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- PDB-3tut: Crystal structure of RtcA.ATP binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tut
タイトルCrystal structure of RtcA.ATP binary complex
要素RNA 3'-terminal phosphate cyclase
キーワードTRANSFERASE / Cyclase family / Cyclization of RNA 3'-phosphate ends
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP) / RNA-3'-phosphate cyclase activity / RNA processing / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily ...RNA 3'-terminal phosphate cyclase type 1 / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase, insert domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase domain superfamily / RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA 3'-terminal phosphate cyclase (RTC), insert domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / RNA 3'-terminal phosphate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Shuman, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structures of RNA 3'-phosphate cyclase bound to ATP reveal the mechanism of nucleotidyl transfer and metal-assisted catalysis.
著者: Chakravarty, A.K. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2011年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 3'-terminal phosphate cyclase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0625
ポリマ－38,3051
非ポリマー7574
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.210, 82.670, 52.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

GOL

21A-553-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase / RNA cyclase / RNA-3'-phosphate cyclase


分子量: 38304.527 Da / 分子数: 1 / 変異: C308S, H309N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4475, JW5688, rtcA, yhgJ, yhgK / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P46849, RNA 3'-terminal-phosphate cyclase (ATP)

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非ポリマー , 5種, 296分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG5000-MME, Ammonium sulfate, MES pH 6.5, ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9499 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月30日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→35.49 Å / Num. all: 41658 / Num. obs: 41491 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KGD

3kgd


解像度: 1.58→35.488 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 2072 5 %RANDOM
Rwork0.1995 ---
all0.202 41491 --
obs0.202 41443 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.126 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5312 Å20 Å20 Å2
2---3.4121 Å2-0 Å2
3---1.8809 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→35.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2504 0 46 292 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2823558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.982960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006462
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.58-1.61680.33851420.31812443X-RAY DIFFRACTION95
1.6168-1.65720.37781250.31142558X-RAY DIFFRACTION98
1.6572-1.7020.35841220.28722600X-RAY DIFFRACTION100
1.702-1.75210.34841330.27662601X-RAY DIFFRACTION100
1.7521-1.80870.30641340.24182630X-RAY DIFFRACTION100
1.8087-1.87330.30221480.24832597X-RAY DIFFRACTION100
1.8733-1.94830.27571400.23012600X-RAY DIFFRACTION100
1.9483-2.0370.28431440.22782621X-RAY DIFFRACTION100
2.037-2.14440.25611330.22332613X-RAY DIFFRACTION100
2.1444-2.27870.25651270.20272654X-RAY DIFFRACTION100
2.2787-2.45460.27451620.2052610X-RAY DIFFRACTION100
2.4546-2.70150.26471470.19652636X-RAY DIFFRACTION100
2.7015-3.09220.24641280.19182685X-RAY DIFFRACTION100
3.0922-3.89510.19771310.15942700X-RAY DIFFRACTION100
3.8951-35.49650.2131560.16682823X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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