PDB-3tvl: Complex between the human thiamine triphosphatase and triphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tvl

タイトル

Complex between the human thiamine triphosphatase and triphosphate

要素

Thiamine-triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / magnesium binding

機能・相同性

機能・相同性情報

thiamine-triphosphatase / thiamine diphosphate metabolic process / thiamine triphosphate phosphatase activity / thiamine metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine diphosphate biosynthetic process / dephosphorylation / generation of precursor metabolites and energy / hydrolase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Delvaux, D. / Herman, R. / Sauvage, E. / Wins, P. / Bettendorff, L. / Charlier, P. / Kerff, F.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Structural determinants of specificity and catalytic mechanism in mammalian 25-kDa thiamine triphosphatase.
著者: Delvaux, D. / Kerff, F. / Murty, M.R. / Lakaye, B. / Czerniecki, J. / Kohn, G. / Wins, P. / Herman, R. / Gabelica, V. / Heuze, F. / Tordoir, X. / Maree, R. / Matagne, A. / Charlier, P. / De ...

履歴

登録	2011年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月12日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tvl.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tvl.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tvl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/3tvl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bhdS 2jmu S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5idk-3 3bhd-1 7cc9-3 5h6l-1 6nk1-2 4py3-6 5h6l-2 5i52-4 3f44-d 3dtm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thiamine-triphosphatase

B: Thiamine-triphosphatase

ヘテロ分子

51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiamine-triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiamine-triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.378, 63.529, 70.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.75, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	4 - 214
2	1	1	4	B	4 - 214

#1: タンパク質	Thiamine-triphosphatase / ThTPase 分子量: 25594.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THTPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BU02, thiamine-triphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸分子量: 257.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₅O₁₀P₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: O.1 citrate, 0.2 Ammonium sulfate, triphosphate 0.1M, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.2 Å / Num. all: 16547 / Num. obs: 16547 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1979 / % possible all: 78.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換
開始モデル: PDB entry 3BHD

3bhd

解像度: 2.3→46.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 17.869 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.498 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26085	832	5 %	RANDOM
R_work	0.18038	-	-	-
all	0.18429	15702	-	-
obs	0.18429	15702	94.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0.44 Å²
2-	-	0.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3160	0	38	95	3293

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.574	1.996	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.389	23.605	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.843	15	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.373	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.3	2	2016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.745	3	3238
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.173	2	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.845	3	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1549 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.61	0.5
B	medium thermal	1.1	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	35	-
R_work	0.189	869	-
obs	-	-	69.65 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.7929	0.8856	-0.8271	2.1091	-0.4972	1.667	-0.0686	-0.1207	-0.0859	0.0116	0.109	0.0875	0.0144	0.0232	-0.0404	0.0638	0.0102	0.0054	0.1967	-0.0281	0.0544	23.5497	-3.5334	13.6721
2	2.9459	-0.3125	-1.8333	0.757	0.1669	2.2082	0.1084	-0.0535	0.2424	0.0412	-0.0099	-0.0447	-0.1245	0.1503	-0.0986	0.0598	-0.0047	-0.006	0.0872	-0.0125	0.0883	26.0215	3.9338	20.4258
3	2.7049	0.0812	1.2442	3.946	0.6787	7.3792	0.0087	-0.1029	0.0282	-0.0293	0.1207	0.1901	0.3792	0.0493	-0.1293	0.0598	0.0224	-0.0174	0.0769	-0.0083	0.0667	3.0422	-1.342	24.4491
4	0.7309	-0.3019	-0.8246	0.317	-0.3111	1.3884	-0.03	0.1649	0.1394	-0.1147	-0.0518	0.0483	0.127	-0.0266	0.0818	0.1204	0.0013	-0.0485	0.1331	0.013	0.1208	4.8906	4.6958	17.9406
5	0.9594	0.1665	-0.3114	0.9065	0.4011	0.7571	-0.0098	-0.0059	0.1112	-0.0224	-0.0272	0.0878	-0.0887	-0.097	0.0369	0.0816	0.0008	-0.0112	0.1182	0.0063	0.094	9.5244	5.3622	24.855
6	1.6039	0.117	1.3158	0.3296	-0.5337	3.3488	-0.112	0.226	0.1906	0.0483	0.0312	0.0245	-0.1614	0.1588	0.0808	0.1135	0.0105	0.0142	0.1316	-0.0062	0.0911	19.0908	1.1107	11.9757
7	1.4996	0.4185	-0.5193	0.6331	-0.7553	0.8779	-0.0601	0.1261	-0.176	0.0243	0.0581	-0.0213	0.1494	-0.1044	0.002	0.0938	-0.0231	-0.0054	0.0877	-0.0108	0.0975	14.0692	-10.6463	20.0101
8	6.2009	0.2356	-0.4078	1.8505	-0.3694	1.7746	-0.1671	-0.0299	0.2152	-0.0989	0.0606	-0.1734	0.0085	0.1871	0.1065	0.1187	0.0064	0.0171	0.146	-0.0187	0.0417	26.6087	-1.5896	59.2321
9	1.6569	-0.4645	-0.8321	0.7412	0.2009	0.581	-0.0071	-0.2174	-0.083	0.0268	0.0282	0.0186	-0.0046	0.0375	-0.0211	0.1264	-0.0096	0.0311	0.1277	-0.0082	0.0587	10.5259	-3.8454	46.6423
10	-0.0145	-0.3436	0.7044	0.6203	-0.4369	1.2863	0.0202	-0.1542	-0.0895	0.1626	-0.0623	0.0024	0.1112	-0.1558	0.0421	0.1227	-0.0536	0.0413	0.2119	0.0313	0.1119	5.2829	-7.9167	53.5139
11	1.4114	0.3554	0.3754	0.7867	0.181	0.6431	-0.0489	-0.0354	-0.0956	0.1436	0.0325	0.0097	0.032	-0.0832	0.0163	0.0967	0.0009	0.0247	0.1164	-0.0077	0.0881	10.9009	-8.076	47.5851
12	0.9568	-1.5986	1.7765	1.0172	-1.3967	3.2289	-0.0481	-0.1436	0.0179	-0.0449	0.1506	-0.056	0.0578	0.0527	-0.1025	0.119	-0.0207	-0.0054	0.1509	-0.0026	0.111	22.3651	0.3017	50.3862
13	5.043	1.445	-2.5205	0.6885	-0.2438	2.4024	-0.0552	-0.2597	0.1231	0.0465	-0.1064	0.0338	-0.082	0.0834	0.1616	0.1059	0.0582	-0.0217	0.1556	0.0091	0.0567	18.9253	-2.9537	66.9994
14	2.3606	-3.2754	0.6134	3.9128	-1.2654	1.6413	-0.1651	-0.019	0.0158	0.0346	0.0443	0.0458	-0.0789	0.0322	0.1208	0.1457	-0.0135	-0.0031	0.0928	0.006	0.0932	9.633	9.5067	46.1036

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	40 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	57 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	98 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	140 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	175 - 214
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	5 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	29 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	57 - 97
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	98 - 142
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	143 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	159 - 188
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	189 - 211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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