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- PDB-3tpq: Crystal structure of wild-type MAL RPEL domain in complex with fi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tpq
タイトルCrystal structure of wild-type MAL RPEL domain in complex with five G-actins
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • MAL
キーワードCONTRACTILE PROTEIN/TRANSCRIPTION / regulation of nuclear import / CONTRACTILE PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 - #10 / Helix Hairpins - #2040 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / Helix Hairpins / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. ...Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 / Cobalamin-dependent Methionine Synthase; domain 2 - #10 / Helix Hairpins - #2040 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / Helix Hairpins / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helix non-globular / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Hirano, H. / Matsuura, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Sensing actin dynamics: structural basis for G-actin-sensitive nuclear import of MAL
著者: Hirano, H. / Matsuura, Y.
履歴
登録2011年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月26日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Actin, alpha skeletal muscle
E: Actin, alpha skeletal muscle
M: MAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,80316
ポリマ－223,0676
非ポリマー2,73610
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)180.737, 180.737, 382.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 41862.613 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質 MAL


分子量: 13754.036 Da / 分子数: 1 / Fragment: RPEL domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mkl1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細THE UNP ENTRY FOR CHAIN M DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.3
詳細: 50mM citrate, 0.1M ammonium sulfate, 0.1mM CaCl2, 0.1mM ATP, 10% PEG8000, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2009年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.45→76.72 Å / Num. obs: 41449 / % possible obs: 83.9 %
反射 シェル解像度: 3.45→3.64 Å / % possible all: 13.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V52

