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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3tqk | ||||||
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タイトル | Structure of Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase from Francisella tularensis SCHU S4 | ||||||
要素 | Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Francisella tularensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M. / Cassidy, M. / Gary, E. / Burshteyn, F. / Love, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Rapid countermeasure discovery against Francisella tularensis based on a metabolic network reconstruction. 著者: Chaudhury, S. / Abdulhameed, M.D. / Singh, N. / Tawa, G.J. / D'haeseleer, P.M. / Zemla, A.T. / Navid, A. / Zhou, C.E. / Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Love, J. / Graf, J.F. / ...著者: Chaudhury, S. / Abdulhameed, M.D. / Singh, N. / Tawa, G.J. / D'haeseleer, P.M. / Zemla, A.T. / Navid, A. / Zhou, C.E. / Franklin, M.C. / Cheung, J. / Rudolph, M.J. / Love, J. / Graf, J.F. / Rozak, D.A. / Dankmeyer, J.L. / Amemiya, K. / Daefler, S. / Wallqvist, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3tqk.cif.gz | 146.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3tqk.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3tqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3tqk_validation.pdf.gz | 435.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3tqk_full_validation.pdf.gz | 437.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3tqk_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3tqk_validation.cif.gz | 23.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tq/3tqk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38359.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア) 株: tularensis / 遺伝子: aroG, FTT_0963c / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5NG89, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MN / |
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M imidazole, 0.26 M Ca acetate, 9.14% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→73.34 Å / Num. all: 20297 / Num. obs: 20258 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 979 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 12.36 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.321 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.9802 Å / Origin y: 25.3965 Å / Origin z: 17.1806 Å
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