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万見
- PDB-3tn9: X-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tn9
タイトルX-ray structure of the HRV2 empty capsid (B-particle)
要素
  • Protein VP1
  • Protein VP2
  • Protein VP3
キーワードVIRUS / Empty capsid / B-particle / 80S particle / rhinovirus / HRV2 / uncoating / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Jelly Rolls - #20 / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Jelly Rolls / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human rhinovirus 2 (ライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / RIGID BODY FITTING / 解像度: 3 Å
データ登録者Garriga, D. / Pickl-Herk, A. / Luque, D. / Wruss, J. / Caston, J.R. / Blaas, D. / Verdaguer, N.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Insights into minor group rhinovirus uncoating: the X-ray structure of the HRV2 empty capsid.
著者: Garriga, D. / Pickl-Herk, A. / Luque, D. / Wruss, J. / Caston, J.R. / Blaas, D. / Verdaguer, N.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Protein VP1
2: Protein VP2
3: Protein VP3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,0423
ポリマ－88,0423
非ポリマー00
水00
1
1: Protein VP1
2: Protein VP2
3: Protein VP3
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,282,531180
ポリマ－5,282,531180
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Protein VP1
2: Protein VP2
3: Protein VP3
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 440 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)440,21115
ポリマ－440,21115
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: Protein VP1
2: Protein VP2
3: Protein VP3
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 528 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)528,25318
ポリマ－528,25318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: Protein VP1
2: Protein VP2
3: Protein VP3
x 15


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.32 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,320,63345
ポリマ－1,320,63345
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation14
単位格子
Length a, b, c (Å)314.010, 356.850, 382.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, -0.5), (0.809017, 0.5, -0.30901699), (0.5, -0.309017, 0.80901699)
3generate(-0.809017, -0.5, -0.30901699), (0.5, -0.30901699, -0.80901699), (0.30901699, -0.809017, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, 0.309017), (-0.5, -0.309017, -0.80901699), (-0.309017, -0.80901699, 0.5)
5generate(0.309017, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.809017)
6generate(-0.80901699, -0.50000001, 0.309017), (-0.49999999, 0.30901699, -0.809017), (0.30901699, -0.80901699, -0.5)
7generate(-0.5, 0.30901699, 0.809017), (-0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.809017, -0.5, -0.30901699)
8generate(0.5, 0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.809017, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.309017)
9generate(0.80901699, -0.5, 0.309017), (0.5, 0.309017, -0.80901699), (0.309017, 0.80901699, 0.5)
10generate(-1), (-1), (1)
11generate(-0.309017, -0.80901699, 0.50000001), (0.809017, -0.49999999, -0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)
12generate(-0.5, -0.309017, 0.809017), (-0.30901699, -0.809017, -0.5), (0.80901699, -0.5, 0.309017)
13generate(1), (-1), (-1)
14generate(0.5, -0.309017, 0.80901699), (-0.309017, 0.80901699, 0.5), (-0.80901699, -0.5, 0.309017)
15generate(0.30901699, -0.809017, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.809017)
詳細biological unit is the complete icosahedral capsid, generated by 60 protomers (apply matrices from REMARK 350)

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要素

#1: タンパク質 Protein VP1 / P1D / Virion protein 1


分子量: 32924.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Virions were propagated in HeLaH1 cells. Empty particles were obtained by heating to 56 C for 12 minutes.
由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 株: HRV2 / 参照: UniProt: P04936
#2: タンパク質 Protein VP2 / P1B / Virion protein 2


分子量: 29009.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Virions were propagated in HeLaH1 cells. Empty particles were obtained by heating to 56 C for 12 minutes.
由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 株: HRV2 / 参照: UniProt: P04936
#3: タンパク質 Protein VP3 / P1C / Virion protein 3


分子量: 26107.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Virions were propagated in HeLaH1 cells. Empty particles were obtained by heating to 56 C for 12 minutes.
由来: (天然) Human rhinovirus 2 (ライノウイルス) / 株: HRV2 / 参照: UniProt: P04936
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 6.5 - 8.0, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID23-110.979
シンクロトロンSLS X06DA21.006
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2008年10月27日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2009年1月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DCCMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
21.0061
反射解像度: 2.993→260.92 Å / Num. all: 308652 / Num. obs: 308652 / % possible obs: 72.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3-3.151.30.4511.429881231150.45140.3
3.15-3.341.50.391.847871320960.3954.4
3.34-3.571.70.3292.157627341190.32961.5
3.57-3.862.20.2931.987196403130.29377.9
3.86-4.233.20.272.1131699412080.2786.4
4.23-4.724.10.2223.1157674386580.22289.5
4.72-5.464.30.1913.5149214343780.19190
5.46-6.684.60.1843.7132581289500.18489.6
6.68-9.455.10.1514.1118950231090.15192
9.45-60.7465.40.1354.168060127060.13590.5

-
位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening / 反射: 257725
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
17.89-10056.70.712535
12.65-17.8942.50.9043443
10.33-12.6539.30.9454460
8.94-10.3338.60.955265
8-8.9444.50.9455973
7.3-844.40.9396539
6.76-7.3440.9386996
6.32-6.7641.80.9347414
5.96-6.32380.9367847
5.66-5.9641.30.9348298
5.39-5.6640.60.9278724
5.16-5.3938.90.9259108
4.96-5.1637.90.929563
4.78-4.9636.90.9189921
4.62-4.7839.80.9110252
4.47-4.6239.60.90210621
4.34-4.47390.90810837
4.22-4.3440.20.90611105
4.1-4.2240.70.90211409
4-4.141.10.89311696
3.9-4420.87611369
3.81-3.939.20.86911253
3.73-3.8139.50.88511210
3.65-3.7338.90.86211358
3.58-3.6538.40.86311152
3.51-3.5838.60.87210850
3.44-3.5140.40.8649382
3.38-3.4442.70.8569048
3.3-3.3847.20.75512097

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
直接法6.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: RIGID BODY FITTING
開始モデル: Native HRV2 structure PDB entry 1FPN

1fpn


解像度: 3→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7771 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 15-fold non-crystallographic symmetry constraints were used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2646 15275 3.6 %RANDOM, 5%
Rwork0.2654 ---
all0.2654 307962 --
obs0.2654 307962 72.7 %-
溶媒の処理Bsol: 9.454 Å2
原子変位パラメータBiso max: 140.79 Å2 / Biso mean: 50.6204 Å2 / Biso min: 26.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5516 0 0 0 5516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.362
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.3132.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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