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- PDB-3trs: The crystal structure of aspergilloglutamic peptidase from Asperg... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3trs
タイトルThe crystal structure of aspergilloglutamic peptidase from Aspergillus niger
要素
  • Aspergillopepsin-2 heavy chain
  • Aspergillopepsin-2 light chain
キーワードHYDROLASE / ASPERGILLOGLUTAMIC PEPTIDASE / GLUTAMIC PEPTIDASE / BETA SANDWICH STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


aspergillopepsin II / glutamic-type endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase G1 / Peptidase G1 / Peptidase G1 superfamily / Peptidase A4 family / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspergillopepsin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus niger (黒麹菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sasaki, H. / Kubota, K. / Lee, W.C. / Ohtsuka, J. / Kojima, M. / Takahashi, K. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of an intermediate dimer of aspergilloglutamic peptidase that mimics the enzyme-activation product complex produced upon autoproteolysis.
著者: Sasaki, H. / Kubota, K. / Lee, W.C. / Ohtsuka, J. / Kojima, M. / Iwata, S. / Nakagawa, A. / Takahashi, K. / Tanokura, M.
履歴
登録2011年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspergillopepsin-2 light chain
B: Aspergillopepsin-2 heavy chain
C: Aspergillopepsin-2 light chain
D: Aspergillopepsin-2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7396
ポリマ－44,5834
非ポリマー1562
水3,567198
1
A: Aspergillopepsin-2 light chain
B: Aspergillopepsin-2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3703
ポリマ－22,2912
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area8430 Å2
手法PISA
2
C: Aspergillopepsin-2 light chain
D: Aspergillopepsin-2 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3703
ポリマ－22,2912
非ポリマー781
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.692, 65.842, 77.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Aspergillopepsin-2 light chain / Aspergillopepsin II light chain


分子量: 3919.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: Var. macrosporus / 参照: UniProt: P24665, aspergillopepsin II
#2: タンパク質 Aspergillopepsin-2 heavy chain / Aspergillopepsin II heavy chain


分子量: 18372.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aspergillus niger (黒麹菌) / 株: Var. macrosporus / 参照: UniProt: P24665, aspergillopepsin II
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 2.7
詳細: 1.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M GLYCINE BUFFER (PH 2.7), 5% (V/V) DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 277.0K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37983 / % possible obs: 95.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.25
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 3.24 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Y43

1y43


解像度: 1.6→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 2.296 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2010 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.21 37970 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3017 0 8 198 3223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9251.9254232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5875404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.56826.496137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.94315420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8651.52008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62823232
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.48331084
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9894.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 137 -
Rwork0.313 2460 -
obs--85.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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