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- PDB-3tp9: Crystal structure of Alicyclobacillus acidocaldarius protein with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tp9
タイトルCrystal structure of Alicyclobacillus acidocaldarius protein with beta-lactamase and rhodanese domains
要素BETA-LACTAMASE and RHODANESE DOMAIN PROTEIN
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / beta-lactamase domain / rhodanese domain
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen sulfide metabolic process / sulfur dioxygenase activity / glutathione metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily ...Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Michalska, K. / Chhor, G. / Mandel, M.E. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Alicyclobacillus acidocaldarius protein with beta-lactamase and rhodanese domains
著者: Michalska, K. / Chhor, G. / Mandel, M.E. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE and RHODANESE DOMAIN PROTEIN
B: BETA-LACTAMASE and RHODANESE DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,7904
ポリマ－103,6592
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area36080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.335, 169.335, 77.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 470 / Label seq-ID: 4 - 473

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE and RHODANESE DOMAIN PROTEIN


分子量: 51829.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
株: DSM 446 / 遺伝子: Aaci_0383 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: C8WS08
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/HCl, 0.7 M sodium citrate tribasic, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 31713 / Num. obs: 30955 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 60.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1507 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→37.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 29.871 / SU ML: 0.272 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25403 1238 4 %RANDOM
Rwork0.20272 ---
all0.20475 30812 --
obs0.20475 30812 96.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7 Å20 Å20 Å2
2---3.7 Å20 Å2
3---7.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→37.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7244 0 2 0 7246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0217452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2081.95310147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.842312194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7765945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76222.714339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.071151123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4311568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3581.54708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0621.51912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70627518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49932744
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0454.52629
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6103 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.220.5
medium thermal0.232
LS精密化 シェル解像度: 2.695→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 89 -
Rwork0.317 2005 -
obs-2005 91.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.58880.32860.03899.1094-0.4463.20030.07490.13150.1552-0.27540.04460.0272-0.30160.0859-0.11950.0754-0.0360.04880.1242-0.0020.137344.84483.31246.7532
22.77570.74380.96322.33260.54422.34830.1189-0.1938-0.13780.1914-0.04450.24250.0188-0.1943-0.07440.0854-0.04110.07690.13250.0260.168631.2042-6.302250.6485
34.3308-3.5108-2.20144.8151.95213.05540.0252-0.4420.33680.32810.2989-0.64-0.17460.5887-0.32410.1014-0.0438-0.06930.2219-0.06310.173162.467-15.478950.3655
411.87674.07610.10354.39872.83736.3021-0.01140.2496-0.3640.4250.0779-0.28330.8525-0.1955-0.06650.2070.0132-0.01110.1040.04350.061658.1241-37.100839.824
54.8340.29482.61675.52423.83056.79870.0715-0.3311-0.29480.5144-0.1756-0.15350.6998-0.10760.10410.1523-0.04950.04360.14750.07820.124756.3831-36.057240.8202
61.4004-0.79510.12447.5138-0.0732.9960.0599-0.0842-0.25140.210.0441-0.05590.21290.028-0.10390.08820.0407-0.05280.1281-0.02920.120644.8533-3.424122.3732
73.3528-0.6215-1.29512.2120.71052.87950.08450.25750.2671-0.3853-0.00580.1812-0.1865-0.2591-0.07870.14890.0263-0.09270.15640.03750.200331.16886.143118.4002
84.66074.10961.95965.55531.84623.2231-0.08730.4997-0.3572-0.38850.3823-0.73480.26150.5592-0.2950.15670.05350.09890.2213-0.06640.212762.411215.428118.855
98.7138-2.99940.77934.28182.24195.7802-0.0036-0.10880.3506-0.36130.0716-0.2821-0.6576-0.1197-0.0680.142-0.04110.00920.09580.05270.084557.96237.073629.4606
104.9846-0.8933-3.54095.8114.09476.87050.08010.34310.15-0.3698-0.134-0.2288-0.3630.08280.05390.10740.0573-0.03990.14190.04710.134456.344935.930428.439
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 66
2X-RAY DIFFRACTION2A67 - 242
3X-RAY DIFFRACTION3A243 - 358
4X-RAY DIFFRACTION4A359 - 412
5X-RAY DIFFRACTION5A413 - 471
6X-RAY DIFFRACTION6B-1 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7B67 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8B243 - 358
9X-RAY DIFFRACTION9B359 - 412
10X-RAY DIFFRACTION10B413 - 470

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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