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万見
- PDB-3ttn: Crystal structures of polyamine receptors SpuD and SpuE from Pseu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ttn
タイトルCrystal structures of polyamine receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
要素Polyamine transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / polyamine binding protein / spermidine
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine transport / spermidine binding / periplasmic space / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / Spermidine-binding periplasmic protein SpuE
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lim, S.C. / Wu, D.H. / Song, H.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
著者: Wu, D.H. / Lim, S.C. / Dong, Y.H. / Wu, J.E. / Tao, F. / Zhou, L. / Zhang, L.H. / Song, H.W.
履歴
登録2011年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyamine transport protein
B: Polyamine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7664
ポリマ－75,4762
非ポリマー2902
水3,549197
1
A: Polyamine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8832
ポリマ－37,7381
非ポリマー1451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polyamine transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8832
ポリマ－37,7381
非ポリマー1451
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.329, 44.367, 81.553
Angle α, β, γ (deg.)91.50, 95.24, 95.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 35 - 355 / Label seq-ID: 13 - 333

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2AA

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要素

#1: タンパク質 Polyamine transport protein


分子量: 37737.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-362 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: spuE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6J0
#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.6
詳細: 0.1M citric acid, 28% PEG 6000, 4% Jeffamine M-600, pH 2.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.97988 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→24.07 Å / Num. all: 40146 / Num. obs: 40146 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SHELXS位相決定
REFMAC5.4.0077精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→23.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 4.527 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24369 2034 5.1 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.21328 38108 96.59 %-
all-38108 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.838 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.08 Å2-0.01 Å2
2---0 Å2-0.02 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5201 0 20 197 5418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225349
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.977272
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1045662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50625.362235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.79615871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9361514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2794
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5591.53319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0425344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75532030
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8424.51928
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 2 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2465 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.30.5
medium thermal0.392
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 120 -
Rwork0.217 2274 -
obs--78.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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