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- PDB-3tu4: Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tu4
タイトルCrystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle.
要素
  • (DNA (146-MER)) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B 1.1
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Regulatory protein SIR3
キーワードSignaling Protein/Structural Protein/DNA / histones / nucleosome / gene silencing / Signaling Protein-Structural Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation ...establishment of protein-containing complex localization to telomere / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / telomere tethering at nuclear periphery / chromatin silencing complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of DNA replication / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / nucleosome binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / protein heterodimerization activity / chromatin binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily ...: / Regulatory protein SIR3, C-terminal domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / AAA lid domain / AAA lid domain / : / Bromo adjacent homology domain / BAH domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / BAH domain profile. / Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / SH3 type barrels. / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2B 1.1 / Regulatory protein SIR3 / Histone H2A type 1 / Histone H4 / Histone H3.2 / Histone H2A
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Armache, K.-J. / Garlick, J.D. / Canzio, D. / Narlikar, G.J. / Kingston, R.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Structural basis of silencing: Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome at 3.0 A resolution.
著者: Armache, K.J. / Garlick, J.D. / Canzio, D. / Narlikar, G.J. / Kingston, R.E.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (146-MER)
J: DNA (146-MER)
K: Regulatory protein SIR3
L: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,41512
ポリマ－253,41512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Histone H3.2
B: Histone H4
C: Histone H2A
D: Histone H2B 1.1
E: Histone H3.2
F: Histone H4
G: Histone H2A
H: Histone H2B 1.1
I: DNA (146-MER)
J: DNA (146-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,88710
ポリマ－198,88710
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area57080 Å2
ΔGint-396 kcal/mol
Surface area73430 Å2
手法PISA
3
K: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2641
ポリマ－27,2641
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
L: Regulatory protein SIR3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2641
ポリマ－27,2641
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.880, 102.880, 555.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

-
要素

-
タンパク質 , 5種, 10分子 AEBFCGDHKL

#1: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#3: タンパク質 Histone H2A


分子量: 13978.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2B 1.1 / H2B1.1


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#7: タンパク質 Regulatory protein SIR3 / Silent information regulator 3


分子量: 27263.922 Da / 分子数: 2 / Fragment: BAH domain / Mutation: D205N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SIR3, CMT1, MAR2, STE8, YLR442C, L9753.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06701

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45137.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct
#6: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45609.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic construct

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月2日
放射モノクロメーター: Si(111), side bounce monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 66268 / Num. obs: 66104 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER(CCP4-6.1.1)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→44.548 Å / SU ML: 0.83 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 1767 2.74 %
Rwork0.1919 --
obs0.1932 64428 97.45 %
all-64428 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.927 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5167 Å20 Å2-0 Å2
2--2.5167 Å20 Å2
3----5.0334 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→44.548 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9674 5986 0 0 15660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316548
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83523609
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.036678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.08110.35291290.33224512X-RAY DIFFRACTION92
3.0811-3.17170.38211290.2884634X-RAY DIFFRACTION94
3.1717-3.27410.36611340.2784769X-RAY DIFFRACTION96
3.2741-3.39110.32981410.24344791X-RAY DIFFRACTION97
3.3911-3.52680.28421380.21994850X-RAY DIFFRACTION98
3.5268-3.68720.35221330.26644723X-RAY DIFFRACTION95
3.6872-3.88150.24891400.20834837X-RAY DIFFRACTION99
3.8815-4.12450.19911370.16174924X-RAY DIFFRACTION99
4.1245-4.44270.15521390.14314912X-RAY DIFFRACTION100
4.4427-4.88930.19071430.14094947X-RAY DIFFRACTION100
4.8893-5.59570.19971310.16284910X-RAY DIFFRACTION100
5.5957-7.04540.25571400.19844954X-RAY DIFFRACTION100
7.0454-44.55320.21551330.17184898X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84881.0996-0.0633.33930.74413.6250.33690.1077-0.21980.0777-0.15060.51140.4739-0.1924-0.02650.41360.1143-0.19360.3904-0.17770.166326.066-28.4073-9.2381
23.3796-1.12350.02783.33880.39113.68980.3821-0.15370.256-0.0589-0.19530.4314-0.4559-0.124-0.09340.4523-0.12140.21090.4221-0.18040.197926.155628.391659.9944
36.19570.1399-0.78591.506-0.31951.829-0.029-0.0766-0.24510.0676-0.09750.47260.6029-0.47440.11260.5244-0.20890.02450.4485-0.13810.469610.3037-17.790424.6998
44.9524-1.0392-1.35022.35970.27072.64660.1222-0.0198-0.2588-0.1355-0.19230.4250.3868-0.35030.10750.4217-0.1006-0.02730.3394-0.07950.326219.5321-19.145818.1026
56.2285-2.08610.11892.88630.18222.81740.00870.20050.2146-0.4401-0.0067-0.066-0.4061-0.1355-0.00510.4241-0.0515-0.03110.3089-0.09720.112730.13879.99468.2596
62.4102-1.92250.08795.1504-0.13243.48490.09760.28270.0962-0.6649-0.0289-0.2219-0.15040.25-0.06290.4016-0.14390.01660.3646-0.10220.27137.40594.89348.9214
75.24970.22960.36811.7282-0.06421.7841-0.03920.00730.3343-0.026-0.0820.4977-0.5379-0.50050.10610.4820.2150.00840.4217-0.12310.444911.007317.338126.3387
84.20770.60841.22022.45120.26722.6040.1508-0.04470.24820.0387-0.14920.4555-0.4745-0.33640.07340.41160.07870.03210.3337-0.09250.322619.642719.093532.5143
93.92971.35630.05982.39440.07742.39250.088-0.1764-0.13310.3918-0.04580.06040.4092-0.024-0.0160.31910.06410.02930.2555-0.10980.046830.4618-9.929142.3848
102.99242.08880.05254.6946-0.73243.58580.0048-0.2616-0.12340.45670.0341-0.27090.28880.2112-0.05860.40640.1306-0.0320.4326-0.13390.267537.4092-5.077941.6837
111.4855-0.0057-0.03131.33530.11661.6313-0.0225-0.004-0.0266-0.01220.04860.06210.0006-0.1179-0.01410.5370.0092-0.01920.6002-0.12890.545223.44660.167825.2157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'K'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D'
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E'
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F'
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G'
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H'
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'I') or (chain 'J')

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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