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- PDB-3u0f: The structure of Beta-ketoacyl synthase from Brucella melitensis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u0f
タイトルThe structure of Beta-ketoacyl synthase from Brucella melitensis bound to the fragment 7-hydroxycoumarin
要素Beta-ketoacyl synthase
キーワードTRANSFERASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Beta-ketoacyl synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
7-hydroxy-2H-chromen-2-one / METHANOL / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Direct phasing from previous structure / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of beta-ketoacyl ACP synthase I bound to platencin and fragment screening molecules at two substrate binding sites.
著者: Patterson, E.I. / Nanson, J.D. / Abendroth, J. / Bryan, C. / Sankaran, B. / Myler, P.J. / Forwood, J.K.
履歴
登録2011年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9727
ポリマ－43,6521
非ポリマー3206
水9,368520
1
A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子

A: Beta-ketoacyl synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,94414
ポリマ－87,3042
非ポリマー64012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area7200 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area24840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.560, 83.250, 73.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-534-

HOH

21A-538-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-ketoacyl synthase


分子量: 43652.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biovar Abortus (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_2173, fabB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2YQQ9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I

-
非ポリマー , 5種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-07L / 7-hydroxy-2H-chromen-2-one / 7-hydroxycoumarin / 7-ヒドロキシクマリン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O3
#5: 化合物 ChemComp-MOH / METHANOL / メタノ-ル


分子量: 32.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BrabA.00113.a at 22.94 mg/ml. 0.2M Sodium malonate, 0.1M Bis tris propane pH8.5, 20% PEG3350. BrabA.00113.a.A1 PW25441, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→39.275 Å / Num. obs: 109758 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.707 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 15.27
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.25-1.280.353.6327418766193
1.28-1.320.3094.5232680780796.7
1.32-1.360.2745.3834658761996.9
1.36-1.40.236.3233812739797.2
1.4-1.440.1947.5232945718697.5
1.44-1.490.1588.9532041697397.7
1.49-1.550.12810.6631166677497.9
1.55-1.610.10812.4929980651198.2
1.61-1.690.09513.9429125630898.4
1.69-1.770.08116.2127507595698.6
1.77-1.860.06918.6226494574298.7
1.86-1.980.05921.6425101542998.8
1.98-2.110.05224.5123654512799.1
2.11-2.280.04827.2322006476499.2
2.28-2.50.04428.9420330439599.4
2.5-2.80.04230.4718449398099.6
2.8-3.230.03932.2316341352599.6
3.23-3.950.03834.3113863299999.5
3.95-5.590.03635.4110749232299.2
5.590.03734.45741128397.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.6.0117位相決定
精密化構造決定の手法: Direct phasing from previous structure
開始モデル: 3LRF

3lrf


解像度: 1.25→39.275 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.1344 / WRfactor Rwork: 0.1216 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.947 / SU B: 0.859 / SU ML: 0.017 / SU R Cruickshank DPI: 0.0356 / SU Rfree: 0.0323 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1341 5497 5 %RANDOM
Rwork0.122 ---
obs0.1226 109671 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 54.3 Å2 / Biso mean: 10.2718 Å2 / Biso min: 3.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20.02 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→39.275 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3016 0 19 520 3555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9594395
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.71335305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1755446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83823.852135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34315547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1571523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr9.4935398
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.457598
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.87255751
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 381 -
Rwork0.175 7183 -
all-7564 -
obs--93.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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