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万見
- PDB-3tp4: Crystal Structure of engineered protein at the resolution 1.98A, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tp4
タイトルCrystal Structure of engineered protein at the resolution 1.98A, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR128
要素computational Design of Enzyme
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / OR128 / OSH97
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.979 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Baker, D. / Montelione, G.T. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Rajagopalan, S. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Design of activated serine-containing catalytic triads with atomic-level accuracy.
著者: Rajagopalan, S. / Wang, C. / Yu, K. / Kuzin, A.P. / Richter, F. / Lew, S. / Miklos, A.E. / Matthews, M.L. / Seetharaman, J. / Su, M. / Hunt, J.F. / Cravatt, B.F. / Baker, D.
履歴
登録2011年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年5月14日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: computational Design of Enzyme
B: computational Design of Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6116
ポリマ－100,3612
非ポリマー2514
水13,241735
1
A: computational Design of Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2402
ポリマ－50,1801
非ポリマー601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: computational Design of Enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3714
ポリマ－50,1801
非ポリマー1903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.666, 113.943, 116.815
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 computational Design of Enzyme


分子量: 50180.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pet29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution: NaAcetate - 0.2M, NaCacodylate 0.1M, PEG8K - 30%, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.979→30 Å / Num. obs: 154916 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2BVY

2bvy


解像度: 1.979→29.256 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2176 4074 5.01 %
Rwork0.1783 --
obs0.1803 81260 97.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.928 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5416 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.2065 Å20 Å2
3----4.3351 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.979→29.256 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6770 0 16 735 7521
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0059499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1432330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0691068
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9792-2.00250.341880.30561780X-RAY DIFFRACTION66
2.0025-2.02690.31131400.25722636X-RAY DIFFRACTION99
2.0269-2.05260.26231640.24032643X-RAY DIFFRACTION100
2.0526-2.07960.25631510.22192654X-RAY DIFFRACTION100
2.0796-2.1080.26721230.21122736X-RAY DIFFRACTION100
2.108-2.13810.26381420.20262661X-RAY DIFFRACTION100
2.1381-2.170.24551410.19922718X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.20390.24591570.19362654X-RAY DIFFRACTION100
2.2039-2.24010.2861180.20222718X-RAY DIFFRACTION100
2.2401-2.27870.25551410.21012683X-RAY DIFFRACTION100
2.2787-2.32010.27361500.20182664X-RAY DIFFRACTION100
2.3201-2.36470.24631400.18882720X-RAY DIFFRACTION100
2.3647-2.41290.22511370.17232684X-RAY DIFFRACTION100
2.4129-2.46540.21571280.18832696X-RAY DIFFRACTION100
2.4654-2.52270.26131500.19322683X-RAY DIFFRACTION100
2.5227-2.58580.22541340.19162717X-RAY DIFFRACTION100
2.5858-2.65560.20811510.18232684X-RAY DIFFRACTION99
2.6556-2.73370.25311530.16982677X-RAY DIFFRACTION99
2.7337-2.82190.21541350.17472695X-RAY DIFFRACTION99
2.8219-2.92270.22481380.18632696X-RAY DIFFRACTION99
2.9227-3.03960.22881470.18852673X-RAY DIFFRACTION99
3.0396-3.17770.2831290.19382730X-RAY DIFFRACTION99
3.1777-3.3450.25781450.19472712X-RAY DIFFRACTION99
3.345-3.55430.19991360.18712701X-RAY DIFFRACTION99
3.5543-3.82820.18851420.17892701X-RAY DIFFRACTION99
3.8282-4.21240.19831320.14382723X-RAY DIFFRACTION98
4.2124-4.81960.13471630.12942679X-RAY DIFFRACTION97
4.8196-6.06330.18641520.14972704X-RAY DIFFRACTION97
6.0633-29.25920.22211470.18342764X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.7166 Å / Origin y: -5.9576 Å / Origin z: 2.5477 Å
111213212223313233
T0.1567 Å2-0.009 Å20.0159 Å2-0.143 Å20.0014 Å2--0.1359 Å2
L0.2603 °20.0341 °2-0.0594 °2-0.4673 °20.0877 °2--0.2885 °2
S-0.0089 Å °0.0198 Å °0.0123 Å °-0.0073 Å °0.0049 Å °-0.0575 Å °0.0073 Å °0.001 Å °0.0106 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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