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- PDB-3tto: Crystal structure of Leuconostoc mesenteroides NRRL B-1299 N-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tto
タイトルCrystal structure of Leuconostoc mesenteroides NRRL B-1299 N-terminally truncated dextransucrase DSR-E in triclinic form
要素Dextransucrase
キーワードTRANSFERASE / (beta/alpha)8 barrel / sucrose/dextran/gluco-oligosaccharide binding / alpha-1 / 2 branching dextransucrase
機能・相同性
機能・相同性情報


dextransucrase activity / dextransucrase / glucan biosynthetic process / glucosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucansucrase / Glucan-binding repeat / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / KxYKxGKxW signal peptide / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat ...Glucansucrase / Glucan-binding repeat / Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Glycoside hydrolase, family 70, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 70 / KxYKxGKxW signal peptide / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Glycosyl hydrolase, all-beta / Ribbon / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Leuconostoc mesenteroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Brison, Y. / Pijning, T. / Fabre, E. / Mourey, L. / Morel, S. / Potocki-Veronese, G. / Monsan, P. / Tranier, S. / Remaud-Simeon, M. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Functional and structural characterization of alpha-(1-2) branching sucrase derived from DSR-E glucansucrase
著者: Brison, Y. / Pijning, T. / Malbert, Y. / Fabre, E. / Mourey, L. / Morel, S. / Potocki-Veronese, G. / Monsan, P. / Tranier, S. / Remaud-Simeon, M. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dextransucrase
B: Dextransucrase
C: Dextransucrase
D: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)494,87317
ポリマ－493,8844
非ポリマー98913
水59433
1
A: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6033
ポリマ－123,4711
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,6954
ポリマ－123,4711
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7875
ポリマ－123,4711
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Dextransucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7875
ポリマ－123,4711
非ポリマー3164
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.840, 140.040, 155.460
Angle α, β, γ (deg.)85.36, 90.92, 76.85
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Dextransucrase


分子量: 123470.891 Da / 分子数: 4
断片: N-terminally truncated DSR-E, UniProt residues 1759-2835
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leuconostoc mesenteroides (バクテリア)
株: NRRL B-1299 / 遺伝子: dsr-E, dsrE / プラスミド: pBAD Directional 102 (pBAD102) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8G9Q2, dextransucrase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 17% PEG 3350, 0.2 M ammonium iodide, 80 mM ammonium citrate, 2% glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→51.62 Å / Num. all: 82750 / Num. obs: 80648 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / Rsym value: 0.203 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.533 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KLK

3klk


解像度: 3.3→51.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.858 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.758 / SU B: 33.4 / SU ML: 0.537 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.642 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29075 4029 5 %RANDOM
Rwork0.22403 ---
obs0.2274 80648 97.46 %-
all-82716 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.267 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å2-0.08 Å20.01 Å2
2--0 Å2-0.05 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→51.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32238 0 58 33 32329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0233022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0220620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1071.92245019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.827350327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.40254205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74525.5171691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.247154817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8881599
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.24907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0238399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.026824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 260 -
Rwork0.315 5605 -
obs-5605 96.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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