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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tv2
タイトルStructure of a class II fumarate hydratase from Burkholderia pseudomallei
要素Fumarate hydratase, class II
キーワードLYASE / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / fumarase
機能・相同性
機能・相同性情報


fumarate hydratase activity / fumarate hydratase / fumarate metabolic process / malate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) ...Fumarate hydratase, class II / Fumarase C, C-terminal / Fumarase C C-terminus / Fumarase/aspartase (C-terminal domain) / Fumarate lyase, conserved site / Fumarate lyases signature. / Fumarate lyase family / Fumarate lyase, N-terminal / Lyase / Fumarase/aspartase (N-terminal domain) / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / Fumarase/aspartase (Central domain) / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Fumarase C; Chain B, domain 1 / Fumarase/histidase, N-terminal / L-Aspartase-like / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Fumarate hydratase class II
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of a class II fumarate hydratase from Burkholderia pseudomallei
著者: Clifton, M.C. / Abendroth, J. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Sankaran, B.
履歴
登録2011年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fumarate hydratase, class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7903
ポリマ－48,7671
非ポリマー232
水8,305461
1
A: Fumarate hydratase, class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase, class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase, class II
ヘテロ分子

A: Fumarate hydratase, class II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,16112
ポリマ－195,0694
非ポリマー928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area28710 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area53180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.180, 147.180, 208.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-31-

HOH

21A-41-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fumarate hydratase, class II


分子量: 48767.305 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 145-603 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: fumC, BURPS1710b_2940 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JQ34, fumarate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.58 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 6.5, 20% PEG3350, protein 18.9 mg/mL, 25% ethylene glycol cryoprotectant, TargetDB ID: BupsA.00047.a.D13 PD00173, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→99.99 Å / Num. obs: 76331 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 22.66
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.1-2.150.5093.72199.2
2.15-2.210.4124.57199.1
2.21-2.280.3415.8198.6
2.28-2.350.2756.93199.2
2.35-2.420.2367.97199.4
2.42-2.510.1899.76199.4
2.51-2.60.16511.4199.2
2.6-2.710.12914.67198.9
2.71-2.830.10817.12199
2.83-2.970.08621198.8
2.97-3.130.07324.82198.4
3.13-3.320.0630.05198.1
3.32-3.550.04837.51197.4
3.55-3.830.0445.14196.5
3.83-4.20.03254.16196.1
4.2-4.70.02959.73195.1
4.7-5.420.02858.42193.6
5.42-6.640.02955.2193
6.64-9.390.0273.21191.2
9.390.01776.54186.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.85 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.8 Å
Translation3 Å19.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YFE

1yfe


解像度: 2.1→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 3.675 / SU ML: 0.052 / SU R Cruickshank DPI: 0.0903 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17592 3841 5.1 %RANDOM
Rwork0.15566 ---
obs0.15666 76047 97.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.939 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 2 461 3847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193497
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022288
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9464766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98235594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7575470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85424.156154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.84615548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9691525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 274 -
Rwork0.235 4937 -
obs--98.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3916-3.88622.34695.43150.26344.088-0.5047-0.26750.37410.16870.3106-0.2191-0.4202-0.05490.19410.254-0.0211-0.19350.15140.05390.164819.122673.8551.8186
21.02340.63120.42690.46440.2720.8338-0.03820.12640.0082-0.10840.06870.0144-0.0687-0.0374-0.03050.12940.0521-0.04580.1418-0.00820.061616.916859.52515.1065
31.0251-0.25260.41010.1931-0.12880.35060.02010.0382-0.0324-0.0829-0.02780.00090.08810.00930.00780.08660.0398-0.01120.0807-0.00490.096934.338546.744125.697
40.5453-0.24510.09720.4636-0.08190.0771-0.0676-0.035-0.04880.06020.0203-0.06050.03040.00030.04730.11210.08010.01590.09340.00820.111653.205343.36836.0635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A145 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2A174 - 275
3X-RAY DIFFRACTION3A276 - 465
4X-RAY DIFFRACTION4A466 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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