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万見
- PDB-3ts3: Crystal structure of the projection domain of the turkey astrovir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ts3
タイトルCrystal structure of the projection domain of the turkey astrovirus capsid protein at 1.5 angstrom resolution
要素Capsid polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / virus protein / projection domain / astrovirus capsid
機能・相同性Capsid polyprotein VP90, C-terminal / C-terminal tail of astrovirus capsid projection or spike / : / Capsid, astroviral / Astrovirus capsid protein nucleoplasmin-like domain / T=1 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / Capsid polyprotein VP90
機能・相同性情報
生物種Turkey astrovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者DuBois, R.M. / Schultz-Cherry, S. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of the avian astrovirus capsid spike.
著者: DuBois, R.M. / Freiden, P. / Marvin, S. / Reddivari, M. / Heath, R.J. / White, S.W. / Schultz-Cherry, S.
履歴
登録2011年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999Author states that these are natural sequence variations found in the strain of turkey astrovirus 2 ...Author states that these are natural sequence variations found in the strain of turkey astrovirus 2 from their lab.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid polyprotein
B: Capsid polyprotein
C: Capsid polyprotein
D: Capsid polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,65111
ポリマ－94,9784
非ポリマー6727
水13,872770
1
C: Capsid polyprotein
ヘテロ分子

A: Capsid polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5853
ポリマ－47,4892
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y+1/2,-z+21
Buried area5060 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
2
B: Capsid polyprotein
D: Capsid polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0668
ポリマ－47,4892
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area16360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.487, 127.878, 71.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Capsid polyprotein


分子量: 23744.578 Da / 分子数: 4 / 断片: projection domain, UNP residues 423-630 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Turkey astrovirus 2 (ウイルス) / 株: strain 2 / 遺伝子: ORF2 / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Q3G5
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→50 Å / Num. all: 124890 / Num. obs: 124746 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.49-1.544.70.391123620.878199.2
1.54-1.615.50.344124470.91100
1.61-1.685.70.263124370.9111100
1.68-1.775.80.204124700.961100
1.77-1.885.90.144124650.9661100
1.88-2.025.90.103125110.9811100
2.02-2.2360.075124751.0481100
2.23-2.5560.064124631.1251100
2.55-3.2160.06125301.2221100
3.21-5060.03125860.995199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.49→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.246 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2053 6265 5 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
all0.189 124890 --
obs0.1776 124665 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.9 Å2 / Biso mean: 13.1882 Å2 / Biso min: 2.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å2-0 Å2-0.14 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6599 0 35 770 7404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0226939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1791.9519485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5945854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.45624.189339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.622151131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9761536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21037
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5691.54121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.07626717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59932818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6044.52744
LS精密化 シェル解像度: 1.49→1.528 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 425 -
Rwork0.255 8527 -
all-8952 -
obs--98.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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