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- PDB-3trv: Crystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain cont... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trv
タイトルCrystal structure of quasiracemic villin headpiece subdomain containing (F5Phe17) substitution
要素
  • D-Villin-1
  • L-Villin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / pentafluorophenylalanine / racemate / quasi-racemate
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization ...regulation of actin nucleation / cytoplasmic actin-based contraction involved in cell motility / lysophosphatidic acid binding / regulation of lamellipodium morphogenesis / filopodium tip / positive regulation of actin filament bundle assembly / actin filament severing / regulation of wound healing / barbed-end actin filament capping / actin filament depolymerization / actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / actin filament bundle / microvillus / positive regulation of epithelial cell migration / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / actin filament polymerization / cellular response to epidermal growth factor stimulus / filopodium / response to bacterium / epidermal growth factor receptor signaling pathway / actin filament binding / lamellipodium / actin cytoskeleton / regulation of cell shape / positive regulation of cell migration / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / Gelsolin-like domain superfamily / Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Villin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å
データ登録者Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Quasiracemic crystallization as a tool to assess the accommodation of noncanonical residues in nativelike protein conformations.
著者: Mortenson, D.E. / Satyshur, K.A. / Guzei, I.A. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2011年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22012年2月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-Villin-1
B: D-Villin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6717
ポリマ－8,2622
非ポリマー4085
水1,56787
1
A: L-Villin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4915
ポリマ－4,1791
非ポリマー3124
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: D-Villin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1802
ポリマ－4,0841
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)20.188, 22.390, 32.512
Angle α, β, γ (deg.)75.0610, 82.0040, 87.558
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド L-Villin-1


分子量: 4178.703 Da / 分子数: 1 / 断片: headpiece subdomain (UNP residues 792-826) / 変異: N818H / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized using Fmoc-protected L-amino acids / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02640
#2: Polypeptide(D) D-Villin-1


分子量: 4083.716 Da / 分子数: 1 / 断片: headpiece subdomain (UNP residues 792-826) / 変異: N818H / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized using Fmoc-protected D-amino acids / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P02640
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.72 % / 解説: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 6% isopropanol, 8% glycerol, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.729252 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.729252 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→21.63 Å / Num. all: 29447 / Num. obs: 28183 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 4.7 Å2 / Rsym value: 0.0897 / Net I/σ(I): 11.44
反射 シェル解像度: 1→1.03 Å / 冗長度: 3.67 % / Mean I/σ(I) obs: 9.65 / Rsym value: 0.121 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XPREP2008/2 for Windowsデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
EMBLMD-2データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→21.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.2026 / WRfactor Rwork: 0.1732 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9153 / SU B: 0.488 / SU ML: 0.013 / SU R Cruickshank DPI: 0.0267 / SU Rfree: 0.0263 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1546 1449 5.1 %RANDOM
Rwork0.1366 ---
obs0.1376 28183 95.69 %-
all-29447 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 41.05 Å2 / Biso mean: 6.4568 Å2 / Biso min: 3.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.27 Å2-0.48 Å2
2---0.09 Å20.13 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.027 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→21.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数583 0 23 87 693
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.021652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7282.32881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8013.0021153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.139580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37724.61513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6061561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.119151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.95831125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.828516
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.4151180
LS精密化 シェル解像度: 1→1.026 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.11 112 -
Rwork0.104 1922 -
all-2034 -
obs--92.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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