PDB-3txq: Crystal Structure of phage 44RR small terminase gp16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3txq

タイトル

Crystal Structure of phage 44RR small terminase gp16

要素

Terminase DNA packaging enzyme small subunit

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

helix (螺旋) / small terminase

機能・相同性

Bacteriophage T4, Gp16, DNA-packaging / Terminase DNA packaging enzyme /

ESAT-6-like / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Terminase DNA packaging enzyme small subunit

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas phage 44RR2.8t (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Sun, S. / Xiang, Y. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and function of the small terminase component of the DNA packaging machine in T4-like bacteriophages.
著者: Sun, S. / Gao, S. / Kondabagil, K. / Xiang, Y. / Rossmann, M.G. / Rao, V.B.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3txq.cif.gz	366.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3txq.ent.gz	309.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3txq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/3txq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3txsC 3zqoS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d7s-2 5i72-1 3txs-1 4d7s-1 6gso-d 4kl1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

B: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

C: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

D: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

E: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

F: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

G: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

H: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

I: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

J: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

K: Terminase DNA packaging enzyme small subunit

112 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.013, 106.292, 136.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 26 - 112 / Label seq-ID: 1 - 87

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J
11	K	K

#1: タンパク質	Terminase DNA packaging enzyme small subunit 分子量: 10161.699 Da / 分子数: 11 / 断片: UNP Residues 26-112 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas phage 44RR2.8t (ファージ) 遺伝子: 16, gene 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6U9F0
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→83.92 Å / Num. all: 30487 / Num. obs: 30459 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 77.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2979 / R_sym value: 0.389 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZQO

3zqo

解像度: 2.8→83.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 35.819 / SU ML: 0.359 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29783	1540	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23925	-	-	-
all	0.24223	28925	-	-
obs	0.24223	28893	99.89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.069 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→83.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7755	0	0	24	7779

