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- PDB-3trz: Mouse Lin28A in complex with let-7d microRNA pre-element -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trz
タイトルMouse Lin28A in complex with let-7d microRNA pre-element
要素
  • Protein lin-28 homolog A
  • RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / microRNA biogenesis / Protein-RNA complex / pre-element / CCHC zinc knuckle / cold shock domain / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / : / regulation of miRNA-mediated gene silencing / protein-RNA adaptor activity / RNA 3' uridylation / miRNA catabolic process / pre-miRNA binding / miRNA metabolic process ...negative regulation of glial cell differentiation / positive regulation of cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of pre-miRNA processing / : / regulation of miRNA-mediated gene silencing / protein-RNA adaptor activity / RNA 3' uridylation / miRNA catabolic process / pre-miRNA binding / miRNA metabolic process / positive regulation of cytoplasmic translation / pre-miRNA processing / sequence-specific mRNA binding / miRNA binding / stem cell population maintenance / germ cell development / positive regulation of TOR signaling / rough endoplasmic reticulum / translation initiation factor binding / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of translation / stem cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / P-body / cytoplasmic stress granule / G-quadruplex RNA binding / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / Few Secondary Structures / Irregular ...Zinc finger, CCHC-type / HIV-1 Nucleocapsid Protein / Cold-shock (CSD) domain profile. / Cold-shock protein, DNA-binding / 'Cold-shock' DNA-binding domain / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Nucleic acid-binding proteins / Few Secondary Structures / Irregular / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Protein lin-28 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Nam, Y. / Sliz, P.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: Molecular Basis for Interaction of let-7 MicroRNAs with Lin28.
著者: Nam, Y. / Chen, C. / Gregory, R.I. / Chou, J.J. / Sliz, P.
履歴
登録2011年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22011年12月14日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_name_com / entity_src_gen / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein lin-28 homolog A
B: Protein lin-28 homolog A
C: Protein lin-28 homolog A
D: Protein lin-28 homolog A
E: Protein lin-28 homolog A
F: Protein lin-28 homolog A
U: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
V: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
W: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
X: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
Y: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
Z: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,74524
ポリマ－136,96012
非ポリマー78512
水00
1
A: Protein lin-28 homolog A
B: Protein lin-28 homolog A
U: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
V: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9158
ポリマ－45,6534
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18830 Å2
手法PISA
2
C: Protein lin-28 homolog A
D: Protein lin-28 homolog A
W: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
X: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9158
ポリマ－45,6534
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area18730 Å2
手法PISA
3
E: Protein lin-28 homolog A
F: Protein lin-28 homolog A
Y: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
Z: RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9158
ポリマ－45,6534
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8780 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.820, 143.820, 177.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細In the crystal forms, the authors observe a domain swap in which the Lin28 CSD interacts with the loop of one microRNA molecule, and the CCHCx2 interacts with the GGAG of a second microRNA.

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要素

#1: タンパク質
Protein lin-28 homolog A / Lin-28A / Testis-expressed protein 17


分子量: 16066.592 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lin28a, Lin28, Tex17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K3Y3
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 6760.128 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.6M NaH2PO4, 1.4M K2HPO4, pH 7, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
211
反射解像度: 2.9→66.66 Å / Num. all: 41278 / Num. obs: 41278 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 83.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.91 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.586 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSautoPROCデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.1位相決定
BUSTER2.11.1精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9→66.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9459 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9271 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2102 2086 5.06 %RANDOM
Rwork0.1833 ---
obs0.1847 41252 98.34 %-
all-41252 --
原子変位パラメータBiso mean: 71.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6056 Å20 Å20 Å2
2---1.6056 Å20 Å2
3---3.2111 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.438 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→66.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5964 2718 12 0 8694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0099156HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.312942HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3588SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes114HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1032HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9156HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3083 155 5.15 %
Rwork0.2348 2852 -
all0.2387 3007 -
obs--98.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.20820.10261.89591.1163-0.59915.3136-0.07810.04480.0213-0.186-0.03690.1301-0.0028-0.40210.115-0.04040.0506-0.102-0.0283-0.0561-0.036818.377836.57-18.3059
24.2725-0.40941.59041.00831.08955.02080.02830.0192-0.2028-0.090.01550.03550.21780.3826-0.0438-0.113-0.0265-0.0862-0.01370.0802-0.0677-21.293140.15-26.1773
32.5819-0.38561.44991.4855-0.50375.34050.03760.033-0.1221-0.18-0.13880.186-0.0198-0.50050.1011-0.12650.0861-0.1370.0388-0.0807-0.001718.150834.548740.9339
45.2698-1.05691.52270.75260.44684.07090.07680.0188-0.4849-0.0377-0.0879-0.07120.21180.37540.0111-0.1175-0.0556-0.0718-0.00130.0817-0.0553-21.55937.727333.1896
51.25230.22770.56782.53372.16014.85540.08780.2803-0.1603-0.07380.0018-0.17050.4850.2246-0.08960.01750.01630.0451-0.0435-0.1214-0.040635.53888.189356.2249
60.0519-0.0128-0.46625.48471.79654.932-0.17090.01340.0191-0.16070.1365-0.2694-0.42680.23570.0343-0.05640.0691-0.0791-0.0567-0.1107-0.027233.943848.59248.2746
710.6247-5.97312.4522.252-1.84791.7165-0.2929-0.4094-0.06590.31350.2273-0.00740.134-0.72510.0656-0.30430.0002-0.12540.3962-0.02650.0226-0.923439.2314-8.3083
816.55264.44883.13420.20621.20351.2901-0.2250.741-0.0407-0.15010.1161-0.01040.31720.60160.1089-0.24240.1797-0.14770.3799-0.1214-0.0471-1.903239.4647-36.3231
912.424-6.35092.69811.0782-0.97951.3994-0.2985-0.32520.17780.26360.1183-0.26460.152-0.72790.1802-0.3648-0.0103-0.08310.50920.04320.0731-0.889236.85350.8011
1017.32054.18222.529600.93811.5636-0.09180.8147-0.0491-0.15440.06580.03390.36130.54150.026-0.27730.2015-0.09540.3894-0.1527-0.0376-2.503536.803123.1644
111.90356.1460.435212.8132.25150.67030.2377-0.15420.12780.3518-0.2620.04820.71310.29160.02440.44520.0878-0.1413-0.3147-0.08290.029633.516768.994266.1747
120.6016-5.7194-0.668516.27831.83351.68150.08050.5112-0.2081-0.6265-0.3544-0.1719-0.70390.34680.27390.3783-0.11490.1367-0.2118-0.16260.010734.203167.928938.4254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A35 - 179
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B35 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C35 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D35 - 179
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E35 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F35 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7{ U|* }U1 - 21
8X-RAY DIFFRACTION8{ V|* }V1 - 21
9X-RAY DIFFRACTION9{ W|* }W1 - 21
10X-RAY DIFFRACTION10{ X|* }X1 - 21
11X-RAY DIFFRACTION11{ Y|* }Y1 - 21
12X-RAY DIFFRACTION12{ Z|* }Z1 - 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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