PDB-3tyh: Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric bindin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tyh

タイトル

Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae

要素

FbpA protein

キーワード

METAL TRANSPORT / IRON-BINDING PROTEIN / Metal ion binding / Cu ion binding

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion transport / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chen, W.J. / Wang, H.F. / Zhou, C.J. / Ye, D.R. / Huang, J. / Tan, X.S. / Zhong, W.Q.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae
著者: Chen, W.J. / Wang, H.F. / Zhou, C.J. / Ye, D.R. / Huang, J. / Tan, X.S. / Zhong, W.Q.

履歴

登録	2011年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tyh.cif.gz	555.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tyh.ent.gz	455.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tyh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tyh_validation.pdf.gz	500.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tyh_full_validation.pdf.gz	614 KB	表示
XML形式データ	3tyh_validation.xml.gz	123 KB	表示
CIF形式データ	3tyh_validation.cif.gz	168.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3tyh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3tyh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xc1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1qvs-d 1r1n-2 1xc1-6 2o69-d 1r1n-5 1o7t-4 1xc1-5 1xc1-1 1r1n-4 5eyk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (4) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4)

登録構造単位

A: FbpA protein

B: FbpA protein

C: FbpA protein

D: FbpA protein

E: FbpA protein

F: FbpA protein

G: FbpA protein

H: FbpA protein

I: FbpA protein

ヘテロ分子

304 kDa, 9 ポリマー
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1

A: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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8

H: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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9

I: FbpA protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.514, 146.514, 114.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	FbpA protein / ferric-ion binding protein 分子量: 33688.348 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: FbpA / プラスミド: PTRC99A/FBP/ng / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top 10 / 参照: UniProt: Q50964, UniProt: P17259*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.8 詳細: 0.2M Sodium chloride, 20% PEG 4000, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.541
1	1	h+k,-k,-l	2	0.459

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 160488 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.8 % / B_iso Wilson estimate: 35.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.157 / Net I/σ(I): 14.6

反射シェル

解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 8050 / R_sym value: 0.691 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1XC1

1xc1

解像度: 2.1→47.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 3.727 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16941	8174	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14285	-	-	-
all	0.168	160488	-	-
obs	0.14423	152214	99.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.41 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	9.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-18.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21402	0	18	1469	22889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	21807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.726	1.961	29538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.28	5	2772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.087	24.412	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.453	15	3798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.55	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	16326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.786	1.5	13842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.528	2	22140
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.919	3	7965
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.145	4.5	7398
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	588	-
R_work	0.198	11118	-
obs	-	-	97.92 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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