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- PDB-3to2: Structure of HLA-A*0201 complexed with peptide Md3-C9 derived fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3to2
タイトルStructure of HLA-A*0201 complexed with peptide Md3-C9 derived from a clustering region of restricted cytotoxic T lymphocyte epitope from SARS-CoV M protein
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Md3-C9 peptide derived from Membrane glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / presentation / HLA / CTL epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein M / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / antigen processing and presentation / host cell Golgi membrane / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding ...Maturation of protein M / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / antigen processing and presentation / host cell Golgi membrane / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Attachment and Entry / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / structural constituent of virion / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / virus-mediated perturbation of host defense response / viral envelope / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...M matrix/glycoprotein, SARS-CoV-like / M matrix/glycoprotein, coronavirus / Coronavirus M matrix/glycoprotein / Coronavirus membrane (Cov-M) protein profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane protein / Beta-2-microglobulin / HLA class I antigen / Membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
SARS coronavirus TJF (SARSコロナウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Qi, J. / Gao, F. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Sci.Technology Rev. / 年: 2011
タイトル: Functional and Structural Definition of a Clustering Region of HLA-A2-restricted Cytotoxic T Lymphocyte Epitopes
著者: Liu, J. / Qi, J. / Gao, F. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2011年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Md3-C9 peptide derived from Membrane glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6403
ポリマ－44,6403
非ポリマー00
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.459, 147.459, 49.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA-A*0201 / Major histocompatibility complex / class I / A


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Human / 遺伝子: HLA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53Z42
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Md3-C9 peptide derived from Membrane glycoprotein


分子量: 906.142 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 61-69 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is synthesized.
由来: (合成) SARS coronavirus TJF (SARSコロナウイルス)
参照: UniProt: Q692E0, UniProt: P59596*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Ammonium acetate, 0.1M BIS-Tris pH6.5, 17% polyethylene glycol 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年9月7日
放射モノクロメーター: Cu Ka / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 19393 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 42.56 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
APEXデータ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→35.419 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 978 5.15 %Random
Rwork0.1934 ---
all0.1953 ---
obs0.1953 18978 97.84 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.77 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4497 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.4497 Å20 Å2
3----2.8993 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3147 0 0 109 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8564389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3151178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003573
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5997-2.73670.34481400.2859243494
2.7367-2.90810.29671510.2585248697
2.9081-3.13250.27931420.2134254997
3.1325-3.44750.27961410.2097256799
3.4475-3.94580.19741100.1882263399
3.9458-4.96910.17411640.14882619100
4.9691-35.42180.21061300.1829271299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.178 Å / Origin y: 46.1649 Å / Origin z: -0.6265 Å
111213212223313233
T0.2486 Å20.0333 Å2-0.0358 Å2-0.2266 Å20.0048 Å2--0.2238 Å2
L0.5069 °2-0.4667 °20.1628 °2-0.745 °2-0.0844 °2--0.3093 °2
S0.0649 Å °-0.0014 Å °-0.1001 Å °-0.0727 Å °-0.0322 Å °0.0737 Å °0.0848 Å °-0.0527 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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