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万見
- PDB-3tz1: Crystal structure of the Ca2+-saturated C-terminal domain of Akaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tz1
タイトルCrystal structure of the Ca2+-saturated C-terminal domain of Akazara scallop troponin C in complex with a troponin I fragment
要素
  • Troponin CトロポニンC
  • Troponin I
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / protein-peptide complex / EF hand (EFハンド) / Ca2+-sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


トロポニン / actin binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
トロポニン / Troponin domain superfamily / トロポニン / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...トロポニン / Troponin domain superfamily / トロポニン / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
トロポニンC / Troponin I
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamys nipponensis akazara (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yumoto, F. / Kato, Y.S. / Ohtsuki, I. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure of the Ca2+-saturated C-terminal domain of scallop troponin C in complex with a troponin I fragment
著者: Kato, Y.S. / Yumoto, F. / Tanaka, H. / Miyakawa, T. / Miyauchi, Y. / Takeshita, D. / Sawano, Y. / Ojima, T. / Ohtsuki, I. / Tanokura, M.
履歴
登録2011年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Troponin C
B: Troponin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2593
ポリマ－11,2192
非ポリマー401
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area6090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.130, 42.151, 59.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Troponin C / トロポニンC


分子量: 8527.572 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Domain, UNP residues 81-153 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamys nipponensis akazara (無脊椎動物)
遺伝子: Troponin C / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q27428
#2: タンパク質・ペプチド Troponin I / / TnI


分子量: 2691.299 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 143-166 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chlamys nipponensis akazara (無脊椎動物)
参照: UniProt: Q7M3Y3
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 and 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97854, 0.9791, 0.974
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2006年3月3日
ADSC QUANTUM 2102CCD2006年10月31日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.978541
30.97911
40.9741
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 8076 / Num. obs: 8036 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.266 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.321 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8166 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2367 368 4.63 %random
Rwork0.203 ---
obs0.2047 7950 99.35 %-
all-7950 --
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.343 Å2 / ksol: 0.437 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 102.2 Å2 / Biso mean: 32.3004 Å2 / Biso min: 14.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7015 Å2-0 Å20 Å2
2---10.2534 Å2-0 Å2
3---3.5519 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数752 0 1 27 780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005756
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9781006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.852302
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005127
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7987-2.05890.27721100.2078248199
2.0589-2.59370.27731100.17972516100
2.5937-28.32440.221480.2115258599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0676-0.0170.03680.36670.2170.2801-0.09810.19640.0565-0.4312-0.0010.2635-0.171-0.0385-0.01190.2568-0.01880.01320.23970.00110.2071-18.132810.4245-10.5537
20.60850.12390.17990.32760.19440.57210.0086-0.236-0.190.0682-0.0354-0.28810.4535-0.0491-0.00330.2260.0135-0.04790.2030.00060.2236-10.5327-1.21511.237
30.2037-0.3369-0.11331.1779-0.47280.80460.23030.3708-0.6098-0.50280.08230.35060.4507-0.34830.0820.25630.0113-0.03380.2609-0.03420.1859-18.7123-1.782-10.5517
40.6199-0.09330.01340.1393-0.2250.3670.0294-0.1145-0.03140.23290.04220.19270.1495-0.02480.00110.1704-0.01550.01950.1742-0.0150.2204-19.36033.91131.2281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 82:100)A82 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 101:130)A101 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 131:152)A131 - 152
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B'B143 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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