PDB-3u0b: Crystal structure of an oxidoreductase from Mycobacterium smegmatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u0b

タイトル

Crystal structure of an oxidoreductase from Mycobacterium smegmatis

要素

Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Arakaki, T.L. / Staker, B.L. / Clifton, M.C. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2024
タイトル: Structural and functional characterization of FabG4 from Mycolicibacterium smegmatis.
著者: Ran, X. / Parikh, P. / Abendroth, J. / Arakaki, T.L. / Clifton, M.C. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.D. / Mayclin, S. / Staker, B.L. / Myler, P. / McLaughlin, K.J.

履歴

登録	2011年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.3	2016年5月25日	Group: Structure summary
改定 1.4	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u0b.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u0b.ent.gz	134.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/3u0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vp5C 3llsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5vp5-1 3v1t-d 4nch-d 6uuv-d 5dy5-1 6phu-d 2yfn-d 6phw-d 1vfm-1 4rmg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: MysmA.00010.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

46.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.730, 58.220, 76.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 127.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-741- HOH

#1: タンパク質	Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein 分子量: 46842.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0372 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QPE7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 562 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: MysmA.00010.a at 29.8 mg/ml, 25% PEG 1500, 0.1 M MMT, pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å

検出器

タイプ: Saturn 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 39290 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 16.838 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 28.83

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.7-1.74		0.193	5.6	7580	2754	93.6
1.74-1.79		0.166	8.3	12268	2762	96.9
1.79-1.84		0.142	10.6	15120	2732	98.7
1.84-1.9		0.109	13.4	16377	2674	99.7
1.9-1.96		0.097	15.6	16353	2597	99.6
1.96-2.03		0.081	18.4	16738	2526	99.6
2.03-2.11		0.075	22	17012	2416	99.4
2.11-2.19		0.066	26.1	19404	2333	99.7
2.19-2.29		0.065	29.6	19970	2230	99.7
2.29-2.4		0.06	32.6	20881	2161	99.6
2.4-2.53		0.056	34.5	20989	2043	99.4
2.53-2.69		0.055	38.2	21799	1944	99.4
2.69-2.87		0.053	42.3	23667	1797	99.6
2.87-3.1		0.048	48.2	24356	1708	99.6
3.1-3.4		0.044	52.7	22371	1556	99.6
3.4-3.8		0.043	58.4	20383	1419	99.2
3.8-4.39		0.041	62.8	18408	1259	99.1
4.39-5.38		0.043	61.6	15881	1073	99
5.38-7.6		0.047	57.6	12187	834	99.3
	7.6	0.047	65.1	6475	472	97.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.31 Å
Translation	2.5 Å	47.31 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LLS

3lls

解像度: 1.7→47.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 2.813 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.162	1975	5 %	RANDOM
R_work	0.137	-	-	-
obs	0.138	39260	99.17 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.175 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.31 Å²	0 Å²	-0.24 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3008	0	1	562	3571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3107
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.97	4238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.572	3	5001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.721	5	430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.709	23.689	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.495	15	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.502	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.434	1.5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.065	1.5	875
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.823	2	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.785	3	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.808	4.5	927

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	128	-
R_work	0.189	2613	-
all	-	2741	-
obs	-	-	93.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0851	0.3864	0.2444	3.3733	2.2993	5.4198	0.0152	-0.0833	0.0119	0.0759	0.0573	-0.1642	0.0386	0.0888	-0.0725	0.1214	-0.0006	0.0071	0.1269	0.0151	0.1397	7.6217	18.8184	-25.0717
2	1.1809	0.3314	-0.2486	1.6147	-1.1468	1.4677	-0.0405	0.0124	0.0396	-0.0017	-0.0342	-0.1932	0.0176	0.1083	0.0747	0.121	-0.0002	0.0143	0.1211	-0.003	0.1456	20.4667	2.5992	-21.7194
3	0.1528	0.3894	-0.5621	1.0556	-0.7857	1.0863	0.0068	-0.0592	-0.0073	0.0315	-0.0674	-0.1353	-0.0452	0.1535	0.0606	0.1181	-0.006	-0.0016	0.1532	0.0126	0.1413	24.9034	8.468	-11.1322
4	0.253	-0.0485	0.05	0.469	-0.1095	0.6596	-0.002	0.0157	-0.0087	-0.0015	-0.0039	-0.0124	0.0163	0.0238	0.0058	0.1296	0.0026	0.0066	0.1415	0.0006	0.1416	10.8427	3.0784	-11.8893
5	2.0911	-0.0229	-0.5029	1.8586	0.1665	1.6039	0.0175	0.0218	0.0918	0.003	-0.0113	-0.0014	-0.0781	0.0186	-0.0062	0.1536	-0.005	-0.0116	0.1456	0.0123	0.1407	-9.3461	8.0776	-28.058
6	0.8684	0.5088	-0.0855	0.5473	-0.1074	0.9341	0.027	0.0356	0.0972	0.0099	-0.0098	0.0568	-0.0872	-0.0853	-0.0173	0.1257	0.0118	-0.0002	0.1363	0.0049	0.1353	-20.3995	5.8795	-29.6687
7	0.3475	-0.1763	-0.2499	0.706	0.6682	1.4041	-0.0024	-0.0356	0.0318	0.0095	-0.0133	0.0471	-0.0724	-0.0819	0.0156	0.1332	0.0074	-0.0045	0.1386	0.0033	0.1394	-17.7518	4.8429	-12.9802
8	0.6814	-0.2002	-0.2375	0.0469	0.0466	1.0243	0.0014	-0.0044	0.0165	0.0201	-0.0167	-0.0236	-0.024	-0.0357	0.0154	0.1305	-0.003	-0.0034	0.1456	0.0011	0.1337	-9.7438	5.0524	-9.0894
9	11.9379	-2.66	14.4361	4.1558	5.5813	32.6043	0.1619	-1.3447	2.3826	-0.621	-1.9959	0.1822	-0.937	-3.3228	1.834	0.1698	0.1438	0.0947	0.31	-0.1886	0.5265	-2.5408	27.2009	-10.7128
10	0.2238	0.2766	0.1601	0.9346	-0.0722	0.5464	0.001	-0.0248	0.0453	0.0491	0.0143	0.0187	-0.068	0.0025	-0.0153	0.1277	-0.0022	0.0122	0.1428	-0.0026	0.1413	0.6558	10.5575	-14.4374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 37
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	38 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	111 - 203
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	204 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	243 - 283
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	284 - 344
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	345 - 390
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	391 - 407
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	408 - 450

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)