PDB-3tzh: Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tzh

タイトル

Crystal structure of 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase (FabG)(F187A) from Vibrio cholerae

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Vibrio cholerae / 3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase / FabG / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hou, J. / Chruszcz, M. / Zheng, H. / Cooper, D.R. / Osinski, T. / Shumilin, I. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / database_2 ...audit_author / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI ..._audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tzh.cif.gz	558.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tzh.ent.gz	462.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tzh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tzh_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tzh_full_validation.pdf.gz	513.8 KB	表示
XML形式データ	3tzh_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	3tzh_validation.cif.gz	89.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/3tzh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3u09-1 3tzk-1 5vrn-7 3rro-1 5zi0-d 5itw-d 2ie0-1 2ieb-1 1q7b-d 4o5o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90557

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

160 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
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2

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
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3

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
107 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.341, 380.354, 63.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-252- SO4
2	1	A-303- HOH
3	1	D-987- HOH
4	1	E-971- HOH

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase 分子量: 26282.018 Da / 分子数: 6 / 変異: F187A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: MJ-1236 / 遺伝子: VC2021, VCD_002346 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL 参照: UniProt: C3NP04, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物	... ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 47 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: 0.1M Tris, 2.3M Ammonium Sulfate, pH 9.0, vapor diffusion

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.9 % / Av σ(I) over netI: 23.9 / 数: 210341 / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 0.92 / D res high: 2.1 Å / D res low: 27 Å / Num. obs: 73135 / % possible obs: 98

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.68	27	97.1	1	0.023	0.578	3.2
4.52	5.68	99.3	1	0.025	0.587	3.1
3.95	4.52	99	1	0.033	0.969	3.2
3.59	3.95	99.6	1	0.042	1.415	3.2
3.33	3.59	99.6	1	0.042	1.166	3.2
3.14	3.33	99.7	1	0.048	1.086	3.2
2.98	3.14	99.9	1	0.05	0.835	3.2
2.85	2.98	99.9	1	0.057	0.828	3.2
2.74	2.85	99.8	1	0.068	0.824	3.2
2.65	2.74	100	1	0.085	0.866	3.2
2.56	2.65	99.8	1	0.096	0.819	3.2
2.49	2.56	99.9	1	0.106	0.862	3.1
2.42	2.49	99.9	1	0.11	0.842	2.9
2.36	2.42	99.6	1	0.116	0.848	2.8
2.31	2.36	98.7	1	0.114	0.832	2.6
2.26	2.31	97.9	1	0.106	0.862	2.4
2.22	2.26	95.9	1	0.127	1.49	2.3
2.18	2.22	94.2	1	0.101	0.945	2.1
2.14	2.18	90.6	1	0.105	0.923	2
2.1	2.14	88.7	1	0.111	1.094	2

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 73135 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 0.919 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	2	0.111	3226	1.094	1	88.7
2.14-2.18	2	0.105	3477	0.923	1	90.6
2.18-2.22	2.1	0.101	3435	0.945	1	94.2
2.22-2.26	2.3	0.127	3680	1.49	1	95.9
2.26-2.31	2.4	0.106	3547	0.862	1	97.9
2.31-2.36	2.6	0.114	3687	0.832	1	98.7
2.36-2.42	2.8	0.116	3771	0.848	1	99.6
2.42-2.49	2.9	0.11	3693	0.842	1	99.9
2.49-2.56	3.1	0.106	3717	0.862	1	99.9
2.56-2.65	3.2	0.096	3741	0.819	1	99.8
2.65-2.74	3.2	0.085	3769	0.866	1	100
2.74-2.85	3.2	0.068	3674	0.824	1	99.8
2.85-2.98	3.2	0.057	3727	0.828	1	99.9
2.98-3.14	3.2	0.05	3746	0.835	1	99.9
3.14-3.33	3.2	0.048	3762	1.086	1	99.7
3.33-3.59	3.2	0.042	3649	1.166	1	99.6
3.59-3.95	3.2	0.042	3775	1.415	1	99.6
3.95-4.52	3.2	0.033	3720	0.969	1	99
4.52-5.68	3.1	0.025	3687	0.587	1	99.3
5.68-27	3.2	0.023	3652	0.578	1	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 7.669 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1911	3593	5 %	RANDOM
R_work	0.157	-	-	-
obs	0.1587	71522	95.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 85.22 Å² / B_iso mean: 28.8813 Å² / B_iso min: 10.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	1.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10761	0	184	868	11813

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	11049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	7263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.978	14931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.179	3	17840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.531	5	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.418	24.793	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.084	15	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.835	15	74
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2051

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	192	-
R_work	0.162	4027	-
all	-	4219	-
obs	-	-	77.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1985	0.0294	0.218	0.6644	0.0285	1.1228	0.004	-0.0108	-0.0222	0.1904	-0.053	-0.1381	0.4947	0.2067	0.049	0.4191	0.0895	0.0765	0.0691	0.0271	0.1522	-2.628	0.196	-15.262
2	0.8938	-0.0075	0.2743	0.4542	-0.1893	0.3453	0.2223	-0.3918	-0.3221	0.1288	-0.0702	-0.0003	0.1559	-0.0711	-0.1521	0.3706	-0.1228	-0.1249	0.1952	0.1532	0.1874	1.134	63.597	-32.837
3	1.2172	-0.0652	-0.4653	0.6532	0.2894	0.4903	-0.1527	-0.6491	-0.6098	0.3326	0.0645	-0.2064	0.2275	0.3207	0.0882	0.3184	0.1038	-0.0809	0.3697	0.2805	0.51	-19.705	-63.2	-9.814
4	1.0785	0.2864	-0.6796	0.618	0.0026	0.7299	0.1522	-0.775	-0.2819	0.2821	-0.2017	-0.3135	-0.0547	0.5832	0.0495	0.3335	-0.1402	-0.1349	0.5965	0.1725	0.2388	-17.094	-33.639	-5.287
5	0.731	0.0202	0.3197	0.5974	-0.0143	0.4548	0.0925	-0.242	-0.0131	0.1636	-0.0512	-0.0904	0.13	-0.0364	-0.0413	0.1857	-0.025	0.0037	0.1137	0.0328	0.1419	3.874	93.191	-37.378
6	0.2668	0.1061	0.1694	0.6046	-0.1356	1.1281	-0.0636	-0.045	-0.0133	0.1256	-0.1364	-0.213	-0.0567	0.325	0.2	0.1698	-0.0335	-0.0623	0.142	0.1091	0.2243	2.438	29.806	-15.359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 248
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 248
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 248
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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