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- PDB-3toc: Crystal structure of Streptococcus pyogenes Csn2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3toc
タイトルCrystal structure of Streptococcus pyogenes Csn2
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11940 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2340 / CRISPR-associated protein, Csn2-type / CRISPR-associated protein Csn2 superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csn2) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated protein Csn2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.201 Å
データ登録者Bae, E. / Jung, D.K. / Koo, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Streptococcus pyogenes Csn2 Reveals Calcium-Dependent Conformational Changes in Its Tertiary and Quaternary Structure
著者: Koo, Y. / Jung, D.K. / Bae, E.
履歴
登録2011年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7157
ポリマ－52,4712
非ポリマー2445
水3,675204
1
A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,43114
ポリマ－104,9424
非ポリマー48910
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area14310 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area40280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.482, 163.362, 149.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / CSN2


分子量: 26235.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: serotype M1 / 遺伝子: M5005_Spy0772, SPy_1049 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99ZV9
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.3M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97910, 0.97927, 0.96404
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979271
30.964041
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 36996 / % possible obs: 98.7 % / Biso Wilson estimate: 44.44 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.3_473)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.201→29.173 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.7764 / SU ML: 0.36 / σ(F): 2.14 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2584 1777 5.02 %RANDOM
Rwork0.2153 ---
obs0.2175 35414 94.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.368 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 172.59 Å2 / Biso mean: 59.9489 Å2 / Biso min: 25.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.8542 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.7659 Å2-0 Å2
3----6.0884 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.201→29.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3479 0 11 204 3694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0874787
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067586
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004587
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6151336
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2013-2.26080.36031030.30882373247688
2.2608-2.32730.36241200.29382448256890
2.3273-2.40240.30061350.29252434256990
2.4024-2.48820.35231260.29332476260291
2.4882-2.58780.34891350.26792545268094
2.5878-2.70540.33781200.27772571269194
2.7054-2.8480.30371340.27652574270895
2.848-3.02620.3611440.27592668281297
3.0262-3.25960.28771760.23162629280598
3.2596-3.58710.21711490.1952700284998
3.5871-4.10490.23891530.17592703285698
4.1049-5.16710.1831390.15452729286898
5.1671-29.17540.24621430.21332787293096
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1662-0.97450.34082.1069-0.28761.817-0.04790.2268-0.0912-0.2154-0.1457-0.35650.2970.2890.00010.57560.15710.03910.44130.05560.407945.583553.352855.2615
20.24510.1667-0.45230.5010.09841.21920.00240.00430.14730.1072-0.0504-0.2711-0.10130.2556-0.00030.2710.0132-0.08190.39750.03510.370134.811893.839350.4063
32.5285-0.2007-0.1192.0684-0.35861.94940.07780.1986-0.408-0.2091-0.03410.32030.7742-0.19510.00010.5758-0.0634-0.06590.3004-0.03390.408720.337346.904263.6106
40.5234-0.2466-0.09170.67570.65431.9297-0.1209-0.0980.0139-0.3119-0.31180.2442-0.1453-0.31440.00010.2113-0.05010.01760.44390.00980.384825.288971.961698.7476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:62 or resid 144:219)A1 - 62
2X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:62 or resid 144:219)A144 - 219
3X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 73:132)A73 - 132
4X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:62 or resid 144:219)B1 - 62
5X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:62 or resid 144:219)B144 - 219
6X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 73:132)B73 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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