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- PDB-3tw5: Crystal structure of the GP42 transglutaminase from Phytophthora sojae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tw5
タイトルCrystal structure of the GP42 transglutaminase from Phytophthora sojae
要素Transglutaminase elicitor
キーワードTRANSFERASE / Cysteine protease / Convergent evolution / Innate immunity / Pathogen-associated molecular pattern (PAMP) / Phytophthora / tranglutaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Transglutaminase elicitor, body domain / Transglutaminase elicitor / Transglutaminase elicitor / Herpes Virus-1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoprotein elicitor / Glycoprotein elicitor
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora sojae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Reiss, K. / Kirchner, E. / Zocher, G. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural and Phylogenetic Analyses of the GP42 Transglutaminase from Phytophthora sojae Reveal an Evolutionary Relationship between Oomycetes and Marine Vibrio Bacteria.
著者: Reiss, K. / Kirchner, E. / Gijzen, M. / Zocher, G. / Loffelhardt, B. / Nurnberger, T. / Stehle, T. / Brunner, F.
履歴
登録2011年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年12月21日Group: Database references
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transglutaminase elicitor
B: Transglutaminase elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8924
ポリマ－80,4492
非ポリマー4432
水00
1
A: Transglutaminase elicitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6673
ポリマ－40,2251
非ポリマー4432
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transglutaminase elicitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2251
ポリマ－40,2251
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.480, 195.480, 137.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A163 - 528
2114B163 - 528

-
要素

#1: タンパク質 Transglutaminase elicitor


分子量: 40224.648 Da / 分子数: 2 / 断片: transglutaminase domain / 変異: C290S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phytophthora sojae (真核生物) / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115
参照: UniProt: Q6Q475, UniProt: Q01928*PLUS, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 11
詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), pH 11.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11
シンクロトロンSLS X06DA21.255
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年6月28日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年2月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.2551
反射解像度: 2.95→30 Å / Num. all: 33060 / Num. obs: 31882 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 42.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.75 / Rsym value: 0.583 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 12.137 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23426 1594 5 %RANDOM
Rwork0.21488 ---
obs0.21584 30288 96.59 %-
all-31882 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.922 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.75 Å2-0.87 Å20 Å2
2---1.75 Å20 Å2
3---2.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5227 0 28 0 5255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0225403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8891.9437383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4615684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28125.179224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37715783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.963158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.34123412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.61625463
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.30431991
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.52931920
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2604 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.240.5
Bmedium thermal0.122
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 121 -
Rwork0.294 2220 -
obs-8502 98.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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