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万見
- PDB-3tnu: Heterocomplex of coil 2B domains of human intermediate filament p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tnu
タイトルHeterocomplex of coil 2B domains of human intermediate filament proteins, keratin 5 (KRT5) and keratin 14 (KRT14)
要素
  • Keratin, type I cytoskeletal 14
  • Keratin, type II cytoskeletal 5
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Coiled-coil / Structural Support
機能・相同性
機能・相同性情報


intermediate filament polymerization / intermediate filament bundle assembly / structural constituent of skin epidermis / keratin filament / Type I hemidesmosome assembly / keratin filament binding / Keratinization / hair cycle / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope ...intermediate filament polymerization / intermediate filament bundle assembly / structural constituent of skin epidermis / keratin filament / Type I hemidesmosome assembly / keratin filament binding / Keratinization / hair cycle / intermediate filament organization / Formation of the cornified envelope / basal part of cell / cornified envelope / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / intermediate filament / keratinization / epidermis development / response to mechanical stimulus / keratinocyte differentiation / epithelial cell differentiation / regulation of cell migration / stem cell differentiation / structural constituent of cytoskeleton / regulation of protein localization / scaffold protein binding / cytoskeleton / extracellular exosome / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Keratin, type II / Keratin type II head / Keratin type II head / Keratin, type I / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Keratin, type II / Keratin type II head / Keratin type II head / Keratin, type I / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Keratin, type I cytoskeletal 14 / Keratin, type II cytoskeletal 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.005 Å
データ登録者Lee, C.H. / Kim, M.S. / Leahy, D.J. / Coulombe, P.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural basis for heteromeric assembly and perinuclear organization of keratin filaments.
著者: Lee, C.H. / Kim, M.S. / Chung, B.M. / Leahy, D.J. / Coulombe, P.A.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Keratin, type I cytoskeletal 14
B: Keratin, type II cytoskeletal 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3992
ポリマ－30,3992
非ポリマー00
水1086
1
A: Keratin, type I cytoskeletal 14
B: Keratin, type II cytoskeletal 5

A: Keratin, type I cytoskeletal 14
B: Keratin, type II cytoskeletal 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,7984
ポリマ－60,7984
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area9840 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area13190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.991, 150.991, 141.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Keratin, type I cytoskeletal 14 / Cytokeratin-14 / CK-14 / Keratin-14 / K14


分子量: 15326.142 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 295-422 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02533
#2: タンパク質 Keratin, type II cytoskeletal 5 / 58 kDa cytokeratin / Cytokeratin-5 / CK-5 / Keratin-5 / K5 / Type-II keratin Kb5


分子量: 15072.998 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 350-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRT5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13647
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.93 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: K5/K14 2B protein solution (9 mg/mL) was mixed with an equal volume of reservoir solution containing 2.8M NaCl and 0.1M Tris-HCl (pH 8.5). Small crystals formed and were used to seed the same ...詳細: K5/K14 2B protein solution (9 mg/mL) was mixed with an equal volume of reservoir solution containing 2.8M NaCl and 0.1M Tris-HCl (pH 8.5). Small crystals formed and were used to seed the same mixture of protein solution/reservoir solution, which yielded larger crystals, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97944 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.005→50 Å / Num. all: 12377 / Num. obs: 12376 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.6.4_486) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.005→40.528 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2335 578 4.98 %RANDOM
Rwork0.2091 ---
all0.2103 12532 --
obs0.2103 11603 92.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.398 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.5727 Å20 Å2-0 Å2
2--10.5727 Å2-0 Å2
3----21.1453 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.005→40.528 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 0 6 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061509
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8212011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.04619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002265
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.005-3.30680.37071170.33272365X-RAY DIFFRACTION80
3.3068-3.7850.27131490.22222742X-RAY DIFFRACTION93
3.785-4.76750.18161530.16242900X-RAY DIFFRACTION98
4.7675-40.5280.23271590.21223018X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.6528 Å / Origin y: 36.231 Å / Origin z: 54.8676 Å
111213212223313233
T0.6673 Å20.0748 Å2-0.0187 Å2-0.5084 Å2-0.0021 Å2--0.607 Å2
L0.6281 °20.5071 °20.0264 °2-0.0635 °20.4052 °2--0.2847 °2
S-0.0172 Å °-0.1127 Å °-0.0308 Å °0.1761 Å °-0.0358 Å °0.0166 Å °-0.0879 Å °0.0011 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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