PDB-3tvo: Human Carbonic Anhydrase II Proton Transfer Double Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tvo

タイトル

Human Carbonic Anhydrase II Proton Transfer Double Mutant

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / globular protein

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / regulation of chloride transport / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Mikulski, R.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Water Networks in Fast Proton Transfer during Catalysis by Human Carbonic Anhydrase II.
著者: Mikulski, R. / West, D. / Sippel, K.H. / Avvaru, B.S. / Aggarwal, M. / Tu, C. / McKenna, R. / Silverman, D.N.

履歴

登録	2011年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.2	2013年1月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tvo.cif.gz	129.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tvo.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tvo_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tvo_full_validation.pdf.gz	430.3 KB	表示
XML形式データ	3tvo_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	3tvo_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tvnC 4idrC 1tbtS 2nxt C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hnc-d 4idr-d 2nwo-d 5yuj-d 1cam-d 2ax2-d 4bcw-d 2nxt-d 6uzu-d 6e92-d 1th9-d 7ca2-d 1caj-d 3l14-d 4k0t-d 1g0e-d 1ca2-d 4q6e-d 4e4a-d 1tg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.095, 41.129, 72.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.460, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29068.809 Da / 分子数: 1 / 変異: Y7F/N67Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.25 M sodium citrate, 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月22日 / 詳細: osmic mirror

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→26.614 Å / Num. all: 31717 / Num. obs: 31717 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.144 / Net I/σ(I): 14.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	3.6	0.473	3143	1.191	1	99.8
1.66-1.72	3.7	0.375	3158	1.18	1	100
1.72-1.8	3.7	0.279	3170	1.194	1	99.9
1.8-1.9	3.7	0.208	3147	1.192	1	99.8
1.9-2.02	3.7	0.156	3152	1.192	1	100
2.02-2.17	3.8	0.129	3181	1.187	1	100
2.17-2.39	3.9	0.11	3155	1.105	1	99.8
2.39-2.74	4	0.092	3182	1.054	1	99.9
2.74-3.45	4	0.076	3205	1.158	1	99.6
3.45-26.614	4	0.066	3236	1.012	1	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.3_467	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TBT

1tbt

解像度: 1.6→26.614 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / FOM work R set: 0.8692 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2049	1934	6.3 %	RANDOM
R_work	0.1661	-	-	-
obs	0.1686	30707	96.49 %	-
all	-	31717	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.864 Å² / k_sol: 0.382 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.32 Å² / B_iso mean: 24.9706 Å² / B_iso min: 9.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.361 Å²	-0 Å²	-1.6846 Å²
2-	-	-5.0051 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.3661 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.614 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2058	0	7	309	2374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	3135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	409
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.197	881

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6568	0.4644	176	0.4271	2623	2799	89
1.6568-1.7232	0.3725	184	0.3183	2738	2922	93
1.7232-1.8016	0.2846	182	0.2344	2838	3020	95
1.8016-1.8965	0.2313	194	0.1758	2833	3027	96
1.8965-2.0153	0.2202	190	0.1537	2890	3080	97
2.0153-2.1708	0.2377	198	0.1563	2930	3128	99
2.1708-2.3892	0.2032	192	0.1572	2927	3119	99
2.3892-2.7346	0.2118	203	0.1603	2968	3171	99
2.7346-3.4441	0.2013	210	0.1552	2994	3204	99
3.4441-26.614	0.1494	205	0.1426	3032	3237	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0117	0.0122	-0.01	0.1539	-0.05	0.0196	-0.0678	0.0561	-0.3191	-0.0258	-0.1289	-0.13	-0.0194	0.1291	0.1094	0.1232	0.0109	0.0582	0.2569	-0.0074	0.3275	7.1464	-5.9802	10.559
2	0.1332	-0.2684	0.1762	0.5762	-0.219	0.7643	-0.1278	-0.1594	-0.0172	0.0981	0.0904	-0.103	0.0537	0.0393	-0.0062	0.1415	0.0153	0.0043	0.173	-0.0109	0.136	-4.1725	-2.6103	27.3839
3	0.6405	-0.3025	-0.2209	0.4338	0.4314	0.5364	0.0689	-0.0259	0.1701	-0.1818	-0.007	0.0341	-0.1907	-0.0185	-0.0248	0.1748	0.0032	-0.0223	0.1001	-0.0012	0.15	-16.8919	6.8905	12.987
4	0.3605	0.0009	-0.0083	0.3289	0.177	0.208	-0.0182	-0.0153	-0.0149	-0.0829	0.0225	0.0189	-0.0372	0.0022	-0.0024	0.1289	-0.0046	0.0045	0.1096	-0.0003	0.11	-10.1392	-3.5541	13.2261
5	0.5507	0.0077	-0.0589	0.3029	-0.0316	0.01	-0.1132	-0.1968	0.0553	0.192	0.1326	0.0763	0.1682	-0.0821	-0.0124	0.195	-0.016	0.0096	0.2585	-0.0305	0.1678	-11.9169	-3.3592	34.4273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain X and resid 4:9	X	4 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain X and resid 10:45	X	10 - 45
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain X and resid 46:87	X	46 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain X and resid 88:251	X	88 - 251
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain X and resid 252:261	X	252 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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