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万見
- PDB-3tur: Crystal Structure of M. tuberculosis LD-transpeptidase type 2 com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tur
タイトルCrystal Structure of M. tuberculosis LD-transpeptidase type 2 complexed with a peptidoglycan fragment
要素Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2
キーワードPEPTIDOGLYCAN BINDING PROTEIN / protein-peptidoglycan complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-based cell wall biogenesis / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / acyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / regulation of cell shape / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like ...Immunoglobulin-like - #3710 / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Bacterial Ig domain, transpeptidase-associated / Bacterial Ig domain / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(II) / 6-CARBOXYLYSINE / D-GLUTAMIC ACID / : / L,D-transpeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Bianchet, M.A. / Erdemli, S.B. / Gupta, R. / Lamichhane, G. / Amzel, L.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Targeting the Cell Wall of Mycobacterium tuberculosis: Structure and Mechanism of L,D-Transpeptidase 2.
著者: Erdemli, S.B. / Gupta, R. / Bishai, W.R. / Lamichhane, G. / Amzel, L.M. / Bianchet, M.A.
履歴
登録2011年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22012年12月26日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2
B: Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,90213
ポリマ－62,2552
非ポリマー6,64711
水8,467470
1
A: Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5237
ポリマ－31,1281
非ポリマー3,3956
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3796
ポリマ－31,1281
非ポリマー3,2525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.132, 120.829, 122.847
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mycobacteria Tuberculosis LD-transpeptidase type 2


分子量: 31127.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: lppS, MT2594, Rv2518c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O53223

-
非ポリマー , 5種, 481分子

#2: 化合物
ChemComp-0JC / Di-mu-iodobis(ethylenediamine)diplatinum(II)


分子量: 764.162 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H16I2N4Pt2
#3: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 化合物 ChemComp-6CL / 6-CARBOXYLYSINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 191.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15N2O4
#5: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.5), 1 M succinic Acid, 1% (w/v) PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月1日
放射モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→85.7 Å / Num. all: 89172 / Num. obs: 84134 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 29.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化解像度: 1.72→85.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2215 / WRfactor Rwork: 0.1879 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8294 / SU B: 2.089 / SU ML: 0.068 / SU R Cruickshank DPI: 0.0945 / SU Rfree: 0.0984 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2346 4474 5 %RANDOM
Rwork0.1985 ---
all0.2004 ---
obs0.2004 -94.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.5 Å2 / Biso mean: 38.9314 Å2 / Biso min: 13.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.07 Å20 Å20 Å2
2---1.25 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.72→85.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4039 0 71 470 4580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0224308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5951.9565908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4765534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.76124.615195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78815.262611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4031521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2010.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5661.52647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.59324287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.52531661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.6574.51618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr17.036310
LS精密化 シェル解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 287 -
Rwork0.302 5447 -
all-5734 -
obs--83.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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