2v52


解像度: 3.45→68.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 77.547 / SU ML: 0.529 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.62 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 2080 5 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2268 41448 84.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 455.46 Å2 / Biso mean: 153.2432 Å2 / Biso min: 54.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→68.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14453 0 160 0 14613
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0214921
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.97920275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78451839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80924.119641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.362152510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2481589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.22274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111174
LS精密化 シェル解像度: 3.455→3.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 9 -
Rwork0.29 165 -
all-174 -
obs--4.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9511-0.2984-3.60943.25736.19918.1423-0.0491-0.23290.50960.3974-0.21471.03381.7757-1.20740.26391.2173-0.78450.14520.90960.3761.3702-4.6164-63.982911.335
220.2675-2.92352.9460.8395-0.30850.4768-0.0492-0.19870.64520.3974-0.17820.38860.2316-0.09330.22741.5386-0.65170.34580.94050.19661.2372-0.7714-74.435614.8205
37.1618-0.01443.1796.12171.74786.7977-0.5458-0.462-0.3765-0.3769-0.03831.12440.5901-1.48290.58421.3267-0.42180.33260.72460.26880.8897-2.4767-70.32564.7987
439.519610.0479-24.082616.7373-10.140415.8648-0.02-1.1570.546-1.63260.34310.36630.74080.5886-0.32312.0327-0.36310.23880.47780.09411.00381.7261-78.05021.7566
511.74090.41941.59233.51451.04081.91150.0616-0.8694-0.4037-0.3528-0.03770.16030.9272-0.7303-0.02391.1813-0.3580.38980.34110.12520.468511.0455-63.53883.861
65.3391-0.3688-3.52322.1048-2.186410.053-0.1629-1.1154-0.49520.5181-0.0393-0.04240.4354-0.85470.20221.1733-0.1760.27810.91480.14310.5388.335-59.702331.3338
71.5467-3.5911.450716.00048.477819.8282-0.0505-0.1380.56540.5186-0.373-1.2840.9772-0.73520.42351.1681-0.34530.03771.004-0.08310.820820.8707-44.956932.9445
85.2349-1.9292-3.21033.6471-0.15385.901-0.2134-1.6380.4110.6030.0139-0.09910.40340.15330.19951.0434-0.06010.24911.1097-0.07390.633314.974-54.977529.3687
94.8889-1.311.68633.9591.05225.6594-0.2583-0.72130.38970.4297-0.1651-0.37110.313-0.06080.42340.8811-0.01150.42630.18840.02380.425417.1167-52.75249.0093
103.5466-2.1332.75282.78810.91856.74120.75610.2072-0.6895-0.2753-0.45840.31380.6677-0.5417-0.29781.4544-0.31750.06250.5335-0.08751.08582.921-73.1576-7.9399
1125.4043-7.622319.66935.5815-5.356730.66110.06431.06651.6236-0.5443-0.82890.9655-1.03930.10180.76460.7639-0.35570.13030.5347-0.33810.9507-20.4908-21.00429.2907
128.207-34.2266-28.6363142.7429119.42899.92731.47720.5813-0.3181-6.597-2.50961.3317-5.633-1.93491.03243.3073-0.47-0.79531.17350.1281.1303-29.8204-5.320515.0121
1319.8513-8.89710.54264.9827-4.63095.609-0.13840.32590.0420.874-0.15151.6039-0.0860.19510.28992.1234-0.10650.66131.3492-0.50142.9384-31.8068-11.937419.0285
140.586-0.45040.43341.2403-3.389614.96190.1940.50260.5243-0.3211-0.5833-0.1776-1.26160.79460.38941.5373-0.38110.2061.07630.06940.9135-13.5338-17.905321.875
1515.5214-3.71322.15785.2282-2.21685.41550.41320.99620.1611-1.4596-0.31270.5632-0.56920.148-0.10051.4052-0.43660.15980.4243-0.27510.2998-23.3634-36.594717.7065
162.3759-9.7085.809645.6928-33.782331.46280.36560.55870.3489-1.1359-1.1859-1.0825-0.4694-0.47570.82031.0147-0.2904-0.08131.3448-0.25121.1691-41.5453-25.792718.5872
172.8007-1.12520.33542.6683-1.38490.8612-0.17070.2389-0.2019-0.35820.62981.14680.0562-0.6339-0.45910.9797-0.3907-0.13631.2052-0.33411.0539-41.8748-41.342419.7371
188.6161-0.00841.903510.1779-1.58311.52131.53861.1224-1.642-1.7738-0.68490.86231.2180.4478-0.85361.8639-0.2865-0.20070.7355-0.65860.7293-15.5551-47.609616.2385
197.3544-3.78044.50462.0903-1.562117.54270.3755-0.4337-1.452-0.66360.29420.6727-0.03860.0097-0.66981.335-0.76380.22080.4448-0.11820.4826-23.8827-47.771923.7823
204.88242.1439-5.04677.118-2.58016.0673-0.0288-0.0751-0.0727-0.543-0.4116-1.2562-0.00010.70780.44040.5934-0.41560.24630.81480.07450.5145-5.3424-24.142427.7945
2112.79688.4226-3.230912.32954.38587.07240.7743-0.47170.76460.1814-1.36331.2529-0.4927-0.95180.58911.23890.41710.61110.5159-0.16150.6721-2.028-20.3185-1.7217
2219.38129.2245-22.408753.212-23.656429.40461.7458-1.45570.6532.8814-1.682-0.929-2.59451.996-0.06382.40540.0591-0.45831.0912-0.03561.3185-2.9023-2.1535-7.4735
235.60312.74650.18153.36413.38025.76960.120.13091.0351-0.4048-0.50960.3832-0.7617-1.21040.38961.31520.35690.30770.345-0.10710.9322.1438-12.6152-7.5707
244.19332.90410.54586.62960.42326.25270.06860.4741-0.0064-0.4068-0.18910.1033-0.1837-0.61930.12050.70990.17330.41460.20380.00840.42342.4109-29.3103-13.0976
254.4641-1.9763-2.07992.0876-2.570811.6341-0.0048-0.5066-0.32450.06360.28180.6183-0.38730.274-0.2771.16430.43290.08031.5847-0.04621.8462-23.4032-14.7466-14.8695
260.0272-0.14880.14861.8285-2.21192.77450.0211-0.12640.1103-0.27290.82350.38180.0633-1.2079-0.84451.11260.22970.26472.0793-0.2662.0112-33.5932-22.2516-13.2466
270.53531.8148-0.836515.5102-8.8425.1647-0.274-0.42610.8755-0.26330.61451.20970.0219-0.7592-0.34061.08210.4416-0.17952.173-0.47832.0679-24.5359-24.7465-21.4369
285.76140.26631.02417.40630.58690.50360.2474-0.3689-0.6389-0.9438-0.2181.30870.0957-0.6614-0.02941.0435-0.00780.15781.30690.03780.6752-10.0861-39.7273-20.6844
294.60274.01912.11394.03633.34246.7917-0.03670.20990.225-0.09660.34350.19730.3726-0.7436-0.30680.92230.02710.19031.2236-0.04021.286-17.9164-39.7079-14.6087
3017.85626.5378-5.46297.75381.21565.03430.00771.8026-1.22220.0158-0.1065-0.8807-0.3743-0.09340.09880.8947-0.01860.38420.91020.09040.463310.9445-30.5375-4.5262
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 90
3X-RAY DIFFRACTION3A91 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 124
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8X-RAY DIFFRACTION8A236 - 281
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13X-RAY DIFFRACTION13B53 - 68
14X-RAY DIFFRACTION14B69 - 141
15X-RAY DIFFRACTION15B142 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16B200 - 212
17X-RAY DIFFRACTION17B213 - 268
18X-RAY DIFFRACTION18B269 - 299
19X-RAY DIFFRACTION19B300 - 334
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22X-RAY DIFFRACTION22C37 - 58
23X-RAY DIFFRACTION23C59 - 101
24X-RAY DIFFRACTION24C102 - 181
25X-RAY DIFFRACTION25C182 - 218
26X-RAY DIFFRACTION26C219 - 249
27X-RAY DIFFRACTION27C250 - 269
28X-RAY DIFFRACTION28C270 - 305
29X-RAY DIFFRACTION29C306 - 336
30X-RAY DIFFRACTION30C337 - 375
31X-RAY DIFFRACTION31D3 - 10
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34X-RAY DIFFRACTION34D60 - 112
35X-RAY DIFFRACTION35D113 - 131
36X-RAY DIFFRACTION36D132 - 172
37X-RAY DIFFRACTION37D173 - 284
38X-RAY DIFFRACTION38D285 - 298
39X-RAY DIFFRACTION39D299 - 350
40X-RAY DIFFRACTION40D351 - 375
41X-RAY DIFFRACTION41E7 - 72
42X-RAY DIFFRACTION42E73 - 90
43X-RAY DIFFRACTION43E91 - 110
44X-RAY DIFFRACTION44E111 - 128
45X-RAY DIFFRACTION45E129 - 148
46X-RAY DIFFRACTION46E149 - 183
47X-RAY DIFFRACTION47E184 - 256
48X-RAY DIFFRACTION48E257 - 277
49X-RAY DIFFRACTION49E278 - 349
50X-RAY DIFFRACTION50E350 - 371
51X-RAY DIFFRACTION51M67 - 79
52X-RAY DIFFRACTION52M80 - 91
53X-RAY DIFFRACTION53M92 - 101
54X-RAY DIFFRACTION54M102 - 128
55X-RAY DIFFRACTION55M129 - 140
56X-RAY DIFFRACTION56M141 - 150
57X-RAY DIFFRACTION57M151 - 162
58X-RAY DIFFRACTION58M163 - 168
59X-RAY DIFFRACTION59M169 - 176
60X-RAY DIFFRACTION60M177 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る