PDB-3ty4: Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ty4

タイトル

Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosaccharomyces pombe

要素

Probable homoisocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / B-hydroxyacid oxidative decarboxylase / amino-acid biosynthesis / lysine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

homoisocitrate dehydrogenase / homoisocitrate dehydrogenase activity / lysine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / NAD binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Bulfer, S.L. / Hendershot, J.M. / Trievel, R.C.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Bulfer, S.L. / Hendershot, J.M. / Trievel, R.C.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ty4.cif.gz	291 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ty4.ent.gz	235.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ty4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3ty4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3ty4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ty3SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ty3-d 5grf-d 1w0d-2 1gc3-4 2zsb-1 6kdf-3 2zs8-1 2g4o-2 3vk2-2 2g4o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Probable homoisocitrate dehydrogenase

B: Probable homoisocitrate dehydrogenase

ヘテロ分子

80.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.851, 94.452, 76.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable homoisocitrate dehydrogenase 分子量: 39642.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: lys12, SPAC31G5.04 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O14104, homoisocitrate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3550, Li acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月25日

放射

モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 103345 / Num. obs: 103345 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.042 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.61	4.3	0.459	9787	1.031	1	94.2
1.61-1.67	5.6	0.396	10224	1.035	1	99
1.67-1.75	6.8	0.322	10355	1.077	1	100
1.75-1.84	7.3	0.232	10396	1.089	1	100
1.84-1.95	7.4	0.159	10403	1.056	1	100
1.95-2.1	7.5	0.109	10399	1.031	1	100
2.1-2.31	7.5	0.088	10421	0.972	1	100
2.31-2.65	7.6	0.064	10400	1.09	1	100
2.65-3.34	7.5	0.046	10438	1.066	1	100
3.34-25	7.3	0.035	10522	0.97	1	99.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3TY3

3ty3

解像度: 1.55→24.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / WR_factor R_free: 0.2155 / WR_factor R_work: 0.1879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8649 / SU B: 3.322 / SU ML: 0.056 / SU R Cruickshank DPI: 0.0856 / SU R_free: 0.0851 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2155	5157	5 %	RANDOM
R_work	0.1879	-	-	-
all	0.1893	102756	-	-
obs	0.1893	102756	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.67 Å² / B_iso mean: 22.1474 Å² / B_iso min: 3.12 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→24.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5309	0	60	500	5869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.983	7787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.296	5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.076	23.901	223
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.955	15	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.617	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.74	1.5	3695
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.249	2	5987
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.075	3	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.319	4.5	1769

LS精密化シェル

解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	352	-
R_work	0.281	6731	-
all	-	7083	-
obs	-	-	93.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8586	-0.025	0.4954	0.6108	0.0232	1.1572	-0.0318	0.082	0.0444	-0.0041	0.0233	-0.0307	-0.0578	0.0292	0.0085	0.0213	-0.0174	0.0156	0.033	-0.0133	0.0195	0.707	4.56	9.763
2	0.5105	0.132	0.2433	0.6657	0.0057	1.6839	0.0076	-0.0806	-0.0211	0.0424	-0.0252	-0.0103	0.1245	0.0258	0.0176	0.0218	0.0151	0.0072	0.0449	-0.0047	0.0221	-0.14	-3.694	43.438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 360
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 360

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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