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.022	7865
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.808	1.972	10571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.961	5	946
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.945	25.405	407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.652	15	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.192	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	5874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.172	0.2	3534
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.287	0.2	5291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.086	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.384	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.22	1.5	4962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.36	2	7766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.561	3	3208
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.968	4.5	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	348	medium positional	0.23	0.5
2	B	348	medium positional	0.23	0.5
3	C	348	medium positional	0.3	0.5
4	D	348	medium positional	0.29	0.5
5	E	348	medium positional	0.27	0.5
6	F	348	medium positional	0.27	0.5
7	G	348	medium positional	0.19	0.5
8	H	348	medium positional	0.23	0.5
9	I	348	medium positional	0.23	0.5
10	J	348	medium positional	0.23	0.5
11	K	348	medium positional	0.2	0.5
1	A	357	loose positional	0.45	5
2	B	357	loose positional	0.49	5
3	C	357	loose positional	0.66	5
4	D	357	loose positional	0.51	5
5	E	357	loose positional	0.59	5
6	F	357	loose positional	0.48	5
7	G	357	loose positional	0.47	5
8	H	357	loose positional	0.43	5
9	I	357	loose positional	0.44	5
10	J	357	loose positional	0.49	5
11	K	357	loose positional	0.63	5
1	A	348	medium thermal	0.15	2
2	B	348	medium thermal	0.16	2
3	C	348	medium thermal	0.16	2
4	D	348	medium thermal	0.12	2
5	E	348	medium thermal	0.12	2
6	F	348	medium thermal	0.14	2
7	G	348	medium thermal	0.13	2
8	H	348	medium thermal	0.17	2
9	I	348	medium thermal	0.16	2
10	J	348	medium thermal	0.14	2
11	K	348	medium thermal	0.17	2
1	A	357	loose thermal	0.64	10
2	B	357	loose thermal	0.63	10
3	C	357	loose thermal	0.62	10
4	D	357	loose thermal	0.62	10
5	E	357	loose thermal	0.56	10
6	F	357	loose thermal	0.65	10
7	G	357	loose thermal	0.63	10
8	H	357	loose thermal	0.72	10
9	I	357	loose thermal	0.77	10
10	J	357	loose thermal	0.81	10
11	K	357	loose thermal	0.64	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	110	-
R_work	0.308	2114	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5665	0.1382	0.1123	4.1174	1.6374	2.9359	0.0634	-0.0378	-0.208	0.1714	-0.0467	-0.4737	0.155	0.2155	-0.0166	-0.2999	0.0305	-0.0943	-0.2364	0.008	0.0334	88.7922	19.1103	30.4974
2	4.5486	0.9196	0.6023	2.1735	0.0103	0.9852	0.2088	-0.0827	-0.3076	-0.2396	-0.2206	-0.0229	0.0442	-0.0538	0.0118	-0.2744	-0.0118	0.0092	-0.1737	-0.0842	-0.2973	62.4264	32.8792	11.1514
3	1.6133	-1.2723	-0.1125	3.6743	0.1213	1.3659	0.0112	-0.0528	-0.2507	0.5903	-0.0559	-0.2339	0.0177	0.0004	0.0447	-0.1118	0.0036	-0.2054	-0.2127	0.029	-0.0771	86.8369	19.8984	43.6691
4	1.0657	0.0158	-0.219	2.7113	-0.3242	2.7686	0.286	-0.4086	-0.0364	0.3816	-0.3324	0.3253	0.0773	-0.2443	0.0463	-0.0334	-0.1404	0.1583	0.0801	-0.0803	-0.1385	48.9195	39.4423	43.4233
5	1.8481	-2.3687	0.0554	4.9332	0.8971	0.5246	0.0354	-0.1627	-0.3194	0.8639	0.0367	0.2889	0.0406	-0.0379	-0.072	0.2612	-0.0468	-0.0728	-0.1565	0.138	-0.1822	78.883	23.709	53.772
6	2.0194	-1.9847	0.4552	5.662	-2.1973	2.002	0.0812	-0.2335	-0.2492	0.2642	-0.0697	0.054	0.5632	-0.1794	-0.0115	0.3409	-0.0999	0.0606	-0.0392	0.0802	-0.2258	67.5619	29.3494	57.4116
7	1.6866	-0.1106	-0.1935	4.2531	-3.0385	4.0062	-0.0015	-0.3454	-0.2911	0.3654	-0.0794	0.2185	0.4038	-0.3519	0.0809	0.1642	-0.1798	0.1337	0.0319	0.0342	-0.1709	56.4856	35.2706	53.4941
8	4.1387	0.7534	1.9587	2.7152	0.6993	2.1736	0.1544	0.183	-0.0982	-0.111	-0.1432	-0.0186	0.1657	0.1299	-0.0111	-0.3038	-0.0103	0.081	-0.2264	-0.0863	-0.1614	74.1864	26.8111	11.229
9	5.0079	1.4544	-0.8166	2.5109	-0.4318	0.9724	0.174	0.1994	-0.2809	-0.0524	-0.046	0.2122	-0.1336	-0.3041	-0.128	-0.3283	-0.0009	-0.0255	-0.1421	-0.0857	-0.2815	52.4893	38.0557	18.1696
10	5.34	1.8128	-1.775	1.6936	0.0072	2.4158	0.2802	-0.2441	0.0058	0.3627	-0.2016	0.3553	-0.1542	-0.3334	-0.0785	-0.302	-0.0214	0.0787	-0.1349	-0.0961	-0.106	47.4	40.6339	30.2937
11	1.4289	0.3196	0.7863	2.3905	1.0338	3.2396	0.0667	-0.0035	-0.173	-0.1496	-0.0688	-0.4454	0.2745	-0.0315	0.002	-0.2976	0.04	0.0672	-0.2331	-0.0307	0.0281	84.0449	21.7091	18.3746

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	34 - 112
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	34 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	34 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	34 - 112
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	34 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	34 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	34 - 112
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	34 - 112
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	34 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	34 - 112

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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