PDB-3tt3: Crystal Structure of LeuT in the inward-open conformation in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tt3

タイトル

Crystal Structure of LeuT in the inward-open conformation in complex with Fab

要素

Leucine transporter LeuT
mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, heavy chain
mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, kappa light chain

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / LeuT fold / transporter / plasma membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.22 Å

データ登録者

Krishnamurthy, H. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: X-ray structures of LeuT in substrate-free outward-open and apo inward-open states.
著者: Krishnamurthy, H. / Gouaux, E.

履歴

登録	2011年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月18日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2012年1月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tt3.cif.gz	381.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tt3.ent.gz	315.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3tt3_validation.pdf.gz	785 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tt3_full_validation.pdf.gz	812.5 KB	表示
XML形式データ	3tt3_validation.xml.gz	35.4 KB	表示
CIF形式データ	3tt3_validation.cif.gz	47.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/3tt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tt1C 3tu0C 1ejoS 1q9q PDB 未公開エントリS 2a65S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ncb-d 6bf4-1 1ncd-d 6wp7-d 6f7q-d 2fvz-d 4j0h-d 1mzn-d 1nca-d 6ma8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (5)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Leucine transporter LeuT

L: mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, heavy chain

H: mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, kappa light chain

ヘテロ分子

106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.838, 169.804, 130.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Leucine transporter LeuT 分子量: 57909.273 Da / 分子数: 1 / 変異: Y268A, K288A, T354V, S355A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: snf, aq_2077 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O67854
#2: 抗体	mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, heavy chain 分子量: 24208.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	mouse monoclonal 1gG1 Fab fragment, kappa light chain 分子量: 23985.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖	ChemComp-SOG / octyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside / 2-HYDROXYMETHYL-6-OCTYLSULFANYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4,5-TRIOL / 1-S-OCTYL-BETA-D-THIOGLUCOSIDE / octyl 1-thio-beta-D-glucoside / octyl 1-thio-D-glucoside / octyl 1-thio-glucoside / オクチル1-チオ-β-D-グルコピラノシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 308.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₅S / コメント: 可溶化剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 100 mM HEPES, 0.1 M magnesium nitrate, 12-14% PEG1500, 1.5% w/v trimethylamine-N-oxide, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: single crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.22→50 Å / Num. all: 23475 / Num. obs: 23381 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 99.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.78
反射シェル	解像度: 3.22→3.35 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 2A65, 1Q9Q, 1EJO

2a65

1q9q
PDB 未公開エントリ

1ejo

解像度: 3.22→35.576 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 0 / 位相誤差: 37.77 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SIDE CHAIN ATOMS HAVE BEEN MODELED ONLY WHERE ELECTRON DENSITY IS AVAILABLE.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3002	1067	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2572	-	-	-
obs	0.2594	21251	90.42 %	-
all	-	0	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.588 Å² / k_sol: 0.287 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	40.2109 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-51.8201 Å²	0 Å²
3-	-	-	11.6092 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.22→35.576 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7192	0	8	0	7200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.149	10105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.101	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1148
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1270

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.22-3.3661	0.5281	90	0.3908	2066	X-RAY DIFFRACTION	75
3.3661-3.5435	0.3821	133	0.3518	2307	X-RAY DIFFRACTION	84
3.5435-3.7652	0.375	151	0.2997	2396	X-RAY DIFFRACTION	88
3.7652-4.0556	0.3244	156	0.2747	2486	X-RAY DIFFRACTION	91
4.0556-4.463	0.2731	124	0.2352	2631	X-RAY DIFFRACTION	94
4.463-5.1072	0.2963	117	0.2132	2697	X-RAY DIFFRACTION	96
5.1072-6.4283	0.3313	152	0.2707	2743	X-RAY DIFFRACTION	98
6.4283-35.5786	0.2403	144	0.2389	2858	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6487	0.0437	-0.4744	2.4195	-0.9031	1.8145	-0.1446	-0.2383	-0.0761	0.2526	-0.0431	-0.0205	-0.0661	0.2683	-0.0108	0.5717	0.1133	-0.3152	0.7567	0.1097	0.5848	89.3094	81.4086	88.3329
2	3.6314	1.6328	-1.4997	2.5235	0.7812	4.0304	0.1363	-0.6045	0.1075	0.3895	0.0449	-0.5302	0.0842	0.4265	0.0715	0.4028	0.1035	-0.5146	0.6905	0.22	0.3834	88.7823	76.9174	100.8388
3	1.2847	-0.3296	0.0565	2.8779	-0.0802	2.2388	-0.2096	-0.1816	-0.0702	0.145	0.019	-0.498	-0.2204	0.5047	-0.0013	0.5013	0.1105	-0.182	0.8732	0.0418	0.6889	95.7542	85.8903	87.6641
4	3.7167	-1.5727	-1.7222	2.05	1.2884	1.5286	0.5906	0.2936	0.2294	0.0664	-0.1704	-1.957	0.0205	0.5766	-0.0351	1.2282	-0.4582	-0.3404	1.07	0.0642	1.4822	104.2287	127.0527	80.4211
5	2.3583	-0.4862	0.1033	0.7429	0.6589	1.144	0.5701	-0.0001	-0.0307	-0.3338	0.2438	-0.1182	-0.2322	0.3221	0.0264	1.4189	-0.282	-0.251	0.7049	0.2056	1.1884	87.832	141.1042	74.604
6	1.8327	0.8053	1.4772	1.0477	1.0077	2.28	-0.7248	-1.0444	0.0541	1.1081	0.8533	-0.7272	0.1192	0.4365	0.0174	1.6783	-0.1909	0.1387	1.0065	0.3454	1.3771	84.2765	152.2525	70.1014
7	0.5904	0.6741	0.3489	1.0484	-0.3971	2.398	0.0055	0.3142	0.4883	0.4405	-0.0441	0.2297	-0.4519	-0.5481	-0.0002	1.8051	-0.3285	-0.0026	1.1274	0.2108	1.3534	77.219	159.6921	67.125
8	4.2086	1.1696	-0.7555	1.9157	-0.6677	4.0037	-0.251	-0.428	-0.1082	0.8726	0.2944	0.1508	-0.0434	-0.1604	-0	1.2692	0.048	-0.2607	0.9645	0.0518	0.8016	83.459	119.1525	91.2943
9	3.1465	-1.7111	-0.4115	2.24	0.1536	0.2221	-0.3628	0.4579	0.0687	0.5062	0.4011	0.7096	-0.3981	0.0813	0.0005	1.6351	-0.2377	-0.1061	1.1494	-0.113	1.1264	79.3761	132.9363	80.1822
10	2.5045	-0.127	0.6889	1.0197	-0.3956	0.3195	-0.5729	0.0474	-0.077	-1.09	0.5426	1.1004	-1.1568	0.4145	-0.0049	1.897	-0.0473	-0.3519	0.8493	0.1435	1.2046	75.6286	140.2477	70.964
11	0.8196	-0.5157	-0.6444	0.466	0.1742	0.7865	-0.1743	-0.0266	-0.1582	-1.5941	1.0173	1.2498	-0.0415	-0.8875	0.0006	1.9548	-0.3154	-0.204	1.0775	0.3034	1.6704	70.7686	139.4177	63.8627

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 11:184)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 185:254)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 255:511)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resseq 1:94)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resseq 95:131)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resseq 132:177)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resseq 178:215)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resseq 1:83)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resseq 84:140)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resseq 141:180)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resseq 181:219)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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