEPES pH 7.25, 100mM NaCl, 5% glycerol (mother liquor); A solution was prepared of CE6 (15mg/ml) in protein buffer with a 1:10,000 molar ratio of Bovine Pancreatic Trypsin (Sigma T1426) added about 25 minutes prior to setting drops (protein buffer), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
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データ収集
回折
平均測定温度: 100 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月1日
放射
モノクロメーター: Si(220) Asymmetric cut single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
Rfactor: 38.17 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度
最低解像度
Rotation
2.6 Å
14.94 Å
Translation
2.6 Å
14.94 Å
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
SCALEPACK
データスケーリング
PHASER
2.1.4
位相決定
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.1
データ抽出
HKL-2000
データ収集
DENZO
データ削減
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→46.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.198 / WRfactor Rwork: 0.1705 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.19 / FOM work R set: 0.8737 / SU B: 14.251 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.2962 / SU Rfree: 0.2083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19805
1870
5 %
RANDOM
Rwork
0.17051
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all
0.17194
37337
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obs
0.17194
37337
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK