PDB-3tuf: Structure of the SpoIIQ-SpoIIIAH pore forming complex.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tuf

タイトル

Structure of the SpoIIQ-SpoIIIAH pore forming complex.

要素

Stage II sporulation protein Q
Stage III sporulation protein AH

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Intercellular signalling / intercellular channel / sporulation / Cell engulfment and signalling / Intercellular Space

機能・相同性

機能・相同性情報

endospore-forming forespore / sporulation resulting in formation of a cellular spore / metalloendopeptidase activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of components of an intercellular channel complex in sporulating Bacillus subtilis.
著者: Levdikov, V.M. / Blagova, E.V. / McFeat, A. / Fogg, M.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J.

履歴

登録	2011年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tuf.cif.gz	126.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tuf.ent.gz	97.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tuf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tuf_validation.pdf.gz	445.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tuf_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	3tuf_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3tuf_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tuf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tu/3tuf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5w5x-d 5sy8-d 4ezb-1 6zhc-d 3qa3-4 3hi6-2 1mhp-1 3q3g-3 5tfw-d 3q3g-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Stage II sporulation protein Q

A: Stage III sporulation protein AH

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Stage II sporulation protein Q

A: Stage III sporulation protein AH

B: Stage II sporulation protein Q

A: Stage III sporulation protein AH

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.797, 111.088, 136.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Stage II sporulation protein Q 分子量: 26414.461 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU36550, spoIIQ, ywnI / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P71044
#2: タンパク質	Stage III sporulation protein AH 分子量: 21238.254 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU24360, spoIIIAH / プラスミド: pET-YSBLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P49785
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M sodium acetate,50% PEG 400, 0.5 mM spermidine, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月23日
放射	モノクロメーター: Single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 23724 / Num. obs: 23724 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 53 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 25.7
反射シェル	解像度: 2.26→2.3 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 32.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.6.0086	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

解像度: 2.26→46.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22581	1217	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16523	-	-	-
all	0.16858	22507	-	-
obs	0.16858	22507	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→46.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2096	0	0	104	2200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.095	1.973	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.543	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.852	27.128	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.564	15	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.692	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.065	3	5884
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	20.424	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	27.051	5	2096

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.323 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	37	-
R_work	0.167	905	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7122	-0.2204	0.1933	0.1037	-0.0334	0.076	0.0114	0.0355	0.0348	-0.0058	-0.0279	-0.0235	0.0025	0.006	0.0165	0.0244	0.0007	0.0054	0.0685	-0.0063	0.2576	33.133	6.688	30.106
2	0.0541	0.0083	-0.005	0.12	0.1197	0.1275	0.0004	-0.0026	-0.035	0.0163	-0.0059	0.0013	0.009	-0.0172	0.0055	0.0229	-0.0013	0.0058	0.0721	-0.0039	0.2846	16.211	28.591	30.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	103 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	103 